| 缩略语表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 前言 | 第14-17页 |
| 第一章 含有In191和Tn6360的pNDM-BTR及其他携带bla_(NDM)的IncN1型质粒的结构基因组学分析 | 第17-49页 |
| 1.1 引言 | 第17页 |
| 1.2 材料与方法 | 第17-32页 |
| 1.2.1 实验材料 | 第17-19页 |
| 1.2.1.1 实验菌株 | 第17页 |
| 1.2.1.2 试剂 | 第17-18页 |
| 1.2.1.3 主要仪器 | 第18-19页 |
| 1.2.2 实验方法 | 第19-32页 |
| 1.2.2.1 菌种复苏 | 第19页 |
| 1.2.2.2 菌种鉴定 | 第19-21页 |
| 1.2.2.3 改良Carba NP法 | 第21-23页 |
| 1.2.2.4 ESBLs基因筛查 | 第23-24页 |
| 1.2.2.5 碳青霉烯类耐药基因筛查 | 第24-26页 |
| 1.2.2.6 喹诺酮类耐药基因筛查 | 第26-27页 |
| 1.2.2.7 大环内酯类耐药基因筛查 | 第27-28页 |
| 1.2.2.8 常见四环素类耐药基因筛查 | 第28-29页 |
| 1.2.2.9 多位点序列分型 | 第29-31页 |
| 1.2.2.10 接合转移实验 | 第31页 |
| 1.2.2.11 药物敏感实验 | 第31页 |
| 1.2.2.12 基因组提取、高通量测序及序列组装 | 第31-32页 |
| 1.2.2.13 生物信息学分析 | 第32页 |
| 1.3 结果 | 第32-48页 |
| 1.3.1 菌株的筛查与鉴定 | 第32-33页 |
| 1.3.1.1 详细临床背景资料 | 第32页 |
| 1.3.1.2 菌种鉴定 | 第32-33页 |
| 1.3.1.3 耐药基因筛查 | 第33页 |
| 1.3.1.4 多位点序列分型 | 第33页 |
| 1.3.2 相关菌株获得及其表型分析 | 第33-37页 |
| 1.3.2.1 相关菌株获得 | 第33页 |
| 1.3.2.2 标记耐药基因筛查 | 第33-34页 |
| 1.3.2.3 改良Carba NP法 | 第34-35页 |
| 1.3.2.4 药物敏感实验 | 第35-37页 |
| 1.3.3 菌株耐药机制研究 | 第37-48页 |
| 1.3.3.1 质粒pNDM-BTR的测序与注释 | 第37页 |
| 1.3.3.2 纳入分析的质粒 | 第37-39页 |
| 1.3.3.3 质粒骨架区比较 | 第39-41页 |
| 1.3.3.4 质粒中的移动元件 | 第41-42页 |
| 1.3.3.5 质粒中的1型整合子 | 第42-44页 |
| 1.3.3.6 R46中的 ΔTn6309 | 第44-45页 |
| 1.3.3.7 pLK78、pLK75和pEcNDM1中的Tn1721残余 | 第45页 |
| 1.3.3.8 pNDM-BTR的Tn6360和pMR3-OXA181的Tn6361 | 第45-48页 |
| 1.4 小结 | 第48-49页 |
| 第二章 IncFIB家族多重耐药质粒pA1705-qnrS、p911021-tetA和p1642-tetA的测序和比较基因组学分析 | 第49-76页 |
| 2.1 引言 | 第49页 |
| 2.2 材料与方法 | 第49-56页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第49-51页 |
| 2.2.1.1 实验菌株 | 第49页 |
| 2.2.1.2 试剂 | 第49-50页 |
| 2.2.1.3 主要仪器 | 第50-51页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第51-56页 |
| 2.2.2.1 菌种复苏 | 第51页 |
| 2.2.2.2 菌种鉴定 | 第51页 |
| 2.2.2.3 ESBLs基因筛查 | 第51页 |
| 2.2.2.4 碳青霉烯类耐药基因筛查 | 第51页 |
| 2.2.2.5 喹诺酮类耐药基因筛查 | 第51页 |
| 2.2.2.6 大环内酯类耐药基因筛查 | 第51页 |
| 2.2.2.7 常见四环素类耐药基因筛查 | 第51-52页 |
| 2.2.2.8 多位点序列分型 | 第52-53页 |
| 2.2.2.9 使用QIAGEN Plasmid Midi Kit试剂盒提取质粒 | 第53-54页 |
| 2.2.2.10 电转化实验 | 第54-55页 |
| 2.2.2.11 复制起始基因筛查 | 第55页 |
| 2.2.2.12 药物敏感实验 | 第55-56页 |
| 2.2.2.13 基因组提取、高通量测序及序列组装 | 第56页 |
| 2.2.2.14 生物信息学分析 | 第56页 |
| 2.3 结果 | 第56-75页 |
| 2.3.1 菌株的筛查与鉴定 | 第56-57页 |
| 2.3.1.1 详细临床背景资料 | 第56-57页 |
| 2.3.1.2 菌种鉴定 | 第57页 |
| 2.3.1.3 耐药基因筛查 | 第57页 |
| 2.3.1.4 多位点序列分型 | 第57页 |
| 2.3.2 相关菌株获得及其表型分析 | 第57-63页 |
| 2.3.2.1 相关菌株获得 | 第57-58页 |
| 2.3.2.2 标记耐药基因筛查 | 第58-60页 |
| 2.3.2.3 复制起始基因筛查 | 第60页 |
| 2.3.2.4 药物敏感实验 | 第60-63页 |
| 2.3.3 菌株耐药机制研究 | 第63-75页 |
| 2.3.3.1 质粒pA1705-qnrS、p911021-tetA和p1642-tetA的测序与注释 | 第63页 |
| 2.3.3.2 纳入分析的质粒 | 第63-65页 |
| 2.3.3.3 质粒骨架区比较 | 第65-66页 |
| 2.3.3.4 质粒中的移动元件 | 第66-68页 |
| 2.3.3.5 pKPN-c22、pKPSH11、p6234-198.371kb、pKPN3-307_TypeC和pKPN3-307_typeA多重耐药区以及pA1705-qnrS第一个多重耐药区 | 第68-72页 |
| 2.3.3.6 p1642-tetA和p911021-tetA多重耐药区以及pA1705-qnrS第二个多重耐药区 | 第72-75页 |
| 2.4 小结 | 第75-76页 |
| 结论 | 第76-77页 |
| 讨论与展望 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-84页 |
| 附录 | 第84-102页 |
| 数据过滤、质粒拼接及自动化注释程序 | 第84-102页 |
| Quality.py | 第84-87页 |
| Plasmid.pl | 第87-92页 |
| AAS.py | 第92-102页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第102-103页 |
| 个人简历 | 第103-105页 |
| 致谢 | 第105页 |
