| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 符号说明 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-31页 |
| 1.1 山药及其传统鉴定分类研究 | 第13-16页 |
| 1.1.1 山药概述 | 第13页 |
| 1.1.2 山药的传统鉴定分类研究 | 第13-16页 |
| 1.2 分子标记技术的发展及其在山药分类中的应用 | 第16-18页 |
| 1.2.1 分子标记技术的发展 | 第16-18页 |
| 1.2.2 分子标记技术在山药分类中的应用 | 第18页 |
| 1.3 叶绿体基因研究 | 第18-19页 |
| 1.3.1 叶绿体基因概述 | 第18-19页 |
| 1.3.2 叶绿体基因的发展与应用 | 第19页 |
| 1.4 分子谱系地理学 | 第19-22页 |
| 1.4.1 分子谱系地理学理论概述 | 第19-20页 |
| 1.4.2 分子谱系地理学研究方法概述 | 第20页 |
| 1.4.3 分子谱系地理学的应用 | 第20-22页 |
| 参考文献 | 第22-31页 |
| 前言 | 第31-33页 |
| 第二章 山药的资源调查、形态鉴别与样品采集 | 第33-43页 |
| 2.1 山药的资源调查 | 第33-34页 |
| 2.1.1 山药的地理分布 | 第33-34页 |
| 2.1.2 山药的资源现状 | 第34页 |
| 2.2 山药的形态鉴别 | 第34-38页 |
| 2.2.1 山药的种间形态鉴别 | 第34-35页 |
| 2.2.2 不同品种山药的叶、根形态鉴别 | 第35-38页 |
| 2.3 山药的样品采集 | 第38-41页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第41-43页 |
| 第三章 山药叶绿体基因组结构及其系统进化研究 | 第43-57页 |
| 3.1 材料、试剂及设备 | 第43-44页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第43页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第43页 |
| 3.1.3 实验设备 | 第43-44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-45页 |
| 3.2.1 实验样品处理 | 第44页 |
| 3.2.2 DNA提取 | 第44-45页 |
| 3.2.3 DNA检测 | 第45页 |
| 3.2.4 DNA纯化和测序 | 第45页 |
| 3.3 序列处理与分析 | 第45-47页 |
| 3.3.1 组装和注释 | 第45-46页 |
| 3.3.2 分子标记物的开发与校验 | 第46页 |
| 3.3.3 系统发育树的构建 | 第46-47页 |
| 3.4 实验结果 | 第47-55页 |
| 3.4.1 叶绿体基因组测序、表征和注释 | 第47-50页 |
| 3.4.2 SNP突变的数量和模式 | 第50页 |
| 3.4.3 微卫星(SSR) | 第50-53页 |
| 3.4.4 插入缺失(Indel) | 第53-54页 |
| 3.4.5 小的倒位(small Inversions) | 第54-55页 |
| 3.4.6 系统进化分析 | 第55页 |
| 3.5 小结与讨论 | 第55-57页 |
| 第四章 基于分子谱系地理学的山药的品种鉴定研究 | 第57-72页 |
| 4.1 材料、试剂及设备 | 第57页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第57页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第57页 |
| 4.1.3 实验设备 | 第57页 |
| 4.2 实验方法 | 第57-59页 |
| 4.2.1 实验样品处理 | 第57页 |
| 4.2.2 DNA提取 | 第57页 |
| 4.2.3 DNA检测 | 第57页 |
| 4.2.4 引物筛选 | 第57-58页 |
| 4.2.5 PCR扩增和测序 | 第58-59页 |
| 4.3 序列处理与分析 | 第59-63页 |
| 4.3.1 序列校对 | 第59-61页 |
| 4.3.2 单倍型的居群分布和变异位点统计 | 第61页 |
| 4.3.3 遗传多样性和遗传结构分析 | 第61-63页 |
| 4.3.4 单倍型网状进化树的构建 | 第63页 |
| 4.3.5 居群间NJ进化树的构建 | 第63页 |
| 4.3.6 居群单倍型地理分布图的绘制 | 第63页 |
| 4.3.7 地理距离与遗传距离的相关性分析 | 第63页 |
| 4.4 实验结果 | 第63-70页 |
| 4.4.1 序列特征 | 第63页 |
| 4.4.2 单倍型的居群分布和变异位点 | 第63-66页 |
| 4.4.3 遗传多样性和遗传结构 | 第66页 |
| 4.4.4 单倍型的网状进化树 | 第66-67页 |
| 4.4.5 居群间的NJ进化树 | 第67-68页 |
| 4.4.6 居群单倍型的地理分布 | 第68-69页 |
| 4.4.7 地理距离与遗传距离的相关性 | 第69-70页 |
| 4.5 小结与讨论 | 第70-72页 |
| 第五章 结语与展望 | 第72-74页 |
| 5.1 全文总结 | 第72-73页 |
| 5.2 研究展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-76页 |
| 附录 | 第76-86页 |
| 致谢 | 第86-88页 |
| 在学期间主要研究成果 | 第88页 |