小鼠基因组中CGI序列对k-mer的使用偏好性与CGI的鉴别
| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第8-12页 |
| 1.1 关于k-mer的研究进展 | 第8-9页 |
| 1.2 关于CGI的研究进展 | 第9-10页 |
| 1.3 课题研究背景 | 第10-11页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第11-12页 |
| 第二章 数据和方法 | 第12-16页 |
| 2.1 数据库 | 第12页 |
| 2.2 k-mer的频次与分布 | 第12页 |
| 2.3 k-mer的二核苷分类 | 第12-13页 |
| 2.4 k-mer的三核苷的相对频数 | 第13页 |
| 2.5 序列的一个特征量K_(tri) | 第13-14页 |
| 2.6 机器学习算法 | 第14-16页 |
| 2.6.1 逻辑回归算法 | 第14-15页 |
| 2.6.2 k近邻算法 | 第15页 |
| 2.6.3 支持向量机 | 第15-16页 |
| 第三章 小鼠基因组k-mer频次分布 | 第16-24页 |
| 3.1 参数k的选取 | 第16-18页 |
| 3.2 小鼠基因组的k-mer分布 | 第18-20页 |
| 3.3 二核苷分类下的k-mer分布 | 第20-21页 |
| 3.4 序列演化的保守性 | 第21-23页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第23-24页 |
| 第四章 小鼠基因组2CG子集与CGI的相关性 | 第24-30页 |
| 4.1 在CG分类下相对频数的分布 | 第24-26页 |
| 4.2 CGI与各子集的相关性 | 第26-29页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第29-30页 |
| 第五章 在小鼠基因组中鉴别CGI | 第30-38页 |
| 5.1 特征量的选择 | 第30-32页 |
| 5.2 模型的创建 | 第32-36页 |
| 5.2.1 模型参数的选择 | 第32-34页 |
| 5.2.2 模型的评估 | 第34-36页 |
| 5.3 CGI序列的鉴别 | 第36-37页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第37-38页 |
| 第六章 总结与展望 | 第38-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 附录 | 第45-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
