| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略词表 | 第10-12页 |
| 引言 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-32页 |
| 第一节 生物信息学概述 | 第13-17页 |
| 第二节 生物信息学在基因组研究中的应用 | 第17-27页 |
| 第三节 生物信息学在DNA条形码鉴定中的应用 | 第27-32页 |
| 第二章 生物信息学在药用植物基因组中的应用研究 | 第32-55页 |
| 第一节 基于重叠图的基因组组装方法研究 | 第32-38页 |
| 第二节 基于隐马尔可夫模型的基因预测和功能注释方法研究 | 第38-43页 |
| 第三节 基于后缀树的基因组结构比较与最大似然法的系统进化研究 | 第43-48页 |
| 第四节 基因家族分类与次生代谢基因簇预测方法研究 | 第48-55页 |
| 第三章 生物信息学在药用植物后基因组中的应用研究 | 第55-94页 |
| 第一节 基于负二项分布检验的转录组基因表达差异分析 | 第55-63页 |
| 第二节 基于单核苷酸变异的RNA编辑位点预测 | 第63-73页 |
| 第三节 小RNA鉴定与靶基因预测方法研究 | 第73-82页 |
| 第四节 基于序列转换的DNA甲基化分析 | 第82-94页 |
| 第四章 生物信息学在药用植物DNA条形码鉴定中的应用研究 | 第94-102页 |
| 第一节 基于种内种间遗传距离的DNA条形码筛选算法研究 | 第94-99页 |
| 第二节 基于BLAST和最近距离法的DNA条形码鉴定算法研究 | 第99-102页 |
| 第五章 生物信息学在药用植物基因资源数据库中的应用研究 | 第102-116页 |
| 第一节 药用植物基因组数据库构建 | 第102-107页 |
| 第二节 中药材DNA条形码鉴定系统构建 | 第107-116页 |
| 总结 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-127页 |
| 附录 | 第127-141页 |
| 作者简历 | 第141-143页 |
| 致谢 | 第143-144页 |
