| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 主要符号表 | 第16-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-35页 |
| 1.1 黄曲霉研究概述 | 第18-21页 |
| 1.1.1 黄曲霉毒素研究进展 | 第18-19页 |
| 1.1.2 黄曲霉菌核发育研究进展 | 第19-21页 |
| 1.2 转录组学 | 第21-31页 |
| 1.2.1 表达序列标签技术 | 第22-23页 |
| 1.2.2 基因芯片技术 | 第23-24页 |
| 1.2.3 高通量测序条件下的转录组学研究 | 第24-26页 |
| 1.2.4 mRNA-Seq转录组测序技术 | 第26-29页 |
| 1.2.5 链特异性RNA-seq技术 | 第29-31页 |
| 1.3 黄曲霉转录组学研究进展 | 第31-32页 |
| 1.4 本课题的研究目的及主要内容 | 第32-35页 |
| 1.4.1 选题背景及研究目的 | 第32页 |
| 1.4.2 本研究的主要内容 | 第32-35页 |
| 第二章 制备黄曲霉转录组测序样品及RNA-Seq测序 | 第35-47页 |
| 2.1 引言 | 第35页 |
| 2.2 实验材料 | 第35-37页 |
| 2.2.1 菌种 | 第35页 |
| 2.2.2 主要试剂及其配制 | 第35-37页 |
| 2.2.3 仪器设备 | 第37页 |
| 2.3 实验方法 | 第37-42页 |
| 2.3.1 黄曲霉培养 | 第37-38页 |
| 2.3.2 黄曲霉RNA-seq测序样品RNA的提取及纯化 | 第38-39页 |
| 2.3.3 RNA-seq测序样品的质量控制 | 第39-40页 |
| 2.3.4 链特异性RNA-Seq测序文库的制备 | 第40-42页 |
| 2.3.5 RNA-Seq的样品的上机测序 | 第42页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第42-45页 |
| 2.4.1 用于RNA-seq样品制备的黄曲霉生长状态的控制 | 第42-43页 |
| 2.4.2 黄曲霉RNA样品的电泳检测 | 第43页 |
| 2.4.3 NanoDrop1000核酸定量仪检测样品质量 | 第43-44页 |
| 2.4.4 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer分析黄曲霉RNA样品完整性 | 第44页 |
| 2.4.5 特征基因PCR扩增检测黄曲霉RNA-seq样品质量 | 第44-45页 |
| 2.4.6 RNA-Seq文库制备及测序 | 第45页 |
| 2.5 本章小结 | 第45-47页 |
| 第三章 黄曲霉全基因组水平的转录谱分析 | 第47-65页 |
| 3.1 引言 | 第47页 |
| 3.2 数据来源 | 第47页 |
| 3.3 数据分析方法 | 第47-53页 |
| 3.3.1 将测序数据匹配到黄曲霉基因组序列上 | 第47-49页 |
| 3.3.2 通过reads匹配确定黄曲霉基因的转录表达水平 | 第49-50页 |
| 3.3.3 基因非翻译区(UTR)分析 | 第50页 |
| 3.3.4 基于RNA-Seq数据的新转录本分析 | 第50-51页 |
| 3.3.5 基因的GO注释及功能富集分析 | 第51-52页 |
| 3.3.6 黄曲霉基因的可变剪接事件分析 | 第52-53页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第53-64页 |
| 3.4.1 RNA-Seq reads在黄曲霉基因组及基因上的匹配概述 | 第53-54页 |
| 3.4.2 RNA-Seq reads在A.flavus CA43基因上的分布统计 | 第54-55页 |
| 3.4.3 链特异性RNA-seq深度刻画黄曲霉全基因组水平的转录图谱 | 第55-59页 |
| 3.4.4 基于黄曲霉转录组数据的基因结构解析 | 第59-64页 |
| 3.5 本章小结 | 第64-65页 |
| 第四章 黄曲霉转录组中的反义转录现象 | 第65-73页 |
| 4.1 引言 | 第65页 |
| 4.2 数据来源 | 第65页 |
| 4.3 数据分析方法 | 第65-66页 |
| 4.3.1 反义转录本的预测算法 | 第65页 |
| 4.3.2 链特异性荧光定量PCR验证预测的反义转录本 | 第65-66页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第66-71页 |
| 4.4.1 基因转录表达水平与反义链匹配reads数目的关系 | 第66-68页 |
| 4.4.2 黄曲霉中反义转录本的检测 | 第68页 |
| 4.4.3 黄曲霉反义转录本的功能分析 | 第68-71页 |
| 4.4.4 链特异性荧光定量PCR分析预测的黄曲霉反义转录本 | 第71页 |
| 4.5 本章小结 | 第71-73页 |
| 第五章 基于RNA-seq技术的黄曲霉毒素生物合成与菌核发育的分子调控机理分析 | 第73-81页 |
| 5.1 引言 | 第73页 |
| 5.2 数据 | 第73页 |
| 5.3 方法 | 第73-74页 |
| 5.3.1 DEGseq软件分析黄曲霉菌丝、菌核不同发育阶段的差异表达基因 | 第73-74页 |
| 5.3.2 差异表达基因的功能富集分析 | 第74页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第74-80页 |
| 5.4.1 黄曲霉菌丝、菌核两个发育状态的基因差异表达分析 | 第74页 |
| 5.4.2 确定黄曲霉基因组中与黄曲霉毒素生物合成相关的基因,构建AF生物合成途径模型 | 第74-77页 |
| 5.4.3 预测黄曲霉基因组中与菌核发育相关的基因及其关联网络,探讨黄曲霉菌核发育的分子调控机理 | 第77-80页 |
| 5.5 本章小结 | 第80-81页 |
| 结论与展望 | 第81-83页 |
| 结论 | 第81-82页 |
| 展望 | 第82-83页 |
| 本论文的创新之处 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-90页 |
| 附录 | 第90-101页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-103页 |
| 附件 | 第103页 |
