| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-16页 |
| 1.1 基因倍增和基因组多倍化 | 第11-14页 |
| 1.1.1 基因倍增研究历史及现状 | 第11-14页 |
| 1.2 同源基因 | 第14-15页 |
| 1.3 研究目标及意义 | 第15-16页 |
| 第2章 理论分析及实验方法 | 第16-24页 |
| 2.1 序列比对 | 第16-19页 |
| 2.1.1 同源序列相似度的计算 | 第16-17页 |
| 2.1.2 Smith-Waterman局部比对算法 | 第17-18页 |
| 2.1.3 数据库搜索——BLAST | 第18-19页 |
| 2.2 基因组水平的点阵图构建方法 | 第19-21页 |
| 2.2.1 基因点阵图 | 第19页 |
| 2.2.2 绘制点阵图的意义 | 第19页 |
| 2.2.3 基因组结构点阵图方法 | 第19-21页 |
| 2.3 基因共线性分析工具 | 第21-24页 |
| 2.3.1 ColinearScan | 第22页 |
| 2.3.2 MCScan | 第22-24页 |
| 第3章 基因组多重比对算法的设计和实现 | 第24-32页 |
| 3.1 基因组二重比对算法设计与实现 | 第24-28页 |
| 3.1.1 二重比对算法的设计 | 第24-26页 |
| 3.1.2 二重比对统计显著性 | 第26-27页 |
| 3.1.3 二重比对在禾本科植物基因组的应用 | 第27-28页 |
| 3.2 多重序列比对算法的设计与实现 | 第28-32页 |
| 3.2.1 多重序列比对算法的设计及显著性检验 | 第28-29页 |
| 3.2.2 多重序列比对软件的开发 | 第29-32页 |
| 第4章 禾本科植物全基因组共线性分析 | 第32-40页 |
| 4.1 数据与材料 | 第32页 |
| 4.2 基因间相似性计算 | 第32-33页 |
| 4.3 基因点阵图观测基因组共线性 | 第33-37页 |
| 4.4 禾本科植物的二重比对分析 | 第37-38页 |
| 4.5 禾本科植物的多重序列比对分析 | 第38-40页 |
| 第5章 棉花基因组加倍事件的推断 | 第40-54页 |
| 5.1 棉花的研究历史及现状 | 第40-42页 |
| 5.2 数据与材料 | 第42页 |
| 5.3 可可与棉花基因组同源共线性 | 第42-51页 |
| 5.3.1 可可与棉花基因组的Blast数据库比对 | 第42-44页 |
| 5.3.2 绘制基因点阵图观测可可和棉花基因组共线性 | 第44-47页 |
| 5.3.3 寻找可可与棉花基因组共线基因 | 第47-48页 |
| 5.3.4 确定可可与棉花的直系同源基因 | 第48-50页 |
| 5.3.5 可可与棉花多重序列比对 | 第50-51页 |
| 5.4 数学模型的建立 | 第51-52页 |
| 5.5 计算机模拟验证 | 第52-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录 程序 | 第60-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 导师简介 | 第75-77页 |
| 作者简介 | 第77-78页 |
| 学位论文数据集 | 第78页 |
