| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 引言 | 第8-19页 |
| 1.1 分子力学（Molecular Mechanics） | 第8-12页 |
| 1.1.1 键伸缩能 | 第9-10页 |
| 1.1.2 键角弯曲能 | 第10页 |
| 1.1.3 二面角扭曲能 | 第10-11页 |
| 1.1.4 静电相互作用 | 第11页 |
| 1.1.5 范德华相互作用 | 第11-12页 |
| 1.1.6 交叉项 | 第12页 |
| 1.2 分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation） | 第12-16页 |
| 1.2.1 分子运动方程的数值解法 | 第13-15页 |
| 1.2.2 时间步长 | 第15页 |
| 1.2.3 周期性边界条件 | 第15-16页 |
| 1.2.4 分子动力学模拟的主要步骤 | 第16页 |
| 1.3 蒙特卡洛方法（Monte Carlo Methods） | 第16页 |
| 1.4 磷脂的动力学模拟 | 第16-19页 |
| 第二章 DMPC 磷脂分子的 MARTINI 粗粒化模型模拟 | 第19-31页 |
| 2.1 绪论 | 第19-22页 |
| 2.2 DMPC 磷脂分子的 MARTINI 模型与动力学模拟 | 第22-23页 |
| 2.2.1 DMPC 磷脂分子的粗粒化模型 | 第22页 |
| 2.2.2 DMPC 磷脂分子的分子动力学模拟 | 第22-23页 |
| 2.3 结果分析及讨论 | 第23-30页 |
| 2.3.1 DMPC 磷脂分子面积（Area per lipid）的分析 | 第23-27页 |
| 2.3.2 DMPC 磷脂双分子层厚度（Bilayer thickness）的分析 | 第27页 |
| 2.3.3 DMPC 磷脂分子序参量（Order parameters）的分析 | 第27-30页 |
| 2.4 本章小结 | 第30-31页 |
| 第三章 DMPC 磷脂分子的 GB-EMP 粗粒化模型模拟 | 第31-47页 |
| 3.1 绪论 | 第31-34页 |
| 3.1.1 Gay-Berne 势 | 第31-33页 |
| 3.1.2 电多极矩展开势[Electric Multipole Potential] | 第33页 |
| 3.1.3 键连相互作用 | 第33-34页 |
| 3.2 DMPC 磷脂分子的 GBEMP 模型与动力学模拟 | 第34-45页 |
| 3.2.1 DMPC 磷脂分子的 GBEMP 模型 | 第34-35页 |
| 3.2.2 建立 DMPC 磷脂分子的 GBEMP 力场 | 第35-39页 |
| 3.2.3 DMPC 磷脂分子参数验证 | 第39-44页 |
| 3.2.4 DMPC 磷脂分子的分子动力学模拟 | 第44-45页 |
| 3.3 结果分析和讨论 | 第45-46页 |
| 3.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 结论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
