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环状RNAcirc-MFN2在胰腺癌中作为新型诊断生物标志物及其通过miR-133a-3p/SLC39A4调控胰腺癌发生发展的机制研究

摘要第4-7页
Abstract第7-11页
英文略缩语第12-22页
第一部分:环状RNAcirc-MFN2与circ-LDLRAD3作为胰腺癌新型诊断生物标志物的研究第22-62页
    1 前言第22-23页
    2 材料和方法第23-33页
        2.1 主要试剂和仪器第23-25页
            2.1.1 主要材料与试剂第23-24页
            2.1.2 主要仪器第24-25页
        2.2 步骤与方法第25-33页
            2.2.1 组织和血浆标本收集与临床病理资料整理第25页
            2.2.2 细胞培养与传代第25-26页
            2.2.3 组织标本的RNA提取第26-27页
            2.2.4 细胞样本的RNA提取第27页
            2.2.5 血浆标本的RNA提取第27-28页
            2.2.6 测定RNA浓度和纯度第28页
            2.2.7 RNA完整性检测第28-29页
            2.2.8 RNA反转录成cDNA第29-30页
            2.2.9 测定cDNA浓度和纯度第30页
            2.2.10 qRT-PCR反应第30-31页
            2.2.11 qRT-PCR产物验证第31页
            2.2.12 Sanger测序第31-32页
            2.2.13 血液CA19-9和CEA测定第32页
            2.2.14 统计学分析第32-33页
    3 结果第33-59页
        3.1 提取RNA的质量验证第33-34页
        3.2 验证circ-MFN2和circ-LDLRAD3的Divergent引物的特异性第34-35页
        3.3 circ-MFN2和circ-LDLRAD3在不同胰腺及胰腺癌细胞系中的表达情况第35-38页
            3.3.1 circ-MFN2在不同胰腺及胰腺癌细胞系中的表达情况第35-36页
            3.3.2 circ-LDLRAD3在不同胰腺细胞系中的表达情况第36-38页
        3.4 circ-MFN2和circ-LDLRAD3在胰腺癌组织与胰腺癌癌旁组织中表达情况第38-39页
            3.4.1 circ-MFN2在胰腺癌组织与胰腺癌癌旁组织中表达情况第38页
            3.4.2 circ-LDLRAD3在胰腺癌组织与胰腺癌癌旁组织中表达情况第38-39页
        3.5 circ-MFN2和circ-LDLRAD3在胰腺癌病人血液及健康志愿者血液中表达情况第39-40页
            3.5.1 circ-MFN2在胰腺癌病人血液及健康志愿者血液中表达情况第39-40页
            3.5.2 circ-LDLRAD3在胰腺癌病人血液及健康志愿者血液中表达情况第40页
        3.6 circ-MFN2和circ-LDLRAD3表达情况与临床病理资料相关性分析第40-57页
            3.6.1 circ-MFN2在胰腺癌病人组织中的表达情况与临床病理资料相关性分析第40-44页
            3.6.2 circ-LDLRAD3在胰腺癌病人组织中的表达情况与临床病理资料相关性分析第44-49页
            3.6.3 circ-MFN2在胰腺癌病人血液中的表达情况与临床病理资料相关性分析第49-53页
            3.6.4 circ-LDLRAD3在胰腺癌病人血液中的表达情况与临床病理资料相关性分析第53-57页
        3.7 circ-MFN2和circ-LDLRAD3作为胰腺癌新型潜在诊断标志物的分析第57-59页
            3.7.1 circ-MFN2作为胰腺癌新型潜在诊断生物标志物的分析第57页
            3.7.2 circ-LDLRAD3作为胰腺癌新型潜在诊断生物标志物的分析第57-59页
    4 讨论第59-61页
    5 结论第61-62页
第二部分:基于高通量测序的胰腺癌差异microRNA的鉴定与分析第62-87页
    6 前言第62-63页
    7 材料和方法第63-68页
        7.1 主要试剂和仪器第63-64页
            7.1.1 主要材料与试剂第63-64页
            7.1.2 主要仪器第64页
        7.2 步骤与方法第64-68页
            7.2.1 组织和血浆标本收集第64页
            7.2.2 建库测序流程第64-65页
            7.2.3 测序数据过滤第65页
            7.2.4 生物信息分析流程第65-66页
            7.2.5 组织与细胞标本miRNA提取第66-67页
            7.2.6 miRNA反转录与qRT-PCR反应第67-68页
            7.2.7 统计学分析第68页
    8 结果第68-84页
        8.1 测序数据质量评估第68-72页
            8.1.1 测序错误率分布检查第68-69页
            8.1.2 测序数据质量情况汇总第69-70页
            8.1.3 测序数据过滤第70-71页
            8.1.4 sRNA长度筛选第71-72页
        8.2 参考序列比对分析第72页
        8.3 分类注释第72-76页
            8.3.1 已知miRNA分析第72-74页
            8.3.2 新miRNA预测第74-76页
        8.4 miRNA表达及差异分析第76-81页
            8.4.1 miRNA表达水平分析第76-77页
            8.4.2 miRNA表达量TPM密度分布图第77页
            8.4.3 样品间相关性检查第77-78页
            8.4.4 miRNA差异表达分析结果第78页
            8.4.5 差异miRNA筛选第78-79页
            8.4.6 差异miRNA聚类分析第79-80页
            8.4.7 差异miRNA韦恩图第80-81页
        8.5 circRNA结合位点及靶基因预测分析第81页
        8.6 差异miRNA—miR-133a-3p在胰腺癌中表达情况的验证第81-84页
            8.6.1 miR-133a-3p在胰腺癌细胞中的表达情况第81-83页
            8.6.2 miR-133a-3p在胰腺癌组织与胰腺癌癌旁组织中表达情况第83-84页
    9 讨论第84-86页
    10 结论第86-87页
第三部分:circ-MFN2—miR-133a-3p—SLC39A4调控网络对胰腺癌发生发展的作用机制研究第87-150页
    11 前言第87-88页
    12 实验材料与方法第88-100页
        12.1 主要试剂和仪器第88-90页
            12.1.1 主要材料与试剂第88-90页
            12.1.2 主要仪器第90页
        12.2 .步骤与方法第90-100页
            12.2.1 细胞RNA核浆分离第90-92页
            12.2.2 circ-MFN2过表达与干扰慢病毒构建第92-93页
            12.2.3 circ-MFN2过表达及干扰稳转株构建第93页
            12.2.4 转染过表达miR-133a-3p(pre-miR-133a-3p)及干扰miR-133a-3p(anti-miR-133a-3p)片段第93-94页
            12.2.5 转染过表达及干扰SLC39A4质粒第94-95页
            12.2.6 CCK8实验检测细胞增殖第95页
            12.2.7 Transwell实验检测细胞侵袭能力第95-96页
            12.2.8 划痕实验检测细胞迁移第96页
            12.2.9 流式细胞术检测细胞凋亡第96页
            12.2.10 流式细胞术检测细胞周期第96页
            12.2.11 WesternBlot检测蛋白表达情况第96-97页
            12.2.12 双荧光素酶实验第97-100页
            12.2.13 核浆分离及SLC39A4的RNA水平表达情况检测第100页
            12.2.14 裸鼠种瘤第100页
            12.2.15 统计学处理第100页
    13 结果第100-147页
        13.1 SLC39A4在不同胰腺癌细胞中的表达情况第100-101页
        13.2 circ-MFN2与SLC39A4的细胞内细胞核及细胞浆表达情况第101-104页
            13.2.1 BxPC-3细胞内circ-MFN2和SLC39A4的细胞核及细胞浆表达情况第101-102页
            13.2.2 PANC-1细胞内circ-MFN2和SLC39A4的细胞核及细胞浆表达情况第102-103页
            13.2.3 SW1990细胞内circ-MFN2和SLC39A4的细胞核及细胞浆表达情况第103-104页
        13.3 过表达和敲减circ-MFN2后对胰腺癌细胞生物学行为的影响第104-114页
            13.3.1 慢病毒转染circ-MFN2过表达和干扰载体效率验证第104-106页
            13.3.2 过表达和敲减circ-MFN2后CCK8检测细胞增殖第106-107页
            13.3.3 过表达和敲减circ-MFN2后Transwell检测细胞侵袭第107-108页
            13.3.4 过表达和敲减circ-MFN2后细胞划痕检测细胞迁移第108-110页
            13.3.5 过表达和敲减circ-MFN2后流式细胞术检测细胞凋亡第110-111页
            13.3.6 过表达和敲减circ-MFN2后流式细胞术检测细胞周期变化第111-112页
            13.3.7 过表达和敲减circ-MFN2后WesternBlot检测凋亡、侵袭等关键蛋白变化第112-114页
        13.4 过表达和敲减miR-133a-3p后对胰腺癌细胞生物学行为的影响第114-123页
            13.4.1 转染miR-133a-3p过表达和干扰载体效率验证第114-115页
            13.4.2 过表达和敲减miR-133a-3p后CCK8检测细胞增殖第115-116页
            13.4.3 过表达和敲减miR-133a-3p后Transwell检测细胞侵袭第116-117页
            13.4.4 过表达和敲减miR-133a-3p后细胞划痕检测细胞迁移第117-119页
            13.4.5 过表达和敲减miR-133a-3p后流式细胞术检测细胞凋亡第119-120页
            13.4.6 过表达和敲减miR-133a-3p后流式细胞术检测细胞周期变化第120-121页
            13.4.7 过表达和敲减miR-133a-3p后WesternBlot检测凋亡、侵袭等关键蛋白变化第121-123页
        13.5 circ-MFN2与miR-133a-3p的结合及互作验证第123-126页
            13.5.1 双荧光素酶报告基因验证circ-MFN2与miR-133a-3p的结合第123-124页
            13.5.2 过表达和敲减circ-MFN2后miR-133a-3p的表达情况第124-125页
            13.5.3 过表达和敲减miR-133a-3p后circ-MFN2的表达情况第125-126页
        13.6 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后对胰腺癌细胞生物学行为影响第126-136页
            13.6.1 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后CCK8检测细胞增殖第126-128页
            13.6.2 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后Transwell检测细胞侵袭第128-129页
            13.6.3 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后细胞划痕检测细胞迁移第129-131页
            13.6.4 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后流式细胞术检测细胞凋亡第131-133页
            13.6.5 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后流式细胞术检测细胞周期变化第133-134页
            13.6.6 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后WesternBlot检测凋亡、侵袭等关键蛋白变化第134-136页
        13.7 miR-133a-3p与SLC39A4的结合及互作验证第136-142页
            13.7.1 双荧光素酶报告基因验证miR-133a-3p与SLC39A4的结合第136-137页
            13.7.2 过表达和敲减circ-MFN2后SLC39A4的表达情况第137-139页
            13.7.3 过表达和敲减miR-133a-3p后SLC39A4的表达情况第139-140页
            13.7.4 共转circ-MFN2及miR-133a-3p后SLC39A4的表达情况第140-142页
        13.8 过表达和敲减SLC39A4后对胰腺癌细胞信号通路的影响第142-145页
            13.8.1 转染SLC39A4过表达和干扰载体效率验证第142-143页
            13.8.2 过表达和敲减SLC39A4后胰腺癌细胞MAPK/ERK及Smad2/3/Smad4通路影响第143-145页
        13.9 体外动物实验明确circ-MFN2对胰腺癌影响第145-147页
    14 讨论第147-149页
    15 结论第149-150页
本研究创新性的自我评价第150-151页
参考文献第151-158页
综述第158-177页
    参考文献第169-177页
攻读学位期间取得的研究成果第177-178页
致谢第178-179页
个人简历第179页

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