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中慢生根瘤菌Mesorhizobium amorphae CCNWGS0123全基因组测序和两套Ⅲ型分泌系统功能研究

摘要第5-7页
abstract第7-9页
第一章 文献综述第13-39页
    1.1 细菌基因组第13-14页
        1.1.1 细菌基因组概述第13-14页
        1.1.2 细菌复制子的功能分析第14页
    1.2 豆科植物-根瘤菌互惠共生概述第14-15页
    1.3 根瘤菌中与共生相关的信号分子第15-21页
        1.3.1 结瘤因子信号第15-16页
        1.3.2 胞外多糖第16页
        1.3.3 Ⅲ型分泌系统第16-21页
    1.4 豆科植物的共生信号分子第21-28页
        1.4.1 类黄酮第21页
        1.4.2 微生物信号的识别第21-22页
        1.4.3 植物中与共生相关的基因第22-26页
        1.4.4 植物细胞对共生过程的调控第26-27页
        1.4.5 植物激素对共生的影响第27-28页
        1.4.6 其他非生物因素对共生的影响第28页
    1.5 共生过程中的免疫第28-37页
        1.5.1 MAMP引发的植物先天性免疫第28-29页
        1.5.2 根瘤菌中的微生物相关分子模式第29-30页
        1.5.3 胞外ATP:植物-微生物相互作用中的核心分子第30-32页
        1.5.4 共生中的活性氧信号第32页
        1.5.5 植物致病菌效应蛋白引发的免疫第32-34页
        1.5.6 根瘤菌的效应蛋白第34-35页
        1.5.7 豆科植物中的抗性基因第35页
        1.5.8 类菌体终极分化中的免疫反应第35-37页
    1.6 本研究的目的意义及技术路线第37-39页
        1.6.1 目的意义第37页
        1.6.2 技术路线第37-39页
第二章 中慢生根瘤菌GS0123全基因组测序第39-49页
    2.1 引言第39页
    2.2 材料和方法第39-40页
        2.2.1 菌株第39页
        2.2.2 培养基配方第39页
        2.2.3 主要仪器设备第39页
        2.2.4 试剂盒第39页
        2.2.5 基因组DNA制备第39-40页
        2.2.6 基因组测序及组装第40页
    2.3 结果和分析第40-48页
        2.3.1 测序质量第40页
        2.3.2 GS0123基因组组装第40-41页
        2.3.3 GS0123基因组的基本特征第41页
        2.3.4 重复序列第41-43页
        2.3.5 基因组岛第43页
        2.3.6 基因功能预测与分析第43-47页
        2.3.7 序列登录号第47-48页
    2.4 本章小结第48页
    2.5 讨论第48-49页
第三章 比较基因组分析第49-59页
    3.1 引言第49页
    3.2 比较基因组分析第49-51页
        3.2.1 COG注释第49页
        3.2.2 层级聚类热图第49页
        3.2.3 核心基因组和泛基因组预测第49-51页
    3.3 .结果第51-58页
        3.3.1 菌株信息汇总第51页
        3.3.2 菌株的聚类分析第51-55页
        3.3.3 核心基因组第55-56页
        3.3.4 GS0123特有基因第56-58页
    3.4 本章小结第58页
    3.5 讨论第58-59页
第四章 两套Ⅲ型分泌系统比较分析以及功能缺失突变体的构建第59-72页
    4.1 引言第59页
    4.2 实验材料及试剂第59-60页
        4.2.1 实验菌株和质粒第59页
        4.2.2 实验试剂及仪器第59-60页
    4.3 实验方法第60-64页
        4.3.1 Ⅲ型分泌系统核心蛋白RhcU系统发育树的建立第60页
        4.3.2 植物共生信号分子对Ⅲ型分泌系统基因的诱导表达第60-61页
        4.3.3 Ⅲ型分泌系统的功能缺失突变体构建第61-64页
    4.4 .结果第64-70页
        4.4.1 RhcU蛋白的系统发育分析第64-65页
        4.4.2 两套Ⅲ型分泌系统的基因组成第65-69页
        4.4.3 共生信号分子对GS0123两套Ⅲ型分泌系统核心基因表达的影响第69-70页
        4.4.4 突变体构建第70页
    4.5 本章小结第70页
    4.6 讨论第70-72页
第五章 两套Ⅲ型分泌系统在共生结瘤中的功能研究第72-91页
    5.1 引言第72页
    5.2 实验材料和试剂第72-73页
        5.2.1 本研究用菌株和质粒第72页
        5.2.2 实验用试剂盒第72-73页
        5.2.3 实验仪器第73页
        5.2.4 无氮营养液第73页
        5.2.5 数据分析第73页
    5.3 实验方法第73-76页
        5.3.0 荧光根瘤菌构建第73页
        5.3.1 植物回接试验第73-74页
        5.3.2 侵染观察第74页
        5.3.3 植物防御相关激素含量测定第74页
        5.3.4 刺槐共生相关基因表达分析第74-75页
        5.3.5 形态学指标测定第75页
        5.3.6 根瘤观察第75-76页
    5.4 实验结果第76-88页
        5.4.1 侵染事件观察第76-78页
        5.4.2 H_2O_2和SA含量的测定第78-79页
        5.4.3 刺槐中共生相关基因的表达分析第79-82页
        5.4.4 植物生理指标测定第82-85页
        5.4.5 根瘤观察第85-88页
    5.5 本章小结第88页
    5.6 讨论第88-91页
第六章 结论与展望第91-93页
    6.1 结论第91-92页
        6.1.1 全基因组测序第91页
        6.1.2 比较基因组分析第91页
        6.1.3 GS0123中的两套Ⅲ型分泌系统第91页
        6.1.4 GS0123的Ⅲ型分泌系统在与刺槐建立共生过程中的作用第91-92页
    6.2 创新点第92页
    6.3 展望第92-93页
参考文献第93-113页
附录第113-141页
缩略词第141-142页
致谢第142-143页
作者简介第143-144页

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