摘要 | 第5-7页 |
abstract | 第7-9页 |
第一章 文献综述 | 第13-39页 |
1.1 细菌基因组 | 第13-14页 |
1.1.1 细菌基因组概述 | 第13-14页 |
1.1.2 细菌复制子的功能分析 | 第14页 |
1.2 豆科植物-根瘤菌互惠共生概述 | 第14-15页 |
1.3 根瘤菌中与共生相关的信号分子 | 第15-21页 |
1.3.1 结瘤因子信号 | 第15-16页 |
1.3.2 胞外多糖 | 第16页 |
1.3.3 Ⅲ型分泌系统 | 第16-21页 |
1.4 豆科植物的共生信号分子 | 第21-28页 |
1.4.1 类黄酮 | 第21页 |
1.4.2 微生物信号的识别 | 第21-22页 |
1.4.3 植物中与共生相关的基因 | 第22-26页 |
1.4.4 植物细胞对共生过程的调控 | 第26-27页 |
1.4.5 植物激素对共生的影响 | 第27-28页 |
1.4.6 其他非生物因素对共生的影响 | 第28页 |
1.5 共生过程中的免疫 | 第28-37页 |
1.5.1 MAMP引发的植物先天性免疫 | 第28-29页 |
1.5.2 根瘤菌中的微生物相关分子模式 | 第29-30页 |
1.5.3 胞外ATP:植物-微生物相互作用中的核心分子 | 第30-32页 |
1.5.4 共生中的活性氧信号 | 第32页 |
1.5.5 植物致病菌效应蛋白引发的免疫 | 第32-34页 |
1.5.6 根瘤菌的效应蛋白 | 第34-35页 |
1.5.7 豆科植物中的抗性基因 | 第35页 |
1.5.8 类菌体终极分化中的免疫反应 | 第35-37页 |
1.6 本研究的目的意义及技术路线 | 第37-39页 |
1.6.1 目的意义 | 第37页 |
1.6.2 技术路线 | 第37-39页 |
第二章 中慢生根瘤菌GS0123全基因组测序 | 第39-49页 |
2.1 引言 | 第39页 |
2.2 材料和方法 | 第39-40页 |
2.2.1 菌株 | 第39页 |
2.2.2 培养基配方 | 第39页 |
2.2.3 主要仪器设备 | 第39页 |
2.2.4 试剂盒 | 第39页 |
2.2.5 基因组DNA制备 | 第39-40页 |
2.2.6 基因组测序及组装 | 第40页 |
2.3 结果和分析 | 第40-48页 |
2.3.1 测序质量 | 第40页 |
2.3.2 GS0123基因组组装 | 第40-41页 |
2.3.3 GS0123基因组的基本特征 | 第41页 |
2.3.4 重复序列 | 第41-43页 |
2.3.5 基因组岛 | 第43页 |
2.3.6 基因功能预测与分析 | 第43-47页 |
2.3.7 序列登录号 | 第47-48页 |
2.4 本章小结 | 第48页 |
2.5 讨论 | 第48-49页 |
第三章 比较基因组分析 | 第49-59页 |
3.1 引言 | 第49页 |
3.2 比较基因组分析 | 第49-51页 |
3.2.1 COG注释 | 第49页 |
3.2.2 层级聚类热图 | 第49页 |
3.2.3 核心基因组和泛基因组预测 | 第49-51页 |
3.3 .结果 | 第51-58页 |
3.3.1 菌株信息汇总 | 第51页 |
3.3.2 菌株的聚类分析 | 第51-55页 |
3.3.3 核心基因组 | 第55-56页 |
3.3.4 GS0123特有基因 | 第56-58页 |
3.4 本章小结 | 第58页 |
3.5 讨论 | 第58-59页 |
第四章 两套Ⅲ型分泌系统比较分析以及功能缺失突变体的构建 | 第59-72页 |
4.1 引言 | 第59页 |
4.2 实验材料及试剂 | 第59-60页 |
4.2.1 实验菌株和质粒 | 第59页 |
4.2.2 实验试剂及仪器 | 第59-60页 |
4.3 实验方法 | 第60-64页 |
4.3.1 Ⅲ型分泌系统核心蛋白RhcU系统发育树的建立 | 第60页 |
4.3.2 植物共生信号分子对Ⅲ型分泌系统基因的诱导表达 | 第60-61页 |
4.3.3 Ⅲ型分泌系统的功能缺失突变体构建 | 第61-64页 |
4.4 .结果 | 第64-70页 |
4.4.1 RhcU蛋白的系统发育分析 | 第64-65页 |
4.4.2 两套Ⅲ型分泌系统的基因组成 | 第65-69页 |
4.4.3 共生信号分子对GS0123两套Ⅲ型分泌系统核心基因表达的影响 | 第69-70页 |
4.4.4 突变体构建 | 第70页 |
4.5 本章小结 | 第70页 |
4.6 讨论 | 第70-72页 |
第五章 两套Ⅲ型分泌系统在共生结瘤中的功能研究 | 第72-91页 |
5.1 引言 | 第72页 |
5.2 实验材料和试剂 | 第72-73页 |
5.2.1 本研究用菌株和质粒 | 第72页 |
5.2.2 实验用试剂盒 | 第72-73页 |
5.2.3 实验仪器 | 第73页 |
5.2.4 无氮营养液 | 第73页 |
5.2.5 数据分析 | 第73页 |
5.3 实验方法 | 第73-76页 |
5.3.0 荧光根瘤菌构建 | 第73页 |
5.3.1 植物回接试验 | 第73-74页 |
5.3.2 侵染观察 | 第74页 |
5.3.3 植物防御相关激素含量测定 | 第74页 |
5.3.4 刺槐共生相关基因表达分析 | 第74-75页 |
5.3.5 形态学指标测定 | 第75页 |
5.3.6 根瘤观察 | 第75-76页 |
5.4 实验结果 | 第76-88页 |
5.4.1 侵染事件观察 | 第76-78页 |
5.4.2 H_2O_2和SA含量的测定 | 第78-79页 |
5.4.3 刺槐中共生相关基因的表达分析 | 第79-82页 |
5.4.4 植物生理指标测定 | 第82-85页 |
5.4.5 根瘤观察 | 第85-88页 |
5.5 本章小结 | 第88页 |
5.6 讨论 | 第88-91页 |
第六章 结论与展望 | 第91-93页 |
6.1 结论 | 第91-92页 |
6.1.1 全基因组测序 | 第91页 |
6.1.2 比较基因组分析 | 第91页 |
6.1.3 GS0123中的两套Ⅲ型分泌系统 | 第91页 |
6.1.4 GS0123的Ⅲ型分泌系统在与刺槐建立共生过程中的作用 | 第91-92页 |
6.2 创新点 | 第92页 |
6.3 展望 | 第92-93页 |
参考文献 | 第93-113页 |
附录 | 第113-141页 |
缩略词 | 第141-142页 |
致谢 | 第142-143页 |
作者简介 | 第143-144页 |