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生防菌淡紫拟青霉的基因组及其抗生素leucinostatins生物合成途径的研究

摘要第6-8页
Abstract第8-9页
第一章 引言第18-30页
    1.1 生防真菌淡紫拟青霉第18-19页
        1.1.1 淡紫拟青霉对线虫的生防作用第18-19页
        1.1.2 淡紫拟青霉对其他病害的生防作用第19页
    1.2 淡紫拟青霉生防作用的机制第19-21页
        1.2.1 水解酶类第19-20页
        1.2.2 次级代谢产物第20页
        1.2.3 根际定殖第20-21页
    1.3 真菌基因组研究第21-22页
        1.3.1 线虫生防真菌基因组第21页
        1.3.2 基因组与次级代谢产物第21-22页
    1.4 真菌次级代谢产物的合成与调控第22-26页
        1.4.1 聚酮类化合物的生物合成第22-23页
        1.4.2 非核糖体肽类化合物的生物合成第23-25页
        1.4.3 PKS-NRPS杂合体的生物合成第25页
        1.4.4 真菌的其他次级代谢产物第25-26页
        1.4.5 次级代谢产物合成的调控机制第26页
    1.5 淡紫拟青霉的次级代谢产物第26-28页
    1.6 科学问题的提出第28-29页
    1.7 研究内容与技术路线第29-30页
        1.7.1 研究内容第29页
        1.7.2 技术路线第29-30页
第二章 淡紫拟青霉的遗传转化第30-38页
    2.1 材料与方法第30-34页
        2.1.1 供试菌株第30页
        2.1.2 质粒载体第30页
        2.1.3 培养基与试剂第30-31页
        2.1.4 p KOV-GFP的构建第31-32页
        2.1.5 G418对淡紫拟青霉抑制浓度筛选第32页
        2.1.6 原生质体制备第32-33页
        2.1.7 PEG介导的原生质体转化第33页
        2.1.8 转化子的验证第33页
        2.1.9 野生菌株和转化菌株的生长速率比较第33页
        2.1.10 转化菌株的荧光遗传稳定性分析第33-34页
    2.2 结果与分析第34-37页
        2.2.1 p KOV-GFP载体构建第34页
        2.2.2 不同细胞壁裂解酶制备原生质体的效率第34-35页
        2.2.3 淡紫拟青霉对G418抗性浓度筛选结果第35-36页
        2.2.4 转化菌株的PCR分子鉴定及荧光表型鉴定第36页
        2.2.5 野生菌株与转化菌株的生长速率比较第36-37页
    2.3 结论与讨论第37-38页
第三章 淡紫拟青霉基因组分析第38-66页
    3.1 材料与方法第38-41页
        3.1.1 测序菌株第38页
        3.1.2 DNA样品提取第38页
        3.1.3 RNA样品提取第38-39页
        3.1.4 基因组测序和组装第39页
        3.1.5 基因预测及功能注释第39页
        3.1.6 基因家族分析第39-40页
        3.1.7 系统发育树和比较基因组分析第40-41页
        3.1.8 次级代谢产物合成酶基因分析第41页
    3.2 结果与分析第41-65页
        3.2.1 淡紫拟青霉基因组基本特征第41-44页
        3.2.2 重复序列第44-45页
        3.2.3 基因功能分类第45-47页
        3.2.4 水解酶类第47-53页
        3.2.5 系统发育分析第53-56页
        3.2.6 基因家族扩张分析第56-59页
        3.2.7 淡紫拟青霉基因组编码的次级代谢产物第59-65页
    3.3 结论与讨论第65-66页
第四章 Leucinostatin合成途径的研究第66-89页
    4.1 材料与方法第66-72页
        4.1.1 供试菌株第66页
        4.1.2 质粒载体第66页
        4.1.3 培养基与试剂第66-67页
        4.1.4 普通PCR扩增体系与引物序列第67页
        4.1.5 敲除载体与过表达载体的构建第67-69页
        4.1.6 同源敲除方法第69-70页
        4.1.7 qRT-PCR第70-71页
        4.1.8 淡紫拟青霉的发酵培养第71-72页
        4.1.9 粗提物的HPLC-MS检测第72页
        4.1.10 化合物的分离纯化第72页
        4.1.11 抗真菌活性实验第72页
    4.2 结果与分析第72-87页
        4.2.1 对于VFPBJ_02539(lcs A)的分析第72-73页
        4.2.2 lcs A基因敲除第73-75页
        4.2.3 lcs基因簇边界的确定第75-78页
        4.2.4 lcs基因簇中关键基因的敲除第78-79页
        4.2.5 转录因子过表达第79-82页
        4.2.6 Leucinostatins的合成途径第82-85页
        4.2.7 Leucinostatins对于卵菌的生物活性第85-87页
    4.3 结论与讨论第87-89页
第五章 全文结论第89-91页
参考文献第91-101页
致谢第101-102页
作者简历第102页

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