| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要符号表 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-63页 |
| 1.1 图位克隆技术在小麦基因分离中的应用 | 第13-20页 |
| 1.1.1 小麦基因图位克隆的可行性 | 第13-15页 |
| 1.1.2 已图位克隆的小麦基因 | 第15页 |
| 1.1.3 小麦基因图位克隆面临的诸多挑战 | 第15-16页 |
| 1.1.4 高密度遗传图谱的构建 | 第16-17页 |
| 1.1.5 物理图谱的构建 | 第17-18页 |
| 1.1.6 测序和候选基因的鉴定 | 第18页 |
| 1.1.7 候选基因的验证 | 第18-19页 |
| 1.1.8 比较基因组学在小麦基因图位克隆中的应用和局限性 | 第19-20页 |
| 1.1.9 生物信息学在小麦基因图位克隆中的作用 | 第20页 |
| 1.2 小麦基因定位中的分子标记研究进展 | 第20-26页 |
| 1.2.1 不基于序列进行开发的分子标记 | 第21-22页 |
| 1.2.2 基于少量序列进行开发的分子标记 | 第22-23页 |
| 1.2.3 基于大量序列进行开发的分子标记 | 第23-26页 |
| 1.3 禾本科作物的比较基因组学研究现状 | 第26-33页 |
| 1.3.1 比较基因组学的遗传基础 | 第26-28页 |
| 1.3.2 非麦类作物的比较基因组学研究进展 | 第28-29页 |
| 1.3.3 麦类作物的比较基因组学研究进展 | 第29-33页 |
| 1.4 测序技术发展现状 | 第33-39页 |
| 1.4.1 第一代测序技术 | 第33页 |
| 1.4.2 第二代测序技术 | 第33-36页 |
| 1.4.3 第三代测序技术 | 第36-37页 |
| 1.4.4 测序技术的应用 | 第37-38页 |
| 1.4.5 测序技术的展望 | 第38-39页 |
| 1.5 芯片和测序技术在基因定位克隆中的应用 | 第39-49页 |
| 1.5.1 关联作图和连锁作图方法的比较 | 第39-40页 |
| 1.5.2 芯片技术在基因定位克隆中的应用 | 第40页 |
| 1.5.3 个体全基因组重测序技术在基因定位克隆中的应用 | 第40-42页 |
| 1.5.4 个体目标区域重测序技术在基因定位克隆中的应用 | 第42-43页 |
| 1.5.5 混池测序技术和个体目标区域测序技术在基因定位克隆中的比较 | 第43-45页 |
| 1.5.6 混池测序技术在基因定位克隆中的应用 | 第45-48页 |
| 1.5.7 突变体个体测序技术在基因克隆中的应用 | 第48页 |
| 1.5.8 测序技术在基因定位克隆中的应用展望 | 第48-49页 |
| 1.6 小麦基因组学研究现状 | 第49-59页 |
| 1.6.1 基因组学的主要目标 | 第49-50页 |
| 1.6.2 小麦整合的数据平台 | 第50-51页 |
| 1.6.3 小麦基因组作图 | 第51页 |
| 1.6.4 小麦基因组测序、组装和注释 | 第51-54页 |
| 1.6.5 小麦基因组多态性挖掘和关联分析 | 第54-55页 |
| 1.6.6 小麦的起源和进化 | 第55-57页 |
| 1.6.7 小麦基因组、转录组和表观组的特征 | 第57-59页 |
| 1.7 立题依据和研究目标 | 第59-63页 |
| 1.7.1 立题依据 | 第59-60页 |
| 1.7.2 研究目标 | 第60页 |
| 1.7.3 研究内容 | 第60-63页 |
| 第二章 小麦BSR-Seq基因定位技术体系的建立 | 第63-97页 |
| 2.1 材料 | 第63页 |
| 2.2 方法 | 第63-67页 |
| 2.2.1 白粉菌抗病性鉴定 | 第63-64页 |
| 2.2.2 DNA提取、混池构建、PCR反应体系和聚丙烯酰胺凝胶电泳 | 第64页 |
| 2.2.3 RNA提取和转录组测序(RNA-Seq) | 第64-65页 |
| 2.2.4 转录组数据分析 | 第65-66页 |
| 2.2.5 与目标基因紧密连锁转录本的筛选 | 第66页 |
| 2.2.6 共线性分析和分子标记开发 | 第66页 |
| 2.2.7 独立性检验、连锁分析和遗传图谱构建 | 第66-67页 |
| 2.3 结果 | 第67-93页 |
| 2.3.1 抗白粉病基因PmSe分离群体抗病性鉴定和比较基因组学分析 | 第67-71页 |
| 2.3.2 小麦BSR-Seq基因定位体系的初步建立 | 第71-80页 |
| 2.3.3 小麦BSR-Seq基因定位体系的优化 | 第80-90页 |
| 2.3.4 小麦BSR-Seq基因定位实验的设计 | 第90-93页 |
| 2.4 讨论 | 第93-97页 |
| 2.4.1 参考基因组序列对BSR-Seq基因定位效果的影响 | 第93-94页 |
| 2.4.2 BSR-Seq基因定位中参数的优化配置 | 第94-96页 |
| 2.4.3 BSR-Seq基因定位实验的设计 | 第96-97页 |
| 第三章 小麦BSR-Seq基因定位技术体系的应用 | 第97-161页 |
| 3.1 材料 | 第97-100页 |
| 3.1.1 转录组测序数据 | 第97-100页 |
| 3.1.2 参考序列 | 第100页 |
| 3.2 方法 | 第100-101页 |
| 3.2.1 转录组数据的质量控制 | 第100页 |
| 3.2.2 转录组数据从头组装 | 第100页 |
| 3.2.3 转录数据的比对和过滤 | 第100页 |
| 3.2.4 SNP变异挖掘、过滤和注释 | 第100-101页 |
| 3.2.5 与目标基因紧密连锁转录本的筛选 | 第101页 |
| 3.2.6 SNP标记开发、分型和遗传定位 | 第101页 |
| 3.2.7 转录本的功能注释 | 第101页 |
| 3.2.8 BAC测序、组装和注释 | 第101页 |
| 3.3 结果 | 第101-154页 |
| 3.3.1 粗山羊草抗叶锈病基因Lr42的BSR-Seq分析和精细定位 | 第101-106页 |
| 3.3.2 小麦抗白粉病基因Pm5e的BSR-Seq分析和精细定位 | 第106-110页 |
| 3.3.3 小麦抗白粉病基因PmTm4的BSR-Seq分析和精细定位 | 第110-114页 |
| 3.3.4 小麦抗白粉病基因MIHLT的BSR-Seq分析和精细定位 | 第114-118页 |
| 3.3.5 小麦抗白粉病基因PmH962的BSR-Seq分析和拟精细定位 | 第118-121页 |
| 3.3.6 小麦抗叶枯病基因Sb3的BSR-Seq分析和精细定位 | 第121-125页 |
| 3.3.7 小麦蜡质合成基因W1的BSR-Seq分析和精细定位 | 第125-129页 |
| 3.3.8 小麦矮杆基因Rht2BL的BSR-Seq分析和定位 | 第129-133页 |
| 3.3.9 小麦抗条锈病基因YrHuaiyang1的BSR-Seq分析和定位 | 第133-138页 |
| 3.3.10 小麦抗条锈病基因YrMengmai58的BSR-Seq分析和定位 | 第138-142页 |
| 3.3.11 小麦品系郑麦103抗条锈病基因的BSR-Seq分析和定位 | 第142-148页 |
| 3.3.12 小麦品种周麦22抗条锈病基因的BSR-Seq分析和定位 | 第148-150页 |
| 3.3.13 小麦品系中育1152抗条锈病基因的BSR-Seq分析和定位 | 第150-154页 |
| 3.4 讨论 | 第154-161页 |
| 3.4.1 小麦BSR-Seq基因定位方法的适用范围和应用效果分析 | 第154-156页 |
| 3.4.2 小麦BSR-Seq基因定位实验的设计和数据分析考量 | 第156-158页 |
| 3.4.3 小麦BSR-Seq基因定位方法的局限性和展望 | 第158-161页 |
| 第四章 粗山羊草3DS染色体臂测序和序列分析 | 第161-193页 |
| 4.1 材料 | 第161-162页 |
| 4.1.1 粗山羊草3DS染色体臂BAC文库和物理图谱 | 第161页 |
| 4.1.2 高密度遗传图谱、酶切图谱和辐射杂交图谱 | 第161-162页 |
| 4.1.3 核苷酸序列和蛋白序列 | 第162页 |
| 4.2 方法 | 第162-166页 |
| 4.2.1 BAC克隆DNA提取和混池 | 第162页 |
| 4.2.2 BAC混池和BAC末端的测序 | 第162-163页 |
| 4.2.3 序列组装、校正、排序和确定方向 | 第163页 |
| 4.2.4 重复序列、蛋白编码基因和蛋白结构域注释 | 第163-164页 |
| 4.2.5 鉴定同源基因、保守基因、非保守基因、复制基因和共线性区块 | 第164页 |
| 4.2.6 核苷酸多态性的分析和变异挖掘 | 第164-165页 |
| 4.2.7 同义替换率(Ks)和非同义替换率(Ka)的分析 | 第165页 |
| 4.2.8 转录组组装、表达分析和基因结构变化的验证 | 第165页 |
| 4.2.9 叶片DNA提取、引物设计、PCR反应体系和琼脂糖凝胶电泳 | 第165-166页 |
| 4.3 结果 | 第166-187页 |
| 4.3.1 粗山羊草3DS染色体臂(At3DS)的测序和组装 | 第166-167页 |
| 4.3.2 重复序列和基因的注释与分析 | 第167-173页 |
| 4.3.3 TE密度、基因密度和重组率的关系 | 第173-175页 |
| 4.3.4 保守基因和禾本科基因组的比较 | 第175-180页 |
| 4.3.5 At3DS和Ta3BS的比较 | 第180-182页 |
| 4.3.6 At3DS和Ta3DS的宏观比较 | 第182-184页 |
| 4.3.7 At3DS和Ta3DS的微观比较 | 第184-187页 |
| 4.4 讨论 | 第187-193页 |
| 4.4.1 复杂基因组的测序和组装 | 第187-188页 |
| 4.4.2 麦类物种基因组共有的特征 | 第188-190页 |
| 4.4.3 麦类物种基因组的进化 | 第190页 |
| 4.4.4 多倍体化后基因组的进化 | 第190-193页 |
| 第五章 结论 | 第193-195页 |
| 参考文献 | 第195-211页 |
| 致谢 | 第211-213页 |
| 作者简历 | 第213-214页 |
