| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 缩略表 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-30页 |
| 1 肠道健康与微生物关系 | 第17-21页 |
| 1.1 肠道屏障功能 | 第17-18页 |
| 1.2 维持肠道结构和功能稳定 | 第18-20页 |
| 1.3 调节宿主免疫 | 第20-21页 |
| 2 鱼类肠道微生物特点 | 第21-26页 |
| 2.1 鱼类肠道微生物组成 | 第21-23页 |
| 2.2 影响鱼类肠道微生物的因素 | 第23-24页 |
| 2.3 鱼类肠道微生物区段差异 | 第24-26页 |
| 3 鱼类肠道健康与微生物之间关系 | 第26-28页 |
| 3.1 营养功能 | 第26-27页 |
| 3.2 免疫调控功能 | 第27-28页 |
| 3.3 其他功能 | 第28页 |
| 4 研究进展与不足 | 第28-29页 |
| 5 本研究的目的意义 | 第29-30页 |
| 第二章 斑马鱼肠道不同区段粘液蛋白及功能特点的蛋白质组学研究 | 第30-52页 |
| 1 前言 | 第30-31页 |
| 2 试验材料 | 第31-33页 |
| 2.1 试验鱼与养殖条件 | 第31-32页 |
| 2.2 主要试剂 | 第32-33页 |
| 2.3 主要仪器 | 第33页 |
| 3 试验方法 | 第33-36页 |
| 3.1 粘液厚度测定 | 第33-34页 |
| 3.2 粘液的获取 | 第34页 |
| 3.3 粘液蛋白的提取及定量 | 第34-35页 |
| 3.4 粘液蛋白iTRAQ标记 | 第35页 |
| 3.5 粘液蛋白iTRAQ色谱分析 | 第35-36页 |
| 3.6 蛋白鉴定以及差异分析 | 第36页 |
| 3.7 差异蛋白注释以及功能分类 | 第36页 |
| 4 结果与分析 | 第36-49页 |
| 4.1 粘液厚度 | 第36-38页 |
| 4.2 差异蛋白鉴定 | 第38-40页 |
| 4.3 差异蛋白GO以及KEGG富集分析 | 第40-49页 |
| 5 讨论 | 第49-52页 |
| 第三章 斑马鱼不同肠道区段功能特点的转录组学研究 | 第52-76页 |
| 1 前言 | 第52页 |
| 2 试验材料 | 第52-53页 |
| 2.1 试验鱼与养殖条件 | 第52页 |
| 2.2 主要试剂 | 第52-53页 |
| 2.3 主要仪器 | 第53页 |
| 3 试验方法 | 第53-57页 |
| 3.1 斑马鱼肠道样品的获取 | 第53页 |
| 3.2 总RNA提取 | 第53-54页 |
| 3.3 mRNA的富集以及打断 | 第54-55页 |
| 3.4 双链cDNA的合成和纯化 | 第55页 |
| 3.5 末端修复 | 第55-56页 |
| 3.6 3’末端腺苷酸化 | 第56页 |
| 3.7 连接接头（Adapters） | 第56页 |
| 3.8 DNA片段的富集 | 第56-57页 |
| 3.9 检测建库以及上机测序 | 第57页 |
| 3.10 数据分析 | 第57页 |
| 4 结果与分析 | 第57-72页 |
| 4.1 测序质量评估 | 第57-60页 |
| 4.2 显著差异表达基因筛选 | 第60页 |
| 4.3 显著差异表达基因GO分析 | 第60-68页 |
| 4.4 显著差异表达基因Pathway富集 | 第68-72页 |
| 5 讨论 | 第72-76页 |
| 第四章 斑马鱼不同肠道区段粘附菌群特点 16S测序研究 | 第76-91页 |
| 1 前言 | 第76-77页 |
| 2 试验材料 | 第77页 |
| 2.1 试验鱼与养殖条件 | 第77页 |
| 2.2 常用溶液试剂 | 第77页 |
| 2.3 试剂盒、工具酶和生化试剂 | 第77页 |
| 2.4 仪器 | 第77页 |
| 3 试验方法 | 第77-81页 |
| 3.1 粘液样品的获得 | 第77页 |
| 3.2 DNA的提取 | 第77-78页 |
| 3.3 PCR扩增 | 第78-79页 |
| 3.4 PCR产物纯化回收 | 第79页 |
| 3.5 文库构建 | 第79页 |
| 3.6 粘液菌群高通量测序 | 第79-80页 |
| 3.7 测序数据质控 | 第80页 |
| 3.8 生物信息学分析 | 第80-81页 |
| 4 结果与分析 | 第81-88页 |
| 4.1 测序数据统计 | 第81页 |
| 4.2 OTUs统计分析 | 第81-83页 |
| 4.3 粘附菌群结构分析 | 第83-86页 |
| 4.4 UPGMA聚类以及PCoA分析 | 第86-88页 |
| 5 讨论 | 第88-91页 |
| 第五章 肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的研究 | 第91-111页 |
| 1 前言 | 第91-92页 |
| 2 试验材料 | 第92-93页 |
| 2.1 试验鱼和养殖条件 | 第92页 |
| 2.2 常用溶液 | 第92-93页 |
| 2.3 植酸酶 | 第93页 |
| 2.4 引物合成和核酸测序 | 第93页 |
| 2.5 试剂盒、工具酶和生化试剂 | 第93页 |
| 2.6 主要仪器 | 第93页 |
| 3 试验方法 | 第93-101页 |
| 3.1 饲料制备 | 第93-94页 |
| 3.2 试验鱼管理 | 第94-95页 |
| 3.3 称重和取样 | 第95页 |
| 3.4 磷的利用率测定 | 第95页 |
| 3.5 肠道粘附菌DNA样品提取 | 第95-96页 |
| 3.6 肠道粘附菌鉴定 | 第96-99页 |
| 3.7 肠黏膜形态检测 | 第99页 |
| 3.8 肠道RNA提取 | 第99页 |
| 3.9 肠道细胞因子和应激因子检测 | 第99-101页 |
| 3.10 数据分析 | 第101页 |
| 4 结果与分析 | 第101-109页 |
| 4.1 生长性能以及磷的利用 | 第101-102页 |
| 4.2 肠道粘附菌群变化 | 第102-106页 |
| 4.3 肠黏膜形态 | 第106-108页 |
| 4.4 肠道细胞因子与应激因子mRNA表达量 | 第108-109页 |
| 5 讨论 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-126页 |
| 作者简历 | 第126-128页 |
| 致谢 | 第128-130页 |
