| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-31页 |
| 1.1 团头鲂养殖及育种现状 | 第13-16页 |
| 1.1.1 团头鲂的养殖现状 | 第13页 |
| 1.1.2 团头鲂的遗传育种研究 | 第13-16页 |
| 1.1.2.1 团头鲂种质资源研究 | 第14-15页 |
| 1.1.2.2 团头鲂遗传改良研究 | 第15-16页 |
| 1.2 鱼类低氧胁迫的研究进展 | 第16-19页 |
| 1.2.1 低氧胁迫对鱼类的影响 | 第16-18页 |
| 1.2.1.1 低氧胁迫对鱼类胚胎发育的影响 | 第16-17页 |
| 1.2.1.2 低氧胁迫对鱼类摄食消化的影响 | 第17页 |
| 1.2.1.3 低氧胁迫对鱼类生长的影响 | 第17页 |
| 1.2.1.4 低氧胁迫对鱼类游泳运动的影响 | 第17-18页 |
| 1.2.2 鱼类对水体低氧的应对研究 | 第18-19页 |
| 1.2.2.1 鱼类在行为形态方面的适应 | 第18-19页 |
| 1.2.2.2 鱼类在生理生化方面的适应 | 第19页 |
| 1.3 鱼类低氧相关基因的研究 | 第19-21页 |
| 1.4 SNP标记及其在水产育种上的应用 | 第21-29页 |
| 1.4.1 SNP标记的类型和特点 | 第21-22页 |
| 1.4.2 SNP标记的检测分型方法 | 第22-25页 |
| 1.4.3 SNP在水产动物遗传育种中的应用 | 第25-29页 |
| 1.4.3.1 遗传连锁图谱的构建 | 第25-26页 |
| 1.4.3.2 性状关联分析与QTL定位 | 第26-28页 |
| 1.4.3.3 种群遗传相关研究 | 第28-29页 |
| 1.5 本研究的主要内容、目的和意义 | 第29-31页 |
| 第二章 团头鲂低氧性状的遗传分析及低氧耐受和敏感群体的构建 | 第31-46页 |
| 2.1 材料及方法 | 第31-35页 |
| 2.1.1 家系建立及培育 | 第31页 |
| 2.1.2 低氧耐受性能测试 | 第31-34页 |
| 2.1.3 团头鲂低氧耐受和敏感家系的筛选及基础群构建 | 第34页 |
| 2.1.4 鱼体规格对低氧耐受性能的影响 | 第34页 |
| 2.1.5 团头鲂低氧耐受性状的遗传力估算及其显著性检验 | 第34-35页 |
| 2.1.6 数据分析 | 第35页 |
| 2.2 实验结果 | 第35-42页 |
| 2.2.1 低氧测试中不同家系鱼体失去平衡的比例变化 | 第35-37页 |
| 2.2.2 团头鲂低氧耐受和低氧敏感群体的筛选和构建 | 第37页 |
| 2.2.3 团头鲂鱼体规格对低氧耐受性能的影响 | 第37-41页 |
| 2.2.4 团头鲂低氧耐受性状的遗传力估算及其显著性检验 | 第41-42页 |
| 2.3 讨论 | 第42-46页 |
| 2.3.1 团头鲂低氧性状相关指标 | 第42-43页 |
| 2.3.2 团头鲂规格对鱼体低氧耐受能力的影响 | 第43-44页 |
| 2.3.3 团头鲂低氧耐受性状遗传力估计及育种选择 | 第44-46页 |
| 第三章 低氧胁迫条件下团头鲂肌肉转录组特征分析 | 第46-75页 |
| 3.1 材料与方法 | 第46-52页 |
| 3.1.1 实验鱼及低氧处理 | 第46-47页 |
| 3.1.2 RNA样品处理及检测处理 | 第47-48页 |
| 3.1.2.1 总RNA提取 | 第47-48页 |
| 3.1.2.2 总RNA样品检测 | 第48页 |
| 3.1.3 文库的构建及检测 | 第48-49页 |
| 3.1.4 上机测序 | 第49页 |
| 3.1.5 生物信息学分析 | 第49-52页 |
| 3.1.5.1 测序数据组装 | 第50页 |
| 3.1.5.2 基因功能注释及分类 | 第50-51页 |
| 3.1.5.3 差异表达基因分析 | 第51页 |
| 3.1.5.4 实时荧光定量PCR | 第51-52页 |
| 3.2 实验结果 | 第52-70页 |
| 3.2.1 总RNA的检测 | 第52-54页 |
| 3.2.2 测序数据质量情况 | 第54页 |
| 3.2.3 转录本拼接 | 第54-56页 |
| 3.2.4 基因功能注释及分类 | 第56-61页 |
| 3.2.4.1 基因功能注释 | 第56-58页 |
| 3.2.4.2 GO分类 | 第58页 |
| 3.2.4.3 KOG分类 | 第58-61页 |
| 3.2.4.4 KEGG分类 | 第61页 |
| 3.2.5 差异表达基因分析 | 第61-66页 |
| 3.2.6 差异表达基因GO富集分析 | 第66-69页 |
| 3.2.7 差异基因KEGG富集分析 | 第69-70页 |
| 3.3 讨论 | 第70-75页 |
| 3.3.1 转录组的测序数据质量 | 第70-71页 |
| 3.3.2 低氧敏感群体和低氧耐受群体转录组一致性分析 | 第71-72页 |
| 3.3.3 低氧耐受和低氧敏感群体转录组的差异分析 | 第72-73页 |
| 3.3.4 团头鲂肌肉转录组与其他研究和鱼类转录组的比较 | 第73-75页 |
| 第四章 团头鲂低氧相关分子标记的开发 | 第75-90页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第75-80页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第75-76页 |
| 4.1.1.1 主要设备与仪器 | 第75-76页 |
| 4.1.1.2 主要试剂 | 第76页 |
| 4.1.1.3 用于SNP筛选和分型的样品 | 第76页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第76-80页 |
| 4.1.2.1 基因组DNA提取及检测 | 第76-77页 |
| 4.1.2.2 SNP位点的筛选 | 第77页 |
| 4.1.2.3 引物的设计和合成 | 第77页 |
| 4.1.2.4 引物筛选验证 | 第77-78页 |
| 4.1.2.5 内切酶筛选和验证 | 第78-79页 |
| 4.1.2.6 数据分析 | 第79-80页 |
| 4.2 实验结果 | 第80-86页 |
| 4.2.1 转录组的分子标记信息 | 第80-81页 |
| 4.2.2 编码SNPs的筛选 | 第81页 |
| 4.2.3 模板DNA的制备和引物检测 | 第81-82页 |
| 4.2.4 酶切产物检验和分析 | 第82-83页 |
| 4.2.5 SNP位点的遗传多态性分析 | 第83-85页 |
| 4.2.6 SNP与低氧耐受性状关联分析 | 第85-86页 |
| 4.3 讨论 | 第86-90页 |
| 4.3.1 SNP标记的开发 | 第86-87页 |
| 4.3.2 SNPs遗传多态性分析 | 第87-88页 |
| 4.3.3 低氧相关SNP标记分析 | 第88-90页 |
| 第五章 团头鲂低氧品系子二代构建及低氧性能分析 | 第90-101页 |
| 5.1 材料和方法 | 第90-93页 |
| 5.1.1 亲本来源和培育 | 第90-91页 |
| 5.1.2 人工催产授精 | 第91页 |
| 5.1.3 混合家系构建 | 第91-92页 |
| 5.1.4 家系标准化培育养殖 | 第92页 |
| 5.1.5 低氧性状测试 | 第92-93页 |
| 5.1.6 个体基因分型 | 第93页 |
| 5.1.7 数据整理分析 | 第93页 |
| 5.2 实验结果 | 第93-97页 |
| 5.2.1 SNPs位点引物在子代中的扩增情况 | 第93页 |
| 5.2.2 不同繁殖组合子代的受精率、孵化率及成活率 | 第93-94页 |
| 5.2.3 不同繁殖组合子代低氧耐受性和生长性能 | 第94-96页 |
| 5.2.4 子代耐受和敏感群体的SNP标记分型 | 第96-97页 |
| 5.2.5 不同低氧测试群体子代SNPs标记分型 | 第97页 |
| 5.3 讨论 | 第97-101页 |
| 5.3.1 不同繁殖组合子代群体的低氧耐受、繁殖和生长性能 | 第97-99页 |
| 5.3.2 分子标记辅助选择的有效性分析 | 第99-100页 |
| 5.3.3 本研究的不足和改进的方向 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-117页 |
| 读博期间论文发表情况 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
