| 论文创新点 | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 中文摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 引言 | 第17页 |
| 第一部分 差异转录组的生物信息学研究体系的建立 | 第17-23页 |
| 1 计算机硬件 | 第19页 |
| 2 软件和网上数据库 | 第19页 |
| 3 构建体系 | 第19-23页 |
| 第二部分 慢性镉暴露小鼠睾丸转录组差异研究 | 第23-47页 |
| 1 材料 | 第26-27页 |
| 2 方法 | 第27-31页 |
| 2.1 模型制备 | 第27页 |
| 2.2 血镉含量测定 | 第27页 |
| 2.3 血清睾酮测定 | 第27-28页 |
| 2.4 睾丸中镉含量测定 | 第28页 |
| 2.5 总RNA提取 | 第28页 |
| 2.6 测序文库构建及转录组测序 | 第28-29页 |
| 2.7 cDNA合成 | 第29页 |
| 2.8 QPCR | 第29-30页 |
| 2.9 RNA-seq数据分析 | 第30-31页 |
| 2.10 统计分析 | 第31页 |
| 3 结果 | 第31-44页 |
| 3.1 镉在小鼠体内沉积并影响睾酮含量 | 第31-32页 |
| 3.2 转录组测序 | 第32-34页 |
| 3.3 基因差异表达分析 | 第34-37页 |
| 3.4 KEGG通路分析 | 第37-39页 |
| 3.5 基因相互作用网络 | 第39-40页 |
| 3.6 QPCR验证RNA-seq数据可靠性 | 第40-41页 |
| 3.7 镉应答差异基因的转录调控和转录后调控 | 第41-43页 |
| 3.8 lncRNA差异表达分析 | 第43-44页 |
| 4 讨论 | 第44-46页 |
| 5 结论 | 第46-47页 |
| 第三部分 人类心脏发育相关的转录组差异研究 | 第47-87页 |
| 1 材料和方法 | 第50-51页 |
| 1.1 心脏样本 | 第50页 |
| 1.2 RNA-seq数据分析 | 第50页 |
| 1.3 ChIP-seq数据分析 | 第50-51页 |
| 1.4 全基因组DNA甲基化数据分析 | 第51页 |
| 1.5 数据可视化 | 第51页 |
| 1.6 脚本程序 | 第51页 |
| 2 结果 | 第51-83页 |
| 2.1 胎儿心脏和成年人心脏具有不同的基因表达模式 | 第51-54页 |
| 2.2 心脏差异转录组与心脏功能高度相关 | 第54-56页 |
| 2.3 基于网络的方法预测lncRNA功能 | 第56-59页 |
| 2.4 心脏转录组的表观调控 | 第59-63页 |
| 2.5 心脏中远端增强子的鉴定 | 第63-69页 |
| 2.6 心脏中存在不同类别的增强子 | 第69-83页 |
| 3 讨论 | 第83-85页 |
| 4 结论 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-94页 |
| 综述 | 第94-111页 |
| 参考文献 | 第105-111页 |
| 在读期间科研成果目录 | 第111-112页 |
| 附录 | 第112-116页 |
| 致谢 | 第116页 |