| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-19页 |
| 绪论 | 第19-30页 |
| 1 牡蛎遗传育种研究进展 | 第19-28页 |
| ·常规育种方法 | 第19-25页 |
| ·选择育种 | 第19-23页 |
| ·个体选育 | 第20-22页 |
| ·家系选育 | 第22-23页 |
| ·杂交育种 | 第23-25页 |
| ·分子标记辅助选择育种 | 第25-26页 |
| ·中国牡蛎育种发展现状 | 第26-28页 |
| 2 本研究的目标、研究内容与技术路线 | 第28-30页 |
| ·研究目标 | 第28页 |
| ·研究内容 | 第28页 |
| ·技术路线 | 第28-30页 |
| 第一章 巨蛎属牡蛎亲缘关系分子解析 | 第30-87页 |
| 第一节 巨蛎属牡蛎的DNA鉴别 | 第30-40页 |
| 0 引言 | 第30-31页 |
| 1 材料与方法 | 第31-35页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第31-33页 |
| ·样品采集 | 第31页 |
| ·DNA的提取 | 第31-33页 |
| ·试剂准备 | 第31-32页 |
| ·DNA提取流程 | 第32-33页 |
| ·DNA浓度与纯度检测 | 第33页 |
| ·PCR扩增及DGGE分析 | 第33-35页 |
| ·线粒体DNA片段的开发及引物设计 | 第33页 |
| ·PCR扩增反应体系与条件 | 第33页 |
| ·DGGE分析 | 第33-35页 |
| ·电泳试剂准备 | 第33-34页 |
| ·电泳及银染 | 第34-35页 |
| ·序列分析 | 第35页 |
| 2 结果 | 第35-37页 |
| 3 讨论 | 第37-40页 |
| 第二节 基于线粒体基因组的巨蛎属牡蛎亲缘关系解析 | 第40-63页 |
| 0 引言 | 第40页 |
| 1 材料与方法 | 第40-45页 |
| ·样品采集和DNA提取 | 第40页 |
| ·Long-PCR扩增和DNA测序 | 第40-42页 |
| ·线粒体基因组的注释 | 第42页 |
| ·序列拼接 | 第42页 |
| ·基因注释 | 第42页 |
| ·比较基因组学分析 | 第42页 |
| ·系统发生分析 | 第42-45页 |
| ·序列联配 | 第42-45页 |
| ·系统发生构建方法 | 第45页 |
| 2 结果与讨论 | 第45-63页 |
| ·岩牡蛎和密鳞牡蛎的线粒体基因组特性 | 第45-51页 |
| ·线粒体基因组组成和结构 | 第45-48页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第48-49页 |
| ·核糖体RNA和转运RNA | 第49-50页 |
| ·非编码区 | 第50-51页 |
| ·巨蛎属七种牡蛎线粒体基因组比较分析 | 第51-63页 |
| ·基因组组成比较 | 第51-53页 |
| ·基因排列比较 | 第53-54页 |
| ·蛋白质编码基因比较 | 第54-55页 |
| ·核糖体RNA比较 | 第55页 |
| ·转运RNA比较 | 第55-56页 |
| ·非编码区比较 | 第56-57页 |
| ·七种牡蛎线粒体基因组的遗传分化 | 第57-59页 |
| ·系统发生分析 | 第59-63页 |
| 第三节 太平洋牡蛎与褶牡蛎种群遗传分化研究 | 第63-75页 |
| 0 引言 | 第63页 |
| 1 材料与方法 | 第63-67页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第63-64页 |
| ·样品采集 | 第63-64页 |
| ·DNA的提取 | 第64页 |
| ·微卫星分析 | 第64-66页 |
| ·PCR扩增反应体系与条件 | 第64-65页 |
| ·PCR产物电泳检测和条带判读 | 第65-66页 |
| ·胶的制备 | 第65-66页 |
| ·银染 | 第66页 |
| ·数据分析 | 第66-67页 |
| 2 结果 | 第67-72页 |
| ·遗传多样性 | 第67-70页 |
| ·遗传分化 | 第70-72页 |
| 3 讨论 | 第72-75页 |
| 第四节 基于核基因HSP70的巨蛎属牡蛎亲缘关系分析 | 第75-87页 |
| 0 引言 | 第75-76页 |
| 1 材料与方法 | 第76-78页 |
| ·样品采集和DNA提取 | 第76页 |
| ·PCR扩增和DNA测序 | 第76-77页 |
| ·数据处理及分析 | 第77-78页 |
| 2 结果与讨论 | 第78-87页 |
| ·序列初步分析 | 第78-79页 |
| ·遗传分化 | 第79页 |
| ·系统发生分析 | 第79-82页 |
| ·种特异性SNP位点 | 第82-83页 |
| ·基于SNP位点基因型的种间遗传距离与聚类分析 | 第83-84页 |
| ·有明巨牡蛎SNP位点等位基因频率分析 | 第84-87页 |
| 第二章 太平洋牡蛎良种选育的遗传学基础研究 | 第87-111页 |
| 第一节 太平洋牡蛎EST-SSR的分离及特性 | 第87-102页 |
| 0 引言 | 第87-88页 |
| 1 材料与方法 | 第88-93页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第88-89页 |
| ·样品采集 | 第88-89页 |
| ·DNA的提取 | 第89页 |
| ·成体闭壳肌DNA的提取 | 第89页 |
| ·D型幼虫DNA的提取 | 第89页 |
| ·试剂准备 | 第89页 |
| ·DNA提取流程 | 第89页 |
| ·太平洋牡蛎EST序列中微卫星的筛选 | 第89页 |
| ·微卫星引物设计 | 第89-90页 |
| ·PCR扩增及产物检测 | 第90-93页 |
| ·PCR扩增反应体系与条件 | 第90页 |
| ·PCR产物电泳检测和条带判读 | 第90-93页 |
| ·数据统计分析 | 第93页 |
| 2 结果 | 第93-99页 |
| ·太平洋牡蛎EST序列中微卫星的筛选结果 | 第93-95页 |
| ·EST-SSR多态性分析 | 第95页 |
| ·EST-SSR的种间可扩增性 | 第95页 |
| ·EST-SSR的遗传分离模式 | 第95-99页 |
| 3 讨论 | 第99-102页 |
| ·EST:太平洋牡蛎微卫星开发的重要资源 | 第99页 |
| ·EST-SSR的开发与多态性 | 第99-100页 |
| ·种间可扩增性 | 第100页 |
| ·EST-SSR的遗传及无效等位基因 | 第100-102页 |
| 第二节 太平洋牡蛎养殖群体与野生群体的种群遗传学研究 | 第102-111页 |
| 0 引言 | 第102-103页 |
| 1 材料与方法 | 第103-104页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第103-104页 |
| ·样品采集 | 第103-104页 |
| ·DNA的提取 | 第104页 |
| ·微卫星分析 | 第104页 |
| ·数据分析 | 第104页 |
| 2 结果 | 第104-109页 |
| ·遗传多样性 | 第104-106页 |
| ·遗传分化 | 第106-109页 |
| 3 讨论 | 第109-111页 |
| 第三章 美洲牡蛎良种选育的遗传学基础研究 | 第111-150页 |
| 第一节 美洲牡蛎选育群体的遗传多样性及与野生群体的遗传分化 | 第111-125页 |
| 0 引言 | 第111-112页 |
| 1 材料与方法 | 第112-114页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第112-113页 |
| ·样品采集 | 第112-113页 |
| ·DNA的提取 | 第113页 |
| ·微卫星分析 | 第113-114页 |
| ·数据分析 | 第114页 |
| 2 结果 | 第114-122页 |
| ·遗传多样性 | 第114-120页 |
| ·遗传分化 | 第120-122页 |
| 3 讨论 | 第122-125页 |
| ·遗传多样性 | 第122-123页 |
| ·遗传分化 | 第123-125页 |
| 第二节 美洲牡蛎遗传图谱构建及抗病QTLs分析 | 第125-141页 |
| 0 引言 | 第125页 |
| 1 材料与方法 | 第125-127页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第125-126页 |
| ·作图家系 | 第125-126页 |
| ·DNA的提取 | 第126页 |
| ·微卫星及SNP位点筛选与分析 | 第126-127页 |
| ·数据分析 | 第127页 |
| 2 结果 | 第127-138页 |
| ·作图家系的死亡率 | 第127-128页 |
| ·父母本基因型分析 | 第128-129页 |
| ·子代基因型频率分析 | 第129-134页 |
| ·连锁图谱的构建 | 第134-138页 |
| 3 讨论 | 第138-141页 |
| 第三节 美洲牡蛎抗病相关基因标记在群体中的关联分析 | 第141-150页 |
| 0 引言 | 第141页 |
| 1 材料与方法 | 第141-143页 |
| ·实验材料与DNA提取 | 第141-142页 |
| ·实验材料 | 第141-142页 |
| ·DNA提取 | 第142页 |
| ·cDNA提取 | 第142页 |
| ·抗病相关标记的筛选与分析 | 第142页 |
| ·数据分析 | 第142-143页 |
| 2 结果 | 第143-148页 |
| ·UMFS和F1×UMFS的死亡率 | 第143页 |
| ·微卫星位点在群体中的等位基因频率 | 第143-145页 |
| ·RU27-EST序列的基因结构与SNP位点的检测 | 第145-148页 |
| 3 讨论 | 第148-150页 |
| 参考文献 | 第150-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 攻读学位期间已发表的学术论文 | 第164页 |
