| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-14页 |
| 1.1 引言 | 第10页 |
| 1.2 转录组研究葡萄病害 | 第10-11页 |
| 1.3 转录组的Reads比对方法 | 第11页 |
| 1.4 转录组的转录本组装 | 第11-12页 |
| 1.5 华东葡萄白粉病抗性研究进展 | 第12页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第12-14页 |
| 第二章 比较不同READS比对软件 | 第14-21页 |
| 2.1 试验数据及方法 | 第14-15页 |
| 2.1.1 试验数据来源 | 第14页 |
| 2.1.2 试验仪器及设备 | 第14页 |
| 2.1.3 试验使用软件 | 第14-15页 |
| 2.2 试验方法 | 第15页 |
| 2.2.1 转录组的建库、测序与质量过滤 | 第15页 |
| 2.2.2 Reads使用不同软件比对到葡萄基因组上 | 第15页 |
| 2.2.3 不同软件比对质量评估 | 第15页 |
| 2.3 结果及分析 | 第15-19页 |
| 2.3.1 Reads质量评估 | 第15-16页 |
| 2.3.2 不同软件比对的结果 | 第16页 |
| 2.3.3 不同软件比对结果质量评估 | 第16-19页 |
| 2.3.4 HISAT和TopHat2剪切位点分析比较 | 第19页 |
| 2.4 讨论 | 第19-21页 |
| 第三章 转录本组装与可变剪切分析 | 第21-26页 |
| 3.1 试验数据及方法 | 第21页 |
| 3.1.1 试验数据来源 | 第21页 |
| 3.1.2 试验仪器及设备 | 第21页 |
| 3.1.3 试验使用软件 | 第21页 |
| 3.2 试验方法 | 第21-22页 |
| 3.2.1 转录本的组装 | 第21-22页 |
| 3.2.2 组装转录的定量与低表达转录本的过滤 | 第22页 |
| 3.2.3 Cufflinks与StringTie转录本的比较 | 第22页 |
| 3.2.4 Cufflinks与StringTie组装转录可变剪切分析 | 第22页 |
| 3.3 结果及分析 | 第22-25页 |
| 3.3.1Cufflinks与StringTie转录本组装结果 | 第22-23页 |
| 3.3.2 转录本转录本可变剪切分析 | 第23-25页 |
| 3.4 讨论 | 第25-26页 |
| 第四章 华东葡萄白粉病转录组分析 | 第26-40页 |
| 4.1 试验数据及方法 | 第26页 |
| 4.1.1 试验数据来源 | 第26页 |
| 4.1.2 试验仪器及设备 | 第26页 |
| 4.1.3 实验使用软件 | 第26页 |
| 4.2 试验方法 | 第26-27页 |
| 4.2.1 Reads比对与基因表达定量 | 第26页 |
| 4.2.2 差异表达基因的注释及其GO与通路的富集分析 | 第26-27页 |
| 4.2.3 差异表达基因的转录因子、R基因与分泌蛋白预测分析 | 第27页 |
| 4.2.4 RT-qRCR | 第27页 |
| 4.3 结果及分析 | 第27-37页 |
| 4.3.1 Reads比对 | 第27页 |
| 4.3.2 基因表达比较 | 第27-28页 |
| 4.3.3 差异表达基因功能富集 | 第28-33页 |
| 4.3.4 转录因子、R基因分析与分泌蛋白预测 | 第33-36页 |
| 4.3.5 16个基因的RT-qPCR | 第36-37页 |
| 4.4 讨论 | 第37-40页 |
| 第五章 结论 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-46页 |
| 缩略词表 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 个人简介 | 第48页 |
