| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略语 | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第11-12页 |
| 1.2 研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2.1 Indel检测的研究现状 | 第12页 |
| 1.2.2 序列比对并行化的研究现状 | 第12-13页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第13-14页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第13页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第13-14页 |
| 1.4 论文主要内容 | 第14页 |
| 1.5 论文结构 | 第14-16页 |
| 第二章 相关知识与技术概述 | 第16-28页 |
| 2.1 分子生物学知识背景 | 第16-22页 |
| 2.1.1 基本概念与术语 | 第16-18页 |
| 2.1.2 NGS测序原理 | 第18-19页 |
| 2.1.3 DNA序列映射 | 第19-20页 |
| 2.1.4 SAM文件格式 | 第20-22页 |
| 2.2 POSIX多线程模型 | 第22页 |
| 2.3 SGE系统 | 第22-23页 |
| 2.4 异构技术 | 第23-27页 |
| 2.4.1 异构并行 | 第24-25页 |
| 2.4.2 线程架构 | 第25-26页 |
| 2.4.3 存储模型 | 第26-27页 |
| 2.5 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 Indel Realignment模块的需求分析与设计 | 第28-38页 |
| 3.1 模块需求分析 | 第28-30页 |
| 3.1.1 业务需求 | 第28-29页 |
| 3.1.2 功能需求 | 第29-30页 |
| 3.1.3 性能需求 | 第30页 |
| 3.2 模块设计 | 第30-34页 |
| 3.2.1 业务流程设计 | 第31-32页 |
| 3.2.2 功能设计 | 第32页 |
| 3.2.3 算法设计 | 第32-34页 |
| 3.3 并行化设计 | 第34-37页 |
| 3.3.1 基于数据并行的细粒度并行化设计 | 第34-36页 |
| 3.3.2 基于序列并行的粗粒度并行化设计 | 第36-37页 |
| 3.4 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 Indel Realignment模块的实现 | 第38-53页 |
| 4.1 序列比对算法实现 | 第38-40页 |
| 4.2 模块的并行化实现 | 第40-44页 |
| 4.3 模块在SGE系统上的高并发实现 | 第44-47页 |
| 4.4 Indel Realignment模块的异构处理 | 第47-52页 |
| 4.4.1 细粒度并行策略的GPU迁移可行性 | 第48页 |
| 4.4.2 CUDA下粗粒度序列比对并行策略 | 第48-50页 |
| 4.4.3 访存优化 | 第50-51页 |
| 4.4.4 模块的异构迁移 | 第51-52页 |
| 4.5 本章小结 | 第52-53页 |
| 第五章 Indel Realignment模块性能优化方法的测试 | 第53-62页 |
| 5.1 兼容性测试 | 第53页 |
| 5.2 功能性测试 | 第53-58页 |
| 5.2.1 Indel片段的命中率测试 | 第54-55页 |
| 5.2.2 Indel检测的罚分成本测试 | 第55-56页 |
| 5.2.3 处理结果测试 | 第56-58页 |
| 5.3 性能测试 | 第58-61页 |
| 5.3.1 加速比测试 | 第58-59页 |
| 5.3.2 内存占用测试 | 第59-60页 |
| 5.3.3 集群测试 | 第60-61页 |
| 5.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 第六章 总结与展望 | 第62-63页 |
| 6.1 工作总结 | 第62页 |
| 6.2 研究展望 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
