| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 引言 | 第12-24页 |
| 1.1 GBM的研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2 GBM相关的分子因素的研究现状 | 第13-22页 |
| 1.2.1 GBM中的遗传改变研究 | 第13-16页 |
| 1.2.2 GBM中miRNA相关研究 | 第16-20页 |
| 1.2.3 癌症研究中的挑战 | 第20-22页 |
| 1.3 本论文的研究思路及主要研究内容 | 第22-24页 |
| 第2章 识别GBM相关的miRNA-mRNA调控模块 | 第24-44页 |
| 2.1 识别功能失调的miRNA | 第26-27页 |
| 2.1.1 差异表达miRNA和差异表达基因 | 第26页 |
| 2.1.2 识别功能失调miRNA | 第26-27页 |
| 2.2 构建miRNA协同功能单元 | 第27-28页 |
| 2.2.1 识别miRNA对协同调控的功能 | 第27-28页 |
| 2.2.2 基于蛋白质互作网络筛选miRNA协同功能 | 第28页 |
| 2.3 构建miRNA协同功能网络并识别miRNA-mRNA调控模块 | 第28页 |
| 2.4 交叉证实 | 第28-29页 |
| 2.5 利用MTT实验证实miRNA的协同作用 | 第29-30页 |
| 2.5.1 miRNA提取及定量RT-PCR检测 | 第29页 |
| 2.5.2 MTT实验 | 第29-30页 |
| 2.6 识别GBM相关的功能失调miRNA-mRNA调控模块 | 第30-41页 |
| 2.6.1 识别GBM共同的miRNA-mRNA调控模块 | 第31-33页 |
| 2.6.2 识别GBM亚型特异的miRNA-mRNA调控模块 | 第33-37页 |
| 2.6.3 识别GBM个性化的dMiMRMs | 第37-41页 |
| 2.7 miRNA协同性的实验验证 | 第41-42页 |
| 2.8 与其他方法比较 | 第42-44页 |
| 第3章 基于多维基因组学识别驱动GBM发生的核心模块 | 第44-66页 |
| 3.1 构建候选基因的遗传改变谱 | 第46-47页 |
| 3.2 识别候选基因遗传改变条件的失调基因集合 | 第47-49页 |
| 3.2.1 构建候选基因遗传改变与正常条件下的调控网络 | 第47-48页 |
| 3.2.2 识别候选基因基因组改变诱导的失调网络 | 第48-49页 |
| 3.2.3 识别候选基因基因组改变诱导的失调基因集 | 第49页 |
| 3.3 基于失调基因集挖掘核心模块 | 第49-50页 |
| 3.3.1 识别核心基因模块 | 第49-50页 |
| 3.3.2 估计核心基因与失调基因集的功能一致性 | 第50页 |
| 3.4 识别GBM相关的核心模块 | 第50-63页 |
| 3.4.1 识别GBM相关的核心模块 | 第51-54页 |
| 3.4.2 剖析在GBM中多维因子介导的失调网络 | 第54-60页 |
| 3.4.3 预后相关的核心模块诱导胶质瘤通路的功能失调 | 第60-61页 |
| 3.4.4 一个新颖的GBM核心基因METTL1 | 第61-63页 |
| 3.5 评价CMDD的性能 | 第63-66页 |
| 第4章 识别GBM个体中诱导通路失调的遗传改变 | 第66-79页 |
| 4.1 识别疾病个体中的基因-通路对改变 | 第66-68页 |
| 4.1.1 识别疾病个体中的遗传改变 | 第66页 |
| 4.1.2 识别疾病个体中的差异表达基因 | 第66-67页 |
| 4.1.3 识别疾病个体中的基因-通路对 | 第67-68页 |
| 4.2 识别GBM个体中的基因-通路对改变 | 第68-79页 |
| 4.2.1 GBM个体的基因-通路对 | 第68-71页 |
| 4.2.2 基于个体贡献的GBM基因-通路全景图 | 第71-72页 |
| 4.2.3 EGFR广泛驱动GBM个体中的癌症通路 | 第72-74页 |
| 4.2.4 不同拷贝数改变以互斥方式驱动GBM相关通路 | 第74-76页 |
| 4.2.5 GBM特异基因-通路对 | 第76-77页 |
| 4.2.6 稀有拷贝数变异在GBM个体中的功能效应 | 第77-79页 |
| 第5章 方法总结与展望 | 第79-81页 |
| 5.1 本文的创新性 | 第79-80页 |
| 5.2 方法的扩展 | 第80-81页 |
| 结论 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-92页 |
| 致谢 | 第92-94页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第94-95页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第95-96页 |
| 个人简历 | 第96-97页 |
