| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第10-15页 |
| ·嗅觉感受系统与气味结合蛋白 | 第10-12页 |
| ·嗅觉感受系统 | 第10-11页 |
| ·气味结合蛋白及其识别机制 | 第11-12页 |
| ·分子模拟与计算生物学 | 第12-15页 |
| ·同源模建 | 第12-13页 |
| ·分子对接 | 第13页 |
| ·分子动力学模拟 | 第13-14页 |
| ·常规动力学(CMD)模拟和恒定pH动力学(CpHMD)模拟 | 第14-15页 |
| 2 数据与方法 | 第15-22页 |
| ·实验数据 | 第15-16页 |
| ·同源模建 | 第16页 |
| ·分子对接 | 第16-18页 |
| ·常规分子动力学模拟 | 第18-19页 |
| ·准备阶段 | 第18页 |
| ·能量最小化 | 第18页 |
| ·升温 | 第18-19页 |
| ·平衡 | 第19页 |
| ·动力学模拟 | 第19页 |
| ·基于隐式水模型的恒定pH模拟 | 第19-20页 |
| ·pH 7.0 下开放口袋的隐式水模型的恒定pH模拟 | 第20页 |
| ·pH 5.0 下闭合口袋的隐式水模型的恒定pH模拟 | 第20页 |
| ·蛋白质二级结构的计算 | 第20页 |
| ·结合自由能的计算和能量分解 | 第20-22页 |
| 3 结果与分析 | 第22-48页 |
| ·同源模建 | 第22-25页 |
| ·分子对接 | 第25-28页 |
| ·活性位点的预测 | 第25页 |
| ·对接结果的分析 | 第25-28页 |
| ·常规分子动力学模拟 | 第28-37页 |
| ·动力学模拟的状态 | 第28-31页 |
| ·蛋白DhelOBP21的二级结构变化 | 第31-33页 |
| ·氢键的变化 | 第33-37页 |
| ·恒定pH动力学模拟 | 第37-43页 |
| ·动力学模拟的状态 | 第37-38页 |
| ·二级结构的变化 | 第38-41页 |
| ·氢键的变化 | 第41-43页 |
| ·结合自由能的计算 | 第43-48页 |
| ·结合自由能的理论值与实验值的对比 | 第43-44页 |
| ·结合腔处氨基酸残基的结合自由能贡献 | 第44-46页 |
| ·结合自由能按照能量项的分解 | 第46-48页 |
| 4 讨论 | 第48-53页 |
| ·模板的选择 | 第48页 |
| ·蛋白二级结构的变化与pH的影响 | 第48-51页 |
| ·蛋白DhelOBP21与小分子之间的结合自由能 | 第51页 |
| ·气味结合蛋白DhelOBP21对气味小分子的选择性和杂泛性 | 第51-53页 |
| 5 总结 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-59页 |
| 附录 | 第59-60页 |
| 发表论文 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
