| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-29页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·小角散射 | 第12-18页 |
| ·小角散射的历史 | 第14-15页 |
| ·小角散射的基本原理 | 第15-16页 |
| ·小角散射技术的发展 | 第16-17页 |
| ·低分辨率模型的构建 | 第16-17页 |
| ·缺失loops区的补全 | 第17页 |
| ·在柔性体系上的应用 | 第17页 |
| ·从原子结构出发计算其理论小角曲线 | 第17-18页 |
| ·计算机模拟方法 | 第18-25页 |
| ·分子动力学模拟 | 第18-22页 |
| ·生物分子在特定进程中展示的时间、空间尺度跨度 | 第18-19页 |
| ·分子动力学模拟的发展历史 | 第19-20页 |
| ·分子动力学模拟的原理 | 第20-21页 |
| ·分子动力学模拟的发展 | 第21-22页 |
| ·粗粒化模型 | 第22-25页 |
| ·粗粒化模型的构建原则 | 第22-23页 |
| ·常见的粗粒化模型 | 第23页 |
| ·粗粒化模型中的structure-based models | 第23-25页 |
| ·整合小角散射的结构计算方法 | 第25-29页 |
| ·采样后筛选的方法 | 第25-26页 |
| ·采样时优化的方法 | 第26-29页 |
| 第二章 运用X射线小角散射与分子动力学模拟优化FBP21-WWs蛋白的结构系综 | 第29-49页 |
| ·引言 | 第29-30页 |
| ·剪切体蛋白FBP21-WWs背景 | 第30-31页 |
| ·FBP21蛋白的生物学背景 | 第30-31页 |
| ·WW结构域背景 | 第31页 |
| ·实验流程与数据分析 | 第31-36页 |
| ·FBP21-WWs蛋白的克隆,表达与纯化 | 第31-32页 |
| ·FBP21-WWs蛋白的X射线小角散射数据的采集 | 第32页 |
| ·FBP21-WWs蛋白的分子动力学模拟 | 第32-34页 |
| ·主成分分析 | 第34-35页 |
| ·分簇分析 | 第35页 |
| ·系综优化 | 第35-36页 |
| ·实验结果与讨论 | 第36-48页 |
| ·由核磁共振和X射线小角散射数据得到的FBP21-WWs蛋白相关的结构信息 | 第36-38页 |
| ·FBP21-WWs蛋白两WW结构域的动力学性质 | 第38-40页 |
| ·本征空间中的构象采样 | 第40-43页 |
| ·经小角散射数据优化后的FBP21-WWs蛋白的结构系综 | 第43-45页 |
| ·FBP21-WWs蛋白在溶液中有限柔性的分子机理 | 第45-48页 |
| ·结论 | 第48-49页 |
| 第三章 整合X射线小角散射数据与计算机模拟研究vin857结合的CAP-SH3ab蛋白复合物的结构系综 | 第49-61页 |
| ·引言 | 第49页 |
| ·Vinculin蛋白以及CAP-SH3ab背景 | 第49-51页 |
| ·Vinculin蛋白的生物学背景 | 第49-50页 |
| ·CAP蛋白的生物学背景 | 第50页 |
| ·SH3结构域背景 | 第50-51页 |
| ·实验流程及数据分析 | 第51-56页 |
| ·vin_(857)与CAP-SH3ab蛋白的克隆、表达与纯化 | 第51-52页 |
| ·vin_(857)结合CAP-SH3ab复合物的X射线小角散射数据的采集 | 第52-53页 |
| ·vin_(857)与CAP-SH3ab复合物模型的构建 | 第53-54页 |
| ·vin_(857)结合CAP-SH3ab复合物的分子动力学模拟 | 第54-55页 |
| ·vin_(857)结合CAP-SH3ab复合物的粗粒化模拟 | 第55-56页 |
| ·实验结果与讨论 | 第56-61页 |
| ·vin_(857)结合CAP-SH3ab复合物模拟后的系综优化结果 | 第56-59页 |
| ·结论 | 第59-60页 |
| ·展望 | 第60-61页 |
| 符号说明 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 附录 | 第69-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第75页 |
