| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-17页 |
| ·光氧化损伤 | 第9-11页 |
| ·植物应答光的多重机制 | 第11-12页 |
| ·qE机制概述 | 第12页 |
| ·qE的位点 | 第12-17页 |
| ·玉米黄质与qE的关系 | 第12-13页 |
| ·没有玉米黄质的qE：LHCII聚集模型 | 第13-15页 |
| ·次要捕光复合物还是主要捕光复合物? | 第15-16页 |
| ·PsbS蛋白与qE的关系 | 第16-17页 |
| 第二章 材料与方法 | 第17-23页 |
| ·PKa计算原理 | 第17-18页 |
| ·对PDB结构的预处理 | 第17-18页 |
| ·加上缺失的原子以及氢原子位置的优化 | 第18页 |
| ·静电相互作用计算 | 第18页 |
| ·分子动力学方法 | 第18-23页 |
| ·分子动力学的发展 | 第18-19页 |
| ·分子动力学方法 | 第19-20页 |
| ·分子动力学基本原理 | 第20-21页 |
| ·分子动力学的算法 | 第21-22页 |
| ·分子动力学软件 | 第22-23页 |
| 第三章 主要捕光复合物中应答pH的氨基酸位点的研究 | 第23-30页 |
| ·背景 | 第23-24页 |
| ·计算步骤 | 第24页 |
| ·结果以及分析 | 第24-29页 |
| ·氨基酸pK计算结果以及分析 | 第24-26页 |
| ·盐键分析结果 | 第26-29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 第四章 主要捕光复合物配体lutein的结合特点的研究 | 第30-35页 |
| ·前言 | 第30页 |
| ·计算步骤 | 第30-31页 |
| ·结果分析 | 第31-34页 |
| ·本章小结 | 第34-35页 |
| 第五章 主要捕光复合物的结构对称性的研究 | 第35-42页 |
| ·前言 | 第35-36页 |
| ·计算流程 | 第36-37页 |
| ·结果和讨论 | 第37-41页 |
| ·本章小结 | 第41-42页 |
| 第六章 论文总结 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-50页 |
| 攻读硕士期间发表及完成的论文 | 第50-51页 |
| 致谢 | 第51页 |