| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| ·基因组序列分析 | 第9页 |
| ·水平基因转移 | 第9-12页 |
| ·水平基因转移的基本概念 | 第9-11页 |
| ·预测水平基因转移的研究现状 | 第11-12页 |
| ·基因组特征提取 | 第12-14页 |
| ·本课题的任务和论文结构 | 第14-16页 |
| ·课题任务 | 第14页 |
| ·论文结构 | 第14-16页 |
| 第二章 序列统计特征的理论基础 | 第16-25页 |
| ·序列特征理论 | 第16-20页 |
| ·WF特征 | 第16-17页 |
| ·DRA特征 | 第17-18页 |
| ·BBC特征 | 第18页 |
| ·RSCU特征 | 第18-19页 |
| ·特征的扩展 | 第19-20页 |
| ·BBC特征的稳定性分析 | 第20-24页 |
| ·RSCU特征的物种特异性 | 第24-25页 |
| 第三章 水平转移基因搜索方法的研究和工具的设计 | 第25-33页 |
| ·预测水平转移基因的方法 | 第25-26页 |
| ·搜索水平转移基因的策略 | 第26页 |
| ·基因组水平转移基因搜索工具的设计 | 第26-33页 |
| ·序列处理功能类 | 第27-28页 |
| ·序列特征计算和序列特征距离的度量 | 第28-29页 |
| ·序列的扫描功能模块 | 第29页 |
| ·特征异常区域阈值的确定 | 第29-31页 |
| ·基因组水平转移搜索工具用户界面 | 第31-33页 |
| 第四章 GSFD系统的设计 | 第33-47页 |
| ·整体框架图 | 第33-34页 |
| ·GSFD后台数据库 | 第34-36页 |
| ·序列来源 | 第34页 |
| ·数据库结构和数据库管理 | 第34-36页 |
| ·GSFD系统的Web访问 | 第36-47页 |
| ·基于序列特征进行相似序列的搜索 | 第37-41页 |
| ·简单查询方式 | 第37-40页 |
| ·高级查询方式 | 第40-41页 |
| ·水平转移基因搜索 | 第41-44页 |
| ·GSFD系统中实现BLAST的本地化 | 第44-47页 |
| ·BLAST简介 | 第44页 |
| ·在GSFD系统中BLAST本地化实现 | 第44-47页 |
| 第五章 基于序列统计特征的水平转移基因的预测 | 第47-58页 |
| ·序列特征特异性的评价 | 第47-51页 |
| ·水平基因转移仿真实验 | 第47-49页 |
| ·实验结果分析 | 第49-51页 |
| ·基于BBC特征的水平基因转移预测 | 第51-57页 |
| ·BBC特征预测基因组孤岛（genome islands）水平转移 | 第51-52页 |
| ·H.influenzae特征异常区域的分析 | 第52-56页 |
| ·扫描窗口大小影响的研究 | 第56页 |
| ·用BBC特征预测HGT的实际检验 | 第56-57页 |
| ·讨论 | 第57-58页 |
| 第六章 总结与展望 | 第58-60页 |
| ·论文工作总结 | 第58-59页 |
| ·展望 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 附录 | 第65-66页 |