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基于序列统计特征的水平转移基因搜索

摘要第1-5页
Abstract第5-9页
第一章 绪论第9-16页
   ·基因组序列分析第9页
   ·水平基因转移第9-12页
     ·水平基因转移的基本概念第9-11页
     ·预测水平基因转移的研究现状第11-12页
   ·基因组特征提取第12-14页
   ·本课题的任务和论文结构第14-16页
     ·课题任务第14页
     ·论文结构第14-16页
第二章 序列统计特征的理论基础第16-25页
   ·序列特征理论第16-20页
     ·WF特征第16-17页
     ·DRA特征第17-18页
     ·BBC特征第18页
     ·RSCU特征第18-19页
     ·特征的扩展第19-20页
   ·BBC特征的稳定性分析第20-24页
   ·RSCU特征的物种特异性第24-25页
第三章 水平转移基因搜索方法的研究和工具的设计第25-33页
   ·预测水平转移基因的方法第25-26页
   ·搜索水平转移基因的策略第26页
   ·基因组水平转移基因搜索工具的设计第26-33页
     ·序列处理功能类第27-28页
     ·序列特征计算和序列特征距离的度量第28-29页
     ·序列的扫描功能模块第29页
     ·特征异常区域阈值的确定第29-31页
     ·基因组水平转移搜索工具用户界面第31-33页
第四章 GSFD系统的设计第33-47页
   ·整体框架图第33-34页
   ·GSFD后台数据库第34-36页
     ·序列来源第34页
     ·数据库结构和数据库管理第34-36页
   ·GSFD系统的Web访问第36-47页
     ·基于序列特征进行相似序列的搜索第37-41页
       ·简单查询方式第37-40页
       ·高级查询方式第40-41页
     ·水平转移基因搜索第41-44页
     ·GSFD系统中实现BLAST的本地化第44-47页
       ·BLAST简介第44页
       ·在GSFD系统中BLAST本地化实现第44-47页
第五章 基于序列统计特征的水平转移基因的预测第47-58页
   ·序列特征特异性的评价第47-51页
     ·水平基因转移仿真实验第47-49页
     ·实验结果分析第49-51页
   ·基于BBC特征的水平基因转移预测第51-57页
     ·BBC特征预测基因组孤岛(genome islands)水平转移第51-52页
     ·H.influenzae特征异常区域的分析第52-56页
     ·扫描窗口大小影响的研究第56页
     ·用BBC特征预测HGT的实际检验第56-57页
   ·讨论第57-58页
第六章 总结与展望第58-60页
   ·论文工作总结第58-59页
   ·展望第59-60页
致谢第60-61页
参考文献第61-65页
附录第65-66页

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