| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-38页 |
| ·蛋白质折叠的假说 | 第13-15页 |
| ·蛋白质折叠的动力学模型 | 第15-22页 |
| ·简单的反应速率理论 | 第16-17页 |
| ·两态折叠的转变态分析 | 第17-19页 |
| ·折叠速率与拓扑结构 | 第19-21页 |
| ·蛋白质折叠机理 | 第21-22页 |
| ·分子动力学模拟 | 第22-27页 |
| ·分子动力学的特点 | 第22-23页 |
| ·蛋白质的MD模拟及其简化 | 第23-24页 |
| ·蛋白质折叠模拟的Gō模型以及不同分辨率模型 | 第24-25页 |
| ·溶剂化模型 | 第25-27页 |
| ·研究目的及研究内容 | 第27-29页 |
| 参考文献 | 第29-38页 |
| 第二章 DMD模拟方法 | 第38-58页 |
| ·DMD方法的由来 | 第38页 |
| ·DMD方法的原理和特点 | 第38-40页 |
| ·粒子的运动 | 第40-42页 |
| ·最短事件的高效搜索 | 第42-50页 |
| ·时间列表Time list | 第42-44页 |
| ·近邻列表Neighbor list | 第44-46页 |
| ·链接表Link list | 第46-47页 |
| ·二叉树Binary tree | 第47-50页 |
| ·恒温过程——Anderson热浴 | 第50-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 第三章 蛋白质模型 | 第58-81页 |
| ·C_α模型——BpA protein | 第58-63页 |
| ·键势能和非键势能函数 | 第59-60页 |
| ·获得能量最低构象 | 第60-61页 |
| ·手性的保持:粗粒化二面角 | 第61-63页 |
| ·约化单位 | 第63页 |
| ·BpA蛋白质的DMD模拟结果和讨论 | 第63-66页 |
| ·热力学多个相转变 | 第63-64页 |
| ·动力学中间体 | 第64-66页 |
| ·全原子模型——β2BpG protein | 第66-71页 |
| ·模型的搭建 | 第67-68页 |
| ·键势能和非键势能函数 | 第68-69页 |
| ·二面角限制 | 第69-70页 |
| ·约化单位 | 第70-71页 |
| ·β2BpG蛋白质的DMD模拟结果和讨论 | 第71-76页 |
| ·统计参量 | 第71-72页 |
| ·热力学两态转变 | 第72-73页 |
| ·折叠动力学机理 | 第73-76页 |
| ·本章小结 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-81页 |
| 第四章 Pin1 WW domain折叠机理研究 | 第81-113页 |
| ·研究背景 | 第81-83页 |
| ·本研究所采用的模型与模拟方法 | 第83-85页 |
| ·权重直方图方法 | 第85-86页 |
| ·热力学两态转变 | 第86-88页 |
| ·不同温度下蛋白质整体的择优折叠路径 | 第88-92页 |
| ·低温折叠过程 | 第88-90页 |
| ·转变温度下的折叠/解折叠 | 第90-91页 |
| ·高温解折叠 | 第91-92页 |
| ·双发夹蛋白质中每个β发夹的折叠机理研究 | 第92-105页 |
| ·低温turn zipper机理 | 第93-97页 |
| ·高温hydrophobic collapse机理 | 第97-102页 |
| ·讨论 | 第102-105页 |
| ·本章小结 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-113页 |
| 第五章 蛋白质折叠转变态的计算机模拟研究 | 第113-134页 |
| ·本论文所尝试的多个蛋白质折叠转变态的判据 | 第114-123页 |
| ·自由能最高点 | 第114-115页 |
| ·结构参量时间演化中的急剧变化状态 | 第115-116页 |
| ·联合参量法 | 第116-117页 |
| ·最佳平面投影及改进的Q-R-plot | 第117-119页 |
| ·折叠概率——P_(fold) | 第119-121页 |
| ·几种判据得到的φ值比较 | 第121-123页 |
| ·各种转变态判据的分类和优劣 | 第123-125页 |
| ·Pin1 WW domain的转变态结构 | 第125-128页 |
| ·本章小结 | 第128-129页 |
| 参考文献 | 第129-134页 |
| 第六章 适合于DMD的隐式溶剂模型的建立 | 第134-153页 |
| ·模型与方法 | 第134-137页 |
| ·DMD隐式溶剂模型 | 第134-136页 |
| ·均聚物粒子间的相互作用及恒温模拟 | 第136页 |
| ·模拟过程及统计参数 | 第136-137页 |
| ·均聚物的多个相转变 | 第137-144页 |
| ·隐式的中性溶剂模型(B_(ps)=0)与无溶剂模型结果的比较 | 第137-139页 |
| ·改变溶剂性质对coil-globule转变的影响 | 第139-142页 |
| ·溶剂对liquid-solid转变的影响 | 第142-143页 |
| ·高效探测溶剂可及表面积的统计方法 | 第143-144页 |
| ·模型的影响因素 | 第144-146页 |
| ·模型的局限性 | 第146-148页 |
| ·模型改良的尝试 | 第148页 |
| ·本章小结 | 第148-150页 |
| 参考文献 | 第150-153页 |
| 简历 | 第153-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
