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基于分子模拟的大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶与Borrelidin相互作用机理研究

摘要第9-11页
英文摘要第11-13页
1 前言第14-26页
    1.1 大豆疫病的研究进展第14-16页
        1.1.1 大豆疫病病原真菌简介第14页
        1.1.2 大豆疫病病原真菌的生物学特征第14页
        1.1.3 大豆疫病的病症及分布第14-15页
        1.1.4 大豆疫病的防治第15-16页
    1.2 Borrelidin的研究进展第16-21页
        1.2.1 Borrelidin及其作用机制第16-19页
        1.2.2 Borrelidin结构类似物的应用第19-20页
        1.2.3 开发新型大豆疫病杀菌剂的重要性第20-21页
    1.3 氨酰tRNA合成酶的研究进展第21页
    1.4 同源建模与分子对接技术的研究进展第21-24页
        1.4.1 蛋白质三维结构模型的构建第21-23页
        1.4.2 分子对接和小分子筛选技术的应用第23-24页
    1.5 研究目的意义及内容第24-25页
        1.5.1 课题来源第24页
        1.5.2 目的意义及内容第24-25页
    技术路线图第25-26页
2 材料与方法第26-43页
    2.1 试验材料第26-27页
        2.1.1 数据来源第26页
        2.1.2 硬件平台第26页
        2.1.3 软件平台第26-27页
    2.2 试剂与仪器第27-30页
        2.2.1 培养基及各种试剂的配制第27-28页
        2.2.2 菌株与质粒第28页
        2.2.3 引物第28-29页
        2.2.4 主要仪器及厂家第29-30页
    2.3 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶模型的构建及结构优化第30页
        2.3.1 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶三维结构的构建第30页
        2.3.2 模型的结构合理性评价与分析第30页
    2.4 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶与Borrelidin相互作用的对接模拟研究第30-31页
        2.4.1 Borrelidin与大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶的分子对接第30-31页
        2.4.2 分子动力学模拟体系的建立第31页
        2.4.3 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶的虚拟点突变及分子对接第31页
    2.5 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶的异源表达与纯化第31-33页
    2.6 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶突变体的基因克隆与重组蛋白体外表达及纯化第33-39页
        2.6.1 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶突变体基因的扩增第33-35页
        2.6.2 PCR产物的验证及纯化第35页
        2.6.3 原核重组表达载体的构建及鉴定第35-39页
        2.6.4 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶突变体的诱导表达及纯化第39页
    2.7 苏氨酰tRNA合成酶的酶活性测定第39-42页
        2.7.1 酶活性测定方法的确定第39-40页
        2.7.2 基本酶动力学参数的测定第40-42页
    2.8 Borrelidin对大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶酶活性的抑制作用第42页
    2.9 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶抑制剂的虚拟筛选第42-43页
3 结果与分析第43-72页
    3.1 Borrelidin与大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶结合位点的研究第43-51页
        3.1.1 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶的同源建模第43-46页
        3.1.2 Borrelidin与大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶结合位点的确定第46-48页
        3.1.3 分子动力学模拟结果第48-51页
        3.1.4 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶的虚拟点突变及分子对接第51页
    3.2 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶的表达与纯化条件的优化结果第51-54页
    3.3 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶突变体的基因克隆第54-56页
    3.4 原核重组表达载体的构建与鉴定第56-58页
        3.4.1 PsThrRS-R466A突变体载体的构建与鉴定第56-57页
        3.4.2 其它突变体载体的构建与鉴定第57-58页
    3.5 突变蛋白的诱导表达与纯化第58-59页
    3.6 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶的酶活性分析第59-65页
        3.6.1 大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶基本酶动力学参数的测定第59-65页
        3.6.2 野生型大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶与突变体酶活性的比较第65页
    3.7 Borrelidin对野生型大豆疫霉苏氨酰tRNA合成酶与突变体抑制活性的测定第65-66页
    3.8 Borrelidin结构类似物的药物筛选结果第66-72页
4 讨论第72-76页
    4.1 氨酰tRNA合成酶与Borrelidin相互作用机理研究第72-73页
    4.2 大豆疫霉与其它生物苏氨酰tRNA合成酶的多序列比对第73-75页
    4.3 大豆疫霉截短苏氨酰tRNA合成酶抑制剂的虚拟筛选第75-76页
5 结论第76-77页
致谢第77-78页
参考文献第78-88页
攻读硕士学位期间发表的学术论文第88页

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