| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 BChE在阿尔兹海默症中的作用 | 第12-14页 |
| 1.1.1 阿尔兹海默症现状 | 第12-13页 |
| 1.1.2 BChE与阿尔兹海默症 | 第13-14页 |
| 1.1.3 BChE的结构特点 | 第14页 |
| 1.2 分子动力学模拟的理论与方法概述 | 第14-20页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟 | 第14-16页 |
| 1.2.2 恒定pH分子动力学模拟 | 第16-20页 |
| 1.2.2.1 离散型CpHMD | 第17-19页 |
| 1.2.2.2 连续型CpHMD | 第19-20页 |
| 第二章 BChE-他克林复合物晶体结构中甲酰基-脯氨酸分子的影响 | 第20-28页 |
| 2.1 引言 | 第20-21页 |
| 2.2 方法 | 第21-22页 |
| 2.2.1 结构准备 | 第21-22页 |
| 2.2.3 常规的MD模拟 | 第22页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第22-26页 |
| 2.3.1 Glu197去质子化的MD模拟 | 第22-24页 |
| 2.3.2 导致上述模拟失败的可能因素 | 第24-25页 |
| 2.3.3 Glu197质子化的MD模拟 | 第25-26页 |
| 2.4 结论 | 第26-28页 |
| 第三章 水的氢键网络的重要作用 | 第28-32页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 方法 | 第28页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第28-31页 |
| 3.3.1 水的氢键网络 | 第28-30页 |
| 3.3.2 CpHMD模拟计算Glu197的质子化状态比例 | 第30-31页 |
| 3.4 结论 | 第31-32页 |
| 第四章 apoBChE中Glu197的质子化状态 | 第32-37页 |
| 4.1 引言 | 第32-33页 |
| 4.2 方法 | 第33页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第33-36页 |
| 4.4 结论 | 第36-37页 |
| 第五章 AChE中Glu202的质子化状态 | 第37-47页 |
| 5.1 引言 | 第37-39页 |
| 5.2 方法 | 第39-41页 |
| 5.2.1 CpHMD模拟 | 第39-40页 |
| 5.2.2 常规MD模拟 | 第40-41页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第41-46页 |
| 5.3.1 Glu202的质子化状态 | 第41-42页 |
| 5.3.2 Glu202质子化状态的重要作用 | 第42-46页 |
| 5.3.2.1 使用Reduce确定的质子化状态的MD模拟 | 第42-44页 |
| 5.3.2.2 使用CpHMD确定的质子化状态的MD模拟 | 第44-45页 |
| 5.3.2.3 Glu202质子化状态对HI6结合状态的影响 | 第45-46页 |
| 5.4 结论 | 第46-47页 |
| 全文总结 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 附录1 (攻读学位期间发表论文目录) | 第57页 |
