| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 主要缩写词 | 第10-14页 |
| 第一章 引言 | 第14-38页 |
| 1.1 蛋白质相互作用的类型 | 第15-17页 |
| 1.2 蛋白质相互作用的鉴定 | 第17-24页 |
| 1.2.1 实验方法 | 第17-20页 |
| 1.2.2 预测方法 | 第20-24页 |
| 1.3 蛋白质相互作用的三维结构和位点的预测 | 第24-32页 |
| 1.3.1 自由对接方法 | 第24-27页 |
| 1.3.2 基于模板的对接方法 | 第27-30页 |
| 1.3.3 蛋白质相互作用位点 | 第30-32页 |
| 1.4 蛋白质相互作用网络及其应用 | 第32-36页 |
| 1.4.1 常用的拓扑参数 | 第32-33页 |
| 1.4.2 蛋白质相互作用网络的特征 | 第33页 |
| 1.4.3 网络可视化工具Cytoscape | 第33-34页 |
| 1.4.4 蛋白质相互作用网络在植物科学中的应用 | 第34-36页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第36-38页 |
| 第二章 拟南芥蛋白质相互作用位点数据库的构建 | 第38-54页 |
| 2.1 引言 | 第38页 |
| 2.2 材料与方法 | 第38-42页 |
| 2.2.1 实验鉴定的蛋白质复合体结构的处理 | 第38-39页 |
| 2.2.2 蛋白质复合体结构的预测 | 第39-41页 |
| 2.2.3 蛋白质相互作用位点的理化性质和进化信息的注释 | 第41页 |
| 2.2.4 结构域相互作用和结构域-模体相互作用的注释 | 第41-42页 |
| 2.2.5 I_RMS值的计算 | 第42页 |
| 2.2.6 AraPPISite的构建 | 第42页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第42-53页 |
| 2.3.1 AraPPISite的内容和特征 | 第42-43页 |
| 2.3.2 AraPPISite的访问 | 第43-44页 |
| 2.3.3 原子层次蛋白质相互作用位点的可视化 | 第44-46页 |
| 2.3.4 序列层次的蛋白质相互作用位点的可视化 | 第46-47页 |
| 2.3.5 预测的蛋白质复合体结构和蛋白质相互作用位点的可靠性评估 | 第47-53页 |
| 2.4 本章小结 | 第53-54页 |
| 第三章 拟南芥免疫响应中宿主-病原菌相互作用网络的分析 | 第54-72页 |
| 3.1 引言 | 第54页 |
| 3.2 材料与方法 | 第54-57页 |
| 3.2.1 拟南芥种内和拟南芥-病原菌种间蛋白质相互作用的收集 | 第54-55页 |
| 3.2.2 拟南芥蛋白质相互作用网络中节点之间距离的计算 | 第55页 |
| 3.2.3 拟南芥蛋白质相互作用网络中节点的拓扑参数的计算 | 第55-56页 |
| 3.2.4 基因表达谱数据的处理及差异表达基因的定义 | 第56页 |
| 3.2.5 差异表达基因集合之间的相似性计算 | 第56-57页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第57-71页 |
| 3.3.1 拟南芥蛋白质相互作用网络的构建 | 第57页 |
| 3.3.2 病原菌采用局部攻击的模式破坏拟南芥网络 | 第57-62页 |
| 3.3.3 病原菌倾向于攻击在网络信息传递中占据关键位置的节点 | 第62-66页 |
| 3.3.4 病原菌侵染过程中差异表达基因逐步远离靶蛋白 | 第66-69页 |
| 3.3.5 易感性增强的突变体中差异表达基因距离靶蛋白更近 | 第69-71页 |
| 3.4 本章小结 | 第71-72页 |
| 第四章 亚种间蛋白质相互作用组对水稻杂种优势形成的贡献 | 第72-85页 |
| 4.1 引言 | 第72页 |
| 4.2 材料与方法 | 第72-75页 |
| 4.2.1 日本晴与9311杂交F_1代蛋白质相互作用组的预测 | 第72-73页 |
| 4.2.2 F_1代蛋白质相互作用组的分类 | 第73-74页 |
| 4.2.3 F_1代特异蛋白质相互作用和共有蛋白质相互作用的分类 | 第74-75页 |
| 4.2.4 基因组中代谢基因簇的预测 | 第75页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第75-84页 |
| 4.3.1 日本晴和9311杂交F_1代的蛋白质相互作用组 | 第75-77页 |
| 4.3.2 同源蛋白的缺失是F_1代特异蛋白质相互作用产生的主要原因 | 第77-80页 |
| 4.3.3 F_1代特异蛋白质相互作用在代谢通路中富集 | 第80-81页 |
| 4.3.4 F_1代特异蛋白质相互作用对产量性状具有贡献 | 第81-84页 |
| 4.4 本章小结 | 第84-85页 |
| 第五章 结论与展望 | 第85-88页 |
| 5.1 结论 | 第85-86页 |
| 5.2 展望 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 附录 | 第101-139页 |
| 作者简历 | 第139页 |
