基于互作转录组分析的抗病香蕉品系南天蕉与尖孢镰刀菌互作机理研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略语表 | 第9-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-25页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 香蕉产业的发展现状 | 第14-16页 |
| 1.2.1 香蕉的营养价值 | 第14页 |
| 1.2.2 香蕉的产业地位 | 第14-15页 |
| 1.2.3 香蕉的分类 | 第15页 |
| 1.2.4 香蕉的基因型 | 第15-16页 |
| 1.3 香蕉枯萎病 | 第16-19页 |
| 1.3.1 典型症状 | 第16页 |
| 1.3.2 侵染过程 | 第16-17页 |
| 1.3.3 致病菌分类及其传播 | 第17-18页 |
| 1.3.4 现有枯萎病防治措施 | 第18-19页 |
| 1.4 香蕉枯萎病研究进展 | 第19-22页 |
| 1.4.1 高通量测序技术 | 第19页 |
| 1.4.2 全基因组图谱的构建 | 第19-20页 |
| 1.4.3 转录组学揭示抗病机理 | 第20-22页 |
| 1.4.4 互作转录组测序 | 第22页 |
| 1.5 本论文的研究目的意义和内容 | 第22-25页 |
| 1.5.1 研究的目的意义 | 第22-23页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第23-25页 |
| 第二章 香蕉苗接种Foc4及互作转录组测序 | 第25-35页 |
| 2.1 引言 | 第25页 |
| 2.2 材料与方法步骤 | 第25-28页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第25页 |
| 2.2.2 试剂、仪器与设备 | 第25-26页 |
| 2.2.3 实验方法与步骤 | 第26-28页 |
| 2.2.3.1 样本制备 | 第26页 |
| 2.2.3.2 发病率统计和取样点确定 | 第26-27页 |
| 2.2.3.3 总RNA提取 | 第27页 |
| 2.2.3.4 cDNA文库构建 | 第27页 |
| 2.2.3.5 RNA-Sequencing | 第27页 |
| 2.2.3.6 数据过滤与比对 | 第27-28页 |
| 2.2.3.7 基因定量与表达水平分析 | 第28页 |
| 2.2.3.8 差异基因筛选 | 第28页 |
| 2.3 结果 | 第28-34页 |
| 2.3.1 病情观察与发病率统计 | 第28-30页 |
| 2.3.2 测序样品的准备及质量评估 | 第30-31页 |
| 2.3.3 数据质量及与参考基因组比对统计 | 第31-33页 |
| 2.3.4 基因表达量分析 | 第33页 |
| 2.3.5 宿主香蕉差异表达基因 | 第33-34页 |
| 2.4 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 Foc4胁迫下南天蕉转录组差异分析 | 第35-74页 |
| 3.1 引言 | 第35页 |
| 3.2 材料与方法 | 第35-38页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第35页 |
| 3.2.2 分析方法 | 第35-38页 |
| 3.2.2.1 富集分析 | 第35-36页 |
| 3.2.2.2 可视化代谢通路分析 | 第36页 |
| 3.2.2.3 差异基因定位 | 第36-37页 |
| 3.2.2.3 荧光定量PCR验证 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-72页 |
| 3.3.1 香蕉DEGsGO分类统计 | 第38-43页 |
| 3.3.2 香蕉差异表达基因KEGG富集分析 | 第43-46页 |
| 3.3.3 DEGs调控分析 | 第46-72页 |
| 3.3.3.1 植物激素信号转导 | 第46-52页 |
| 3.3.3.2 苯丙素的合成 | 第52-56页 |
| 3.3.3.3 角质栓质和蜡质的生物合成 | 第56-59页 |
| 3.3.3.4 几丁质酶与氨基糖及核糖代谢 | 第59-62页 |
| 3.3.3.5 植物-病原菌互作 | 第62-67页 |
| 3.3.3.6 转录因子 | 第67-72页 |
| 3.3.4 荧光定量PCR结果分析 | 第72页 |
| 3.4 本章小结 | 第72-74页 |
| 第四章 Foc4的转录组差异分析 | 第74-94页 |
| 4.1 引言 | 第74页 |
| 4.2 材料与方法 | 第74-75页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第74-75页 |
| 4.2.2 与参考基因组比对 | 第75页 |
| 4.2.3 差异基因表达模式聚类 | 第75页 |
| 4.3 结果 | 第75-93页 |
| 4.3.1 DEG测序基本信息 | 第75-76页 |
| 4.3.2 表达模式聚类热图 | 第76-77页 |
| 4.3.3 DEGs注释与富集 | 第77-80页 |
| 4.3.4 DEGs调控分析 | 第80-93页 |
| 4.3.4.1 肌动蛋白细胞骨架调节 | 第80-83页 |
| 4.3.4.2 内吞作用 | 第83-85页 |
| 4.3.4.3 FcγR-介导吞噬 | 第85-86页 |
| 4.3.4.4 吞噬体 | 第86-88页 |
| 4.3.4.5 蛋白酶体 | 第88-89页 |
| 4.3.4.6 Foc4毒力相关基因 | 第89-90页 |
| 4.3.4.7 互作蛋白PG-PGIP | 第90-93页 |
| 4.4 本章小结 | 第93-94页 |
| 结论、创新点及展望 | 第94-96页 |
| 结论 | 第94页 |
| 创新点 | 第94-95页 |
| 展望 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-107页 |
| 附录 | 第107-111页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 附件 | 第113页 |
