| 缩略语表 | 第9-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 第1章 前言 | 第16-31页 |
| 1.1 论文的研究背景 | 第16-29页 |
| 1.1.1 疾病之间关联分析的现状 | 第16-24页 |
| 1.1.2 基于知识的多维度疾病关联分析 | 第24-25页 |
| 1.1.3 通路串扰模型用于疾病关联分析的可行性 | 第25-26页 |
| 1.1.4 网络指纹方法的提出及其在疾病关联分析中的应用 | 第26-29页 |
| 1.2 论文的组织结构 | 第29-31页 |
| 第2章 基于多维度数据融合的疾病关联分析 | 第31-50页 |
| 2.1 患者相似性网络与疾病相似性网络的类比 | 第31-34页 |
| 2.1.1 患者多组学数据融合SNF算法 | 第31-33页 |
| 2.1.2 疾病相似性网络与患者相似性网络的共性特征 | 第33-34页 |
| 2.2 疾病网络数据预处理 | 第34-36页 |
| 2.3 疾病相似性网络的多视图融合 | 第36-39页 |
| 2.3.1 技术路线 | 第36页 |
| 2.3.2 疾病相似性网络的SNF融合 | 第36-37页 |
| 2.3.3 疾病相似性融合网络的边贡献度 | 第37-39页 |
| 2.4 基于疾病相似性融合网络的疾病关联分析 | 第39-48页 |
| 2.4.1 基于疾病相似性融合网络的社团分析 | 第39-42页 |
| 2.4.3 疾病社团与边贡献度的联合分析 | 第42页 |
| 2.4.4 基于疾病社团的疾病关联分析 | 第42-48页 |
| 2.5 小结 | 第48-50页 |
| 第3章 基于通路串扰的疾病关联分析 | 第50-66页 |
| 3.1 技术路线 | 第50-51页 |
| 3.2 基本生物学通路和疾病通路网络数据的提取 | 第51页 |
| 3.3 基本生物学通路的串扰分析 | 第51-56页 |
| 3.4 疾病通路网络间的串扰分析 | 第56-63页 |
| 3.5 小结 | 第63-66页 |
| 第4章 基于网络指纹的疾病基因网络的通路解析工具的开发 | 第66-91页 |
| 4.1 网络指纹web工具的开发 | 第66-75页 |
| 4.1.1 网络相似性度量算法的扩展 | 第67-69页 |
| 4.1.2 参考基通路数据库的扩充 | 第69-71页 |
| 4.1.3 NFPscanner与标准工具KOBAS的对比 | 第71页 |
| 4.1.4 NFPscanner的系统性能测试 | 第71-75页 |
| 4.2 网络指纹web工具的功能设计 | 第75-81页 |
| 4.2.1 NFPscanner的快速入门 | 第75页 |
| 4.2.2 NFPscanner的输入数据类型 | 第75-76页 |
| 4.2.3 NFPscanner的参数设置 | 第76-79页 |
| 4.2.4 NFPscanner的结果可视化 | 第79-81页 |
| 4.3 基于网络指纹web工具NFPscanner的疾病基因网络分析 | 第81-84页 |
| 4.3.1 新生儿败血症相关基因网络的指纹分析 | 第81-83页 |
| 4.3.2 肥胖相关代谢基因网络的指纹分析 | 第83-84页 |
| 4.4 网络指纹分析R语言软件包NFP的开发 | 第84-89页 |
| 4.4.1 数据模型和函数定义 | 第84-88页 |
| 4.4.2 乳腺癌相关转录因子网络的指纹分析 | 第88-89页 |
| 4.5 小结 | 第89-91页 |
| 第5章 结论与展望 | 第91-96页 |
| 5.1 全文总结 | 第91-92页 |
| 5.2 主要创新点 | 第92-93页 |
| 5.3 对相关领域的影响 | 第93-94页 |
| 5.4 下一步的工作 | 第94-95页 |
| 5.5 未来展望 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-102页 |
| 附录A 疾病相似性融合网络mvHDN由谱聚类所得的22个疾病社团 | 第102-110页 |
| 附录B KEGG基本生物学通路的基本信息 | 第110-114页 |
| 附录C KEGG疾病通路的基本信息 | 第114-117页 |
| 附录D 疾病通路中串扰频度最高的30条有向边 | 第117-120页 |
| 附录E NFPscanner参考通路数据汇总 | 第120-148页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第148-149页 |
| 个人简历 | 第149-150页 |
| 致谢 | 第150页 |
