| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 符号、縮略词和计量单位注释说明 | 第12-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-25页 |
| 1.1 植物内生细菌研究概况及进展 | 第13-17页 |
| 1.1.1 植物内生细菌概念及发展 | 第13页 |
| 1.1.2 植物内生细菌和植物之间的关系 | 第13-14页 |
| 1.1.3 植物内生细菌生物多样性 | 第14页 |
| 1.1.4 植物内生细菌生物学作用 | 第14-16页 |
| 1.1.5 植物和内生细菌的微生态系统 | 第16页 |
| 1.1.6 植物内生细菌研究中值得探讨的问题及应用前景 | 第16-17页 |
| 1.1.7 药用植物内生细菌 | 第17页 |
| 1.2 乌头的研究概况及进展 | 第17-20页 |
| 1.2.1 乌头的形态特征及其分布 | 第17-18页 |
| 1.2.2 乌头的生物学及药用价值 | 第18-19页 |
| 1.2.3 乌头内生菌的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3 植物内生细菌微生物研究方法 | 第20-22页 |
| 1.3.1 传统分离的培养法 | 第20页 |
| 1.3.2 基于分子生物学技术的非培养法 | 第20-22页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第22-25页 |
| 第2章 材料与方法 | 第25-35页 |
| 2.1 样品采集地点描述 | 第25页 |
| 2.2 样品采集处理 | 第25页 |
| 2.3 主要试剂 | 第25页 |
| 2.4 仪器设备 | 第25-26页 |
| 2.5 乌头及其变种总生物碱的含量测定 | 第26页 |
| 2.5.1 对照品溶液的制备 | 第26页 |
| 2.5.2 供试品溶液制备 | 第26页 |
| 2.5.3 色谱条件 | 第26页 |
| 2.6 乌头及其变种内生细菌高通量测序 | 第26-28页 |
| 2.6.1 基因组DNA抽提 | 第26-27页 |
| 2.6.2 PCR扩增 | 第27-28页 |
| 2.6.3 荧光定量 | 第28页 |
| 2.6.4 文库构建 | 第28页 |
| 2.6.5 Miseq测序 | 第28页 |
| 2.7 乌头及其变种内生细菌生物信息学分析 | 第28-35页 |
| 2.7.1 原始数据的区分与统计 | 第29页 |
| 2.7.2 数据优化与统计 | 第29-30页 |
| 2.7.3 OTU聚类 | 第30页 |
| 2.7.4 稀释性曲线 | 第30-31页 |
| 2.7.5 分类学分析 | 第31页 |
| 2.7.6 多样性指数 | 第31页 |
| 2.7.7 Shannon-Wiener曲线 | 第31页 |
| 2.7.8 Rank-Abundance曲线 | 第31-32页 |
| 2.7.9 OTU分布VENN图 | 第32页 |
| 2.7.10 群落Heatmap图 | 第32页 |
| 2.7.11 主成分分析图 | 第32页 |
| 2.7.12 相关性分析 | 第32-35页 |
| 第3章 结果与分析 | 第35-61页 |
| 3.1 乌头总生物碱的含量 | 第35-36页 |
| 3.2 高通量生物信息学分析结果 | 第36-61页 |
| 3.2.1 基因组DNA抽提结果 | 第36-37页 |
| 3.2.2 PCR扩增结果 | 第37-38页 |
| 3.2.3 数据统计结果 | 第38-40页 |
| 3.2.4 OTU聚类 | 第40-41页 |
| 3.2.5 稀释性曲线(Rarefaction curve) | 第41-42页 |
| 3.2.6 Shannon-Wiener曲线 | 第42-43页 |
| 3.2.7 分类学分析结果 | 第43-48页 |
| 3.2.8 乌头及其变种内生细菌类群组成 | 第48-50页 |
| 3.2.9 多样性指数(Alpha-diversity) | 第50-52页 |
| 3.2.10 Rank-Abundance曲线 | 第52-53页 |
| 3.2.11 OTU分布VENN图 | 第53-56页 |
| 3.2.12 群落Heatmap图 | 第56-57页 |
| 3.2.13 主成分分析 | 第57-58页 |
| 3.2.14 内生细菌与总生物碱相关性分析 | 第58-61页 |
| 第4章 讨论与结论 | 第61-67页 |
| 4.1 讨论 | 第61-65页 |
| 4.1.1 乌头及其变种高通量测序 | 第61-62页 |
| 4.1.2 乌头及其变种内生细菌多样性 | 第62-63页 |
| 4.1.3 乌头及其变种内生细菌异同 | 第63-64页 |
| 4.1.4 乌头及其变种的总生物碱与内生细菌相关性 | 第64页 |
| 4.1.5 乌头及其变种内生细菌潜在的生物作用 | 第64-65页 |
| 4.2 结论 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-75页 |
| 致谢 | 第75-77页 |
| 攻读硕士学位期间科研成果 | 第77页 |
