基于GB-EMP粗粒化模型对RNA分子的动力学模拟
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 分子动力学模拟概述 | 第9页 |
| 1.2 粗粒化分子动力学模拟 | 第9-10页 |
| 1.3 RNA 分子动力学 | 第10-13页 |
| 2 分子动力学模拟的基本原理 | 第13-21页 |
| 2.1 牛顿力学 | 第13页 |
| 2.2 MD 模拟的积分算法 | 第13-15页 |
| 2.2.1 Verlet 算法： | 第13-14页 |
| 2.2.2 Velocity－Verlet 算法 | 第14页 |
| 2.2.3 Leap-frog 算法 | 第14-15页 |
| 2.3 分子动力学计算的时间间隔 | 第15页 |
| 2.4 生物大分子的相互作用势函数 | 第15-16页 |
| 2.5 分子动力学模拟的启动 | 第16-17页 |
| 2.6 分子动力学模拟的系综 | 第17-18页 |
| 2.6.1 微正则系综(NVE) | 第17页 |
| 2.6.2 正则系综（NVT） | 第17页 |
| 2.6.3 等压系综（NPT） | 第17-18页 |
| 2.7 边界条件 | 第18页 |
| 2.8 分子动力学模拟的结果分析方法 | 第18页 |
| 2.8.1 均方根差(RMSD) | 第18页 |
| 2.9 分子力学与分子力场 | 第18-21页 |
| 2.9.1 分子力场的概念 | 第19页 |
| 2.9.2 力场能的表示形式 | 第19-20页 |
| 2.9.3 常用分子力场的介绍 | 第20-21页 |
| 3 RNA 分子全原子模拟 | 第21-32页 |
| 3.1 RNA 长链分子模型的建立 | 第21-23页 |
| 3.2 RNA 分子溶液盒子的建立 | 第23-27页 |
| 3.3 对 RNA 溶液盒子的优化 | 第27-29页 |
| 3.4 RNA 溶液盒子的动力学模拟 | 第29-32页 |
| 4 RNA 分子粗粒化模型动力学模拟 | 第32-63页 |
| 4.1 定义 RNA 分子中各分子粗粒化模型 | 第32-35页 |
| 4.2 Gay-Berne 参数的拟合 | 第35-36页 |
| 4.3 DNA 分子 EMP 参数的确定 | 第36-39页 |
| 4.4 RNA 分子键长、键角参数的确定 | 第39-47页 |
| 4.5 对范德华相互作用的分析 | 第47-52页 |
| 4.6 粗粒化模型合理性及稳定性的分析 | 第52-63页 |
| 5.总结 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-66页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
