| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 英文缩略词 | 第5-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-19页 |
| 1.1 白血病简介 | 第8-13页 |
| 1.1.1 急性髓系白血病 | 第8-10页 |
| 1.1.2 急性淋巴系白血病 | 第10页 |
| 1.1.3 慢性髓系白血病和慢性淋巴系白血病 | 第10-11页 |
| 1.1.4 MLL-ENL和MLL-AF9白血病 | 第11-12页 |
| 1.1.5 白血病的一般治疗方法 | 第12-13页 |
| 1.2 RNA-Seq简介 | 第13-16页 |
| 1.2.1 单细胞转录组测序 | 第13-14页 |
| 1.2.2 bulk RNA-Seq数据分析 | 第14-16页 |
| 1.2.3 miRNA数据分析流程 | 第16页 |
| 1.3 Rip1、Rip3、Sirt2结构及功能 | 第16-19页 |
| 1.3.1 Sirt2结构及功能 | 第16-17页 |
| 1.3.2 Rip1、Rip3结构及功能 | 第17页 |
| 1.3.3 相关基因简介 | 第17-19页 |
| 第2章 转录组样品制备及数据处理 | 第19-24页 |
| 2.1 转录组样品制备 | 第19页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第19页 |
| 2.1.2 收集克隆形成细胞 | 第19页 |
| 2.1.3 尾静脉注射 | 第19页 |
| 2.1.4 组织固定 | 第19页 |
| 2.2 转录组数据处理及分析 | 第19-24页 |
| 2.2.1 转录组测序 | 第19-20页 |
| 2.2.2 分析策略 | 第20-21页 |
| 2.2.3 md5sum校验原始测序数据 | 第21页 |
| 2.2.4 FastQc质控 | 第21-22页 |
| 2.2.5 Tophat2比对 | 第22-23页 |
| 2.2.6 Cufflink计量基因表达丰度 | 第23页 |
| 2.2.7 htseq计算reads | 第23页 |
| 2.2.8 差异表达分析 | 第23-24页 |
| 第3章 预测Rip1及Rip3相关靶基因 | 第24-36页 |
| 3.1 分析策略 | 第24页 |
| 3.2 差异表达 | 第24页 |
| 3.3 序列的功能注释及代谢通路分析 | 第24-25页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第25-36页 |
| 3.4.1 Rip1，Rip3敲除对于MLL-AF9基因表达的影响 | 第25-26页 |
| 3.4.2 Rip1~(-/-) 差异表达基因富集分析 | 第26-29页 |
| 3.4.3 Rip3~(-/-) 差异表达基因富集分析 | 第29-32页 |
| 3.4.4 MLL-AF9-Rip1~(-/-) 转录本GSEA分析 | 第32-34页 |
| 3.4.5 MLL-AF9-Rip3~(-/-) 转录本GSEA分析 | 第34-36页 |
| 第4章 Rip1和Rip3的差异性分析 | 第36-45页 |
| 4.1 差异表达基因差异分析 | 第36-37页 |
| 4.2 Rip共调控基因 | 第37-40页 |
| 4.2.1 Rip共调控基因GSEA分析 | 第37页 |
| 4.2.2 Rip共调控基因蛋白互作分析 | 第37-40页 |
| 4.3 Rip1特异调控基因 | 第40-44页 |
| 4.3.1 Rip1特异调控基因GSEA分析 | 第40-41页 |
| 4.3.2 Rip1特异调控基因PPI分析 | 第41-44页 |
| 4.4 小结 | 第44-45页 |
| 第5章 Sirt2敲除差异表达分析 | 第45-58页 |
| 5.1 MLL-ENL-Sirt2~(-/-)差异表达分析 | 第45-49页 |
| 5.1.1 MLL-ENL-Sirt2~(-/-)的差异表达基因 | 第45-46页 |
| 5.1.2 MLL-ENL-Sirt2~(-/-)的差异表达基因富集分析 | 第46-48页 |
| 5.1.3 MLL-ENL-Sirt2~(-/-)的差异表达通路GSEA分析 | 第48-49页 |
| 5.2 MLL-AF9-Sirt2~(-/-)的差异表达分析 | 第49-52页 |
| 5.2.1 MLL-AF9-Sirt2~(-/-)的差异表达基因 | 第49页 |
| 5.2.2 MLL-AF9-Sirt2~(-/-)的差异表达基因功能聚类 | 第49-51页 |
| 5.2.3 MLL-AF9-Sirt2~(-/-)的表达基因GSEA分析 | 第51-52页 |
| 5.3 MLL-AF9-Sirt2~(-/-) 和MLL-ENL-Sirt2~(-/-)差异性分析 | 第52-57页 |
| 5.3.1 差异表达基因差异分析 | 第52-53页 |
| 5.3.2 差异基因功能聚类 | 第53-54页 |
| 5.3.3 差异基因GSEA分析 | 第54-55页 |
| 5.3.4 差异通路PPI分析 | 第55-57页 |
| 5.4 小结 | 第57-58页 |
| 第6章 结论与展望 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
