环境致癌物黄曲霉毒素B1转化大鼠肝干细胞的表达谱分析
| 中文摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-29页 |
| 1.1 黄曲霉毒素 | 第11-13页 |
| 1.1.1 AFT 对环境污染与危害 | 第11-12页 |
| 1.1.2 AFT 研究进程 | 第12页 |
| 1.1.3 AFT 致癌性 | 第12-13页 |
| 1.2 肝干细胞与肝癌 | 第13-18页 |
| 1.2.1 肝干细胞 | 第13-16页 |
| 1.2.2 肝干细胞与肝癌的关系 | 第16-18页 |
| 1.3 基因芯片技术及其在肝癌中的应用 | 第18-22页 |
| 1.3.1 基因芯片技术 | 第18-19页 |
| 1.3.2 基因芯片技术在肝癌中的应用 | 第19-22页 |
| 1.4 基因芯片分析 | 第22-26页 |
| 1.4.1 基因芯片数据分析 | 第22-25页 |
| 1.4.2 基因芯片生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 1.5 本研究的目的意义、研究内容和技术路线 | 第26-29页 |
| 1.5.1 研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第27-28页 |
| 1.5.3 技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 AFB1 诱导大鼠肝干细胞恶性转化 | 第29-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.1.1 细胞株 | 第29页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第29-30页 |
| 2.1.3 溶液配制 | 第30页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第30-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-34页 |
| 2.2.1 细胞培养 | 第31页 |
| 2.2.2 细胞毒性试验 | 第31页 |
| 2.2.3 细胞恶性转化 | 第31-32页 |
| 2.2.4 细胞恶性转化检测 | 第32-34页 |
| 2.3 实验结果 | 第34-37页 |
| 2.3.1 细胞毒性试验 | 第34-35页 |
| 2.3.2 形态学观察 | 第35页 |
| 2.3.3 软琼脂克隆实验 | 第35-36页 |
| 2.3.4 肝干细胞特异基因在恶性转化后的表达 | 第36-37页 |
| 2.4 讨论 | 第37-40页 |
| 第三章 AFB1 作用大鼠肝干细胞的表达谱测定 | 第40-58页 |
| 3.1 实验材料 | 第40-41页 |
| 3.1.1 细胞株 | 第40页 |
| 3.1.2 基因芯片 | 第40页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第40页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第40-41页 |
| 3.2 实验方法 | 第41-47页 |
| 3.2.1 总 RNA 提取 | 第41页 |
| 3.2.2 总 RNA 纯化 | 第41页 |
| 3.2.3 总 RNA 定量和质量检测 | 第41-42页 |
| 3.2.4 荧光标记 | 第42-45页 |
| 3.2.5 芯片杂交 | 第45-46页 |
| 3.2.6 芯片洗脱 | 第46页 |
| 3.2.7 芯片数据分析 | 第46-47页 |
| 3.3 实验结果 | 第47-53页 |
| 3.3.1 总 RNA 定量和质量检测 | 第47-49页 |
| 3.3.2 芯片质量检测 | 第49页 |
| 3.3.3 样本相关性分析 | 第49-50页 |
| 3.3.4 主成分分析 | 第50-51页 |
| 3.3.5 差异表达基因筛选 | 第51-52页 |
| 3.3.6 差异表达基因聚类分析 | 第52-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-58页 |
| 3.4.1 芯片误差分析和标准化处理 | 第53-54页 |
| 3.4.2 聚类分析 | 第54-55页 |
| 3.4.3 差异表达基因筛选 | 第55-58页 |
| 第四章 差异表达基因可靠性验证 | 第58-62页 |
| 4.1 实验材料 | 第58页 |
| 4.1.1 细胞株 | 第58页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第58页 |
| 4.1.3 主要仪器 | 第58页 |
| 4.2 实验方法 | 第58-59页 |
| 4.2.1 总 RNA 提取及 cDNA 合成 | 第58-59页 |
| 4.2.2 荧光定量 RT-PCR | 第59页 |
| 4.3 实验结果 | 第59-61页 |
| 4.4 讨论 | 第61-62页 |
| 第五章 基因表达谱芯片生物信息学分析 | 第62-101页 |
| 5.1 数据库 | 第62-63页 |
| 5.2 分析方法 | 第63-64页 |
| 5.1.1 功能分析 | 第63页 |
| 5.1.2 富集分析 | 第63页 |
| 5.1.3 通路分析 | 第63页 |
| 5.1.4 通路作用网络 | 第63页 |
| 5.1.5 基因作用网络 | 第63页 |
| 5.1.6 人类基因组相关基因推测 | 第63-64页 |
| 5.2 实验结果 | 第64-84页 |
| 5.2.1 差异表达基因功能分析 | 第64-72页 |
| 5.2.2 功能富集分析 | 第72-74页 |
| 5.2.3 差异表达基因通路分析 | 第74-75页 |
| 5.2.4 通路作用网络分析 | 第75-80页 |
| 5.2.5 差异表达基因作用网络 | 第80-83页 |
| 5.2.6 人源相关基因推测 | 第83-84页 |
| 5.3 讨论 | 第84-101页 |
| 5.3.1 功能分析 | 第84-85页 |
| 5.3.2 pathway 分析 | 第85-99页 |
| 5.3.3 基于基因作用网络的发现 | 第99-100页 |
| 5.3.4 人源相关基因推测 | 第100-101页 |
| 第六章 结论与展望 | 第101-103页 |
| 6.1 研究总结 | 第101-102页 |
| 6.2 创新点 | 第102页 |
| 6.3 展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-118页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第118-119页 |
| 附录 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121页 |
