面向蛋白质二级结构预测的特征提取方法研究
| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8页 |
| 第1章 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-10页 |
| 1.2 蛋白质二级结构的研究现状 | 第10-11页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第11-12页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第12-13页 |
| 第2章 蛋白质二级结构预测 | 第13-31页 |
| 2.1 蛋白质简介 | 第13-14页 |
| 2.2 蛋白质结构 | 第14-17页 |
| 2.3 蛋白质二级结构预测及必要性 | 第17-23页 |
| 2.3.1 蛋白质二级结构预测 | 第17-18页 |
| 2.3.2 二级结构预测研究的必要性 | 第18-19页 |
| 2.3.3 蛋白质二级结构预测的传统方法 | 第19-23页 |
| 2.4 支持向量机 | 第23-30页 |
| 2.5 本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 基于氨基酸序列的特征提取 | 第31-37页 |
| 3.1 数据集介绍 | 第31页 |
| 3.2 训练集与测试集的划分 | 第31-32页 |
| 3.3 模型检验方法 | 第32-33页 |
| 3.4 滑动窗口技术 | 第33-34页 |
| 3.5 评价指标 | 第34页 |
| 3.6 实验结果 | 第34-37页 |
| 第4章 基于疏水性、偶极矩的特征提取 | 第37-41页 |
| 4.1 疏水性 | 第37-38页 |
| 4.2 偶极矩 | 第38-40页 |
| 4.3 实验结果 | 第40-41页 |
| 第5章 基于PSSM矩阵的特征提取 | 第41-53页 |
| 5.1 序列比对 | 第41-43页 |
| 5.2 PSSM矩阵 | 第43-47页 |
| 5.2.1 fasta格式 | 第44-46页 |
| 5.2.2 PSSM的获得 | 第46页 |
| 5.2.3 实验结果 | 第46-47页 |
| 5.3 参数优化 | 第47-53页 |
| 5.3.1 网格搜索算法 | 第47-48页 |
| 5.3.2 遗传算法 | 第48-51页 |
| 5.3.3 实验结果 | 第51-53页 |
| 第6章 结论 | 第53-55页 |
| 6.1 主要工作与结果 | 第53页 |
| 6.2 下一步工作 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
| 在学期间主要研究成果 | 第61页 |
