| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 研究背景 | 第9-19页 |
| 1.1 移植瘤的研究现状 | 第9-11页 |
| 1.2 结直肠癌的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 拷贝数变异的研究现状 | 第12-13页 |
| 1.4 高通量测序的发展现状 | 第13-17页 |
| 1.5 研究意义 | 第17-19页 |
| 第二章 材料与方法 | 第19-29页 |
| 2.1 病例收集与移植瘤模型构建 | 第19页 |
| 2.2 DNA文库构建与全基因组测序 | 第19-20页 |
| 2.2.1 DNA文库构建 | 第19-20页 |
| 2.2.2 上机测序 | 第20页 |
| 2.3 原始数据处理 | 第20-21页 |
| 2.4 比对 | 第21-24页 |
| 2.4.1 clean reads与参考序列比对 | 第21-22页 |
| 2.4.2 去除duplication污染 | 第22-23页 |
| 2.4.3 移植瘤小鼠污染过滤 | 第23页 |
| 2.4.4 局部重比对 | 第23-24页 |
| 2.5 拷贝数变异检测与注释 | 第24-29页 |
| 2.5.1 拷贝数变异检测 | 第24-25页 |
| 2.5.2 拷贝数变异注释 | 第25-26页 |
| 2.5.3 主成分分析 | 第26页 |
| 2.5.4 通路富集分析 | 第26-27页 |
| 2.5.5 数据库说明 | 第27-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-43页 |
| 3.1 测序数据和比对结果分析 | 第29-30页 |
| 3.2 拷贝数变异检测结果和分析 | 第30-31页 |
| 3.3 移植瘤与原肿瘤之间基因组拷贝数比较分析 | 第31-40页 |
| 3.3.1 移植瘤与原肿瘤的全基因组拷贝数分布 | 第31-32页 |
| 3.3.2 移植瘤与对应原肿瘤之间的拷贝数相似性分析 | 第32-35页 |
| 3.3.3 移植瘤与对应原肿瘤之间的拷贝数差异分析 | 第35-40页 |
| 3.4 同一来源的移植瘤之间的拷贝数分析 | 第40-43页 |
| 第四章 总结与讨论 | 第43-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 附件 | 第53页 |