| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 1 文献综述 | 第10-19页 |
| 1.1 昆虫体色的研究概述 | 第10-14页 |
| 1.1.1 昆虫体色的色素种类 | 第10页 |
| 1.1.2 昆虫主要的色素合成途径 | 第10-11页 |
| 1.1.3 家蚕体色突变体的研究现状 | 第11-14页 |
| 1.2 BH4合成代谢的研究概况 | 第14-16页 |
| 1.3 转录组测序技术及其在家蚕研究中的应用 | 第16-17页 |
| 1.4 定位克隆技术及其在家蚕突变基因解析中的应用 | 第17-19页 |
| 2 引言 | 第19-21页 |
| 2.1 研究背景与意义 | 第19-20页 |
| 2.2 研究的主要内容 | 第20页 |
| 2.3 技术路线 | 第20-21页 |
| 3 材料与方法 | 第21-35页 |
| 3.1 实验材料 | 第21-23页 |
| 3.1.1 家蚕i-lem转录组材料 | 第21页 |
| 3.1.2 家蚕i-lem定位材料 | 第21-22页 |
| 3.1.3 分子标记引物 | 第22页 |
| 3.1.4 供试家蚕品系 | 第22-23页 |
| 3.2 仪器与试剂 | 第23-30页 |
| 3.2.1 仪器设备 | 第23页 |
| 3.2.2 相关试剂及配制 | 第23-24页 |
| 3.2.3 基因组的提取方法 | 第24-25页 |
| 3.2.4 PCR 模板（基因组）的制备 | 第25-26页 |
| 3.2.5 PCR扩增体系 | 第26页 |
| 3.2.6 PCR扩增产物凝胶电泳 | 第26页 |
| 3.2.7 PCR扩增产物的测序 | 第26-27页 |
| 3.2.8 RNA提取 | 第27-28页 |
| 3.2.9 RNA纯化 | 第28页 |
| 3.2.10 cDNA的制备 | 第28-29页 |
| 3.2.11 半定量RT-PCR | 第29-30页 |
| 3.3 实验方法 | 第30-35页 |
| 3.3.1 转录组文库构建及测序 | 第30-32页 |
| 3.3.2 生物学软件及数据库 | 第32-33页 |
| 3.3.3 查找SNP位点 | 第33页 |
| 3.3.4 分子标记与i-lem之间的连锁分析 | 第33-34页 |
| 3.3.5 搜索定位区域的预测基因 | 第34页 |
| 3.3.6 提取预测基因的注释信息 | 第34页 |
| 3.3.7 提取预测基因的芯片数据 | 第34页 |
| 3.3.8 蛋白功能结构域的预测和分析 | 第34-35页 |
| 4 结果与分析 | 第35-68页 |
| 4.1 i-lem转录组测序及数据分析 | 第35-52页 |
| 4.1.1 转录组材料发育时期的选择 | 第35页 |
| 4.1.2 转录组材料基因型的确定 | 第35-36页 |
| 4.1.3 转录组的原始数据 | 第36页 |
| 4.1.4 测序数据质量评估与统计 | 第36-39页 |
| 4.1.5 参考序列比对分析 | 第39-42页 |
| 4.1.6 基因表达水平分析 | 第42-44页 |
| 4.1.7 RNA-seq整体质量评估 | 第44-46页 |
| 4.1.8 差异表达分析 | 第46页 |
| 4.1.9 差异基因GO富集分析 | 第46-48页 |
| 4.1.10 差异基因KEGG富集分析 | 第48-50页 |
| 4.1.11 转录组上调与下调基因分析 | 第50-52页 |
| 4.2 黄体色抑制基因i-lem的分子定位 | 第52-58页 |
| 4.2.1 分子标记引物初筛选 | 第52-53页 |
| 4.2.2 可用SNP引物筛选判断 | 第53-54页 |
| 4.2.3 2013-BC1代i-lem定位连锁图谱 | 第54-55页 |
| 4.2.4 2014-BC1代i-lem定位连锁图谱 | 第55-58页 |
| 4.3 定位区域内预测基因模型的克隆与功能分析 | 第58-68页 |
| 4.3.1 定位区域的预测基因 | 第58-59页 |
| 4.3.2 基因模型的芯片数据 | 第59-61页 |
| 4.3.3 预测基因在体壁中的表达谱分析 | 第61-63页 |
| 4.3.4 BMgn009799基因在不同蚕体中的表达谱 | 第63-64页 |
| 4.3.5 BMgn009799的cDNA结构差异分析 | 第64-65页 |
| 4.3.6 BMgn009799的基因组结构分析 | 第65-67页 |
| 4.3.7 BMgn009799基因功能的预测分析 | 第67-68页 |
| 5 讨论 | 第68-78页 |
| 5.1 i-lem转录组测序及数据分析讨论 | 第68-71页 |
| 5.2 黄体色抑制基因i-lem的分子定位讨论 | 第71-72页 |
| 5.3 定位区域内预测基因模型的功能分析讨论 | 第72-77页 |
| 5.4 i-lem突变的分子机制猜想 | 第77-78页 |
| 结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-90页 |
| 附录 | 第90-99页 |
| 附录A（1）定位克隆57对分子标记引物列表 | 第90-94页 |
| 附录B（1）转录组测序差异表达基因列表 | 第94-97页 |
| 附录C GO富集最显著Term中差异基因列表 | 第97页 |
| 附录D KEGG富集pathway中差异基因列表 | 第97-98页 |
| 附录E 定位克隆群体中13个误判个体 | 第98页 |
| 附录F BmRPL3的引物序列 | 第98-99页 |
| 致谢 | 第99-101页 |
| 个人简介 | 第101页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第101页 |
