| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 引言 | 第8-14页 |
| 第2章 蛋白质二级质谱鉴定主流算法 | 第14-20页 |
| 2.1 基于关联匹配模型的Sequest算法 | 第14-16页 |
| 2.2 基于概率统计的匹配模型的ProVerB算法 | 第16-17页 |
| 2.3 随机匹配模型 | 第17-18页 |
| 2.4 FDR质量控制 | 第18-20页 |
| 第3章 基于正反库特征信息匹配的蛋白质二级质谱鉴定算法 | 第20-46页 |
| 3.1 MS/MS数据集 | 第20页 |
| 3.2 MS/MS数据集处理 | 第20-21页 |
| 3.3 MS/MS数据库及仪器精度 | 第21-22页 |
| 3.4 理论图谱的产生 | 第22页 |
| 3.5 同位素峰合并 | 第22-23页 |
| 3.6 有效峰的选取 | 第23页 |
| 3.7 基于正反库特征信息的提取 | 第23-36页 |
| 3.7.1 训练集的提取 | 第23-24页 |
| 3.7.2 基于正反库匹配信息统计思想 | 第24-25页 |
| 3.7.3 统计结果的相关性 | 第25-34页 |
| 3.7.4 特征信息的数学定量 | 第34-36页 |
| 3.8 打分函数 | 第36-39页 |
| 3.8.1 碎片离子峰的匹配打分模型 | 第37页 |
| 3.8.2 碎片峰连续匹配打分模型 | 第37-38页 |
| 3.8.3 b/y离子峰的匹配打分模型 | 第38-39页 |
| 3.8.4 肽段匹配总分值 | 第39页 |
| 3.9 PepFind鉴定结果 | 第39-46页 |
| 3.9.1 PepFind与主流算法软件Mascot,Sequest结果比较 | 第39-40页 |
| 3.9.2 PepFind基于FDR质量控制分析 | 第40-41页 |
| 3.9.3 PepFind算法的可靠性 | 第41-43页 |
| 3.9.4 多种蛋白质二级质谱鉴定算法搜索结果比较 | 第43-46页 |
| 第4章 总结与展望 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-52页 |
| 附录：PepFind软件统计主程序 | 第52-64页 |
| 在学位期间发表的学术成果 | 第64-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
