| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 符号说明 | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-40页 |
| 第一节 DNA的甲基化修饰与DNA的磷硫酰化修饰 | 第14-22页 |
| 1.1.1 常见的DNA修饰类型 | 第14-15页 |
| 1.1.2 DNA降解现象暗示着一种新型的DNA修饰 | 第15-17页 |
| 1.1.3 Dnd现象由dnd基因簇编码 | 第17-19页 |
| 1.1.4 dnd基因簇位于变铅青链霉菌的基因组岛SLG上 | 第19-20页 |
| 1.1.5 其它细菌中的dnd同源基因簇 | 第20-21页 |
| 1.1.6 Dnd表型的本质是DNA的硫修饰即磷硫酰化修饰 | 第21-22页 |
| 第二节 DNA限制修饰系统和DNA修饰的生物学意义 | 第22-30页 |
| 1.2.1 DNA限制修饰系统 | 第22-23页 |
| 1.2.2 I, II, III型限制修饰系统 | 第23-25页 |
| 1.2.3 IV型限制系统 | 第25-27页 |
| 1.2.4 嵌合限制性酶和成簇规律间隔的短回文重复序列系统 | 第27-28页 |
| 1.2.5 DNA甲基化修饰与表观遗传学 | 第28-30页 |
| 第三节 DNA修饰相关蛋白的结构简介 | 第30-35页 |
| 1.3.1 蛋白质的结构生物学简介 | 第30-31页 |
| 1.3.2 蛋白的X射线晶体学 | 第31-33页 |
| 1.3.3 常见IV型限制性内切酶的结构 | 第33-34页 |
| 1.3.4 HNH结构域的结构与功能 | 第34-35页 |
| 第四节 DNA磷硫酰化修饰的近期进展 | 第35-38页 |
| 1.4.1 天然DNA磷硫酰化修饰具有位点特异性 | 第35-37页 |
| 1.4.2 天然DNA磷硫酰化修饰具有抗氧化性 | 第37-38页 |
| 第五节 本研究的内容和目的 | 第38-40页 |
| 1.5.1 本研究背景和基础 | 第38页 |
| 1.5.2 本研究内容 | 第38-39页 |
| 1.5.3 本研究目的 | 第39-40页 |
| 第二章 材料与方法 | 第40-70页 |
| 第一节 实验材料 | 第40-54页 |
| 2.1.1 实验用菌株及其特征 | 第40页 |
| 2.1.2 实验用质粒及其特征 | 第40-42页 |
| 2.1.3 实验用引物及其序列 | 第42-47页 |
| 2.1.4 主要仪器及型号 | 第47-48页 |
| 2.1.5 培养基和化学试剂 | 第48-54页 |
| 第二节 实验方法 | 第54-70页 |
| 2.2.1 生物信息学分析方法 | 第54页 |
| 2.2.2 大肠杆菌遗传操作及分子克隆方法 | 第54-57页 |
| 2.2.3 链霉菌遗传操作方法 | 第57-59页 |
| 2.2.4 重组蛋白的异源表达及纯化方法 | 第59-62页 |
| 2.2.5 重组蛋白的功能研究 | 第62页 |
| 2.2.6 蛋白与DNA相互作用研究方法 | 第62-64页 |
| 2.2.7 蛋白的结构生物学研究方法 | 第64-70页 |
| 第三章 DNA磷硫酰化限制系统的发现 | 第70-80页 |
| 第一节 异常表达现象表明天蓝色链霉菌中存在对dnd基因簇的限制系统 | 第70-73页 |
| 3.1.1 dnd基因簇在天蓝色链霉菌中的异常表达 | 第70页 |
| 3.1.2 天蓝色链霉菌中存在对dnd基因簇的限制系统 | 第70-73页 |
| 第二节 限制系统编码基因的确定 | 第73-78页 |
| 3.2.1 scoMcrA编码对dnd基因簇的限制系统 | 第73-76页 |
| 3.2.2 scoMcrA和dnd基因簇分别位于两个不能共存的基因组岛上 | 第76-78页 |
| 本章小结 | 第78-80页 |
| 第四章 ScoMcrA蛋白的表达纯化与活性检测 | 第80-98页 |
| 第一节ScoMcrA表达载体的构建以及对Dcm甲基化限制的发现 | 第80-82页 |
| 4.1.1 scoMcrA对DNA的Dcm甲基化修饰有限制作用 | 第80-81页 |
| 4.1.2 ScoMcrA蛋白异源表达及纯化 | 第81-82页 |
| 第二节 ScoMcrA蛋白活性检测及切割条件优化 | 第82-93页 |
| 4.2.1 ScoMcrA在商业化缓冲液中无切割活性 | 第82-83页 |
| 4.2.2 ScoMcrA需要Mn2+作为辅因子 | 第83-86页 |
| 4.2.3 ScoMcrA对DNA切割位点的确定 | 第86-93页 |
| 4.2.4 延长切割时间会导致ScoMcrA的非特异性切割 | 第93页 |
| 第三节 ScoMcrA对Dcm甲基化DNA的结合作用和位点 | 第93-97页 |
| 4.3.1 ScoMcrA与Dcm甲基化DNA的凝胶阻滞实验 | 第93-95页 |
| 4.3.2 ScoMcrA与Dcm甲基化DNA的DNA酶I足印实验 | 第95-97页 |
| 本章小结 | 第97-98页 |
| 第五章 ScoMcrA的作用机理研究 | 第98-128页 |
| 第一节 ScoMcrA的突变研究 | 第98-103页 |
| 5.1.1 蛋白ScoMcrA定点突变 | 第98-99页 |
| 5.1.2 蛋白ScoMcrA的随机突变 | 第99-102页 |
| 5.1.3 蛋白ScoMcrA的活性需要HNH结构域 | 第102-103页 |
| 第二节 ScoMcrA蛋白的结构生物学研究 | 第103-117页 |
| 5.2.1 结晶用蛋白ScoMcrA的制备 | 第103页 |
| 5.2.2 蛋白ScoMcrA的晶体筛选优化及X射线衍射 | 第103-106页 |
| 5.2.3 蛋白ScoMcrA的晶体的添加剂和防冻剂筛选 | 第106-107页 |
| 5.2.4 ScoMcrA蛋白N端组氨酸标签的去除 | 第107-108页 |
| 5.2.5 链霉菌表达ScoMcrA | 第108-109页 |
| 5.2.6 晶体的结晶后处理和还原性烷基化 | 第109-110页 |
| 5.2.7 ScoMcrA同源蛋白的结晶 | 第110-112页 |
| 5.2.8 蛋白的预测非折叠序列的删除 | 第112-114页 |
| 5.2.9 ScoMcrA蛋白非特异性酶切和截短实验 | 第114页 |
| 5.2.10 硒代甲硫氨酸标记蛋白的制备和相位的解析 | 第114-116页 |
| 5.2.11 ScoMcrA的结构分析 | 第116-117页 |
| 第三节 ScoMcrA与底物的共结晶研究 | 第117-127页 |
| 5.3.1 ScoMcrA与长片段DNA共结晶 | 第117-118页 |
| 5.3.2 ScoMcrA与短片段DNA共结晶 | 第118-121页 |
| 5.3.3 ScoMcrA与手性磷硫酰化修饰DNA共结晶 | 第121-124页 |
| 5.3.4 ScoMcrA与Rp磷硫酰化修饰DNA复合物的结构分析 | 第124-127页 |
| 本章小结 | 第127-128页 |
| 总结与展望 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-138页 |
| 致谢 | 第138-139页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第139页 |
