| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-43页 |
| 1.1 牙鲆养殖主要病害 | 第14-15页 |
| 1.2 鱼类的免疫系统和信号通路 | 第15-32页 |
| 1.2.1 鱼类的免疫系统 | 第15-17页 |
| 1.2.1.1 鱼类的免疫器官 | 第15-17页 |
| 1.2.1.1.1 胸腺 | 第16页 |
| 1.2.1.1.2 脾脏 | 第16-17页 |
| 1.2.1.1.3 肾脏 | 第17页 |
| 1.2.2 鱼类的免疫机制 | 第17-27页 |
| 1.2.2.1 固有性免疫 | 第18-25页 |
| 1.2.2.1.1 物理屏障 | 第18-19页 |
| 1.2.2.1.2 抗菌肽 | 第19页 |
| 1.2.2.1.3 溶菌酶 | 第19-20页 |
| 1.2.2.1.4 补体系统 | 第20-21页 |
| 1.2.2.1.5 模式识别受体（PRR） | 第21-22页 |
| 1.2.2.1.6 细胞因子 | 第22-25页 |
| 1.2.2.2 获得性免疫 | 第25-27页 |
| 1.2.3 鱼类免疫相关的信号通路 | 第27-32页 |
| 1.2.3.1 Toll样受体信号通路 | 第28-29页 |
| 1.2.3.2 补体和凝血级联通路 | 第29-32页 |
| 1.3 热休克蛋白研究进展 | 第32-38页 |
| 1.3.1 热休克蛋白简介 | 第32-33页 |
| 1.3.2 热休克蛋白各家族的特点 | 第33-38页 |
| 1.3.2.1 Hsp70 | 第33-35页 |
| 1.3.2.2 Hsp60 | 第35-36页 |
| 1.3.2.3 Hsp90 | 第36-37页 |
| 1.3.2.4 Hsp110 | 第37页 |
| 1.3.2.5 小分子量Hsp | 第37-38页 |
| 1.4 转录组及其在鱼类免疫上的应用 | 第38-41页 |
| 1.4.1 RNA测序技术 | 第39-40页 |
| 1.4.2 转录组在鱼类免疫研究上的应用 | 第40-41页 |
| 1.5 论文研究的目的和意义 | 第41-43页 |
| 第二章 鳗弧菌感染牙鲆前后脾脏转录组测序及数据分析 | 第43-86页 |
| 2.1 材料和方法 | 第43-51页 |
| 2.1.1 实验鱼与菌株 | 第43页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第43-44页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第44页 |
| 2.1.4 鳗弧菌感染实验 | 第44页 |
| 2.1.5 取样和牙鲆脾脏总RNA提取 | 第44-45页 |
| 2.1.6 cDNA文库的制备和测序 | 第45-47页 |
| 2.1.7 牙鲆转录组测序数据分析 | 第47-51页 |
| 2.1.7.1 序列拼接 | 第47-49页 |
| 2.1.7.2 牙鲆转录组比较分析和功能注释 | 第49-50页 |
| 2.1.7.3 SSR和SNP分子标记的鉴定 | 第50页 |
| 2.1.7.4 鳗弧菌感染牙鲆的差异基因表达分析 | 第50页 |
| 2.1.7.5 基因表达的验证 | 第50-51页 |
| 2.2 结果与分析 | 第51-83页 |
| 2.2.1 RNA提取和质量检测 | 第51-52页 |
| 2.2.2 牙鲆转录组数据拼接和组装结果 | 第52-56页 |
| 2.2.2.1 牙鲆转录组原始数据和拼接 | 第52-55页 |
| 2.2.2.2 牙鲆转录组的比较分析 | 第55-56页 |
| 2.2.3 牙鲆脾脏转录组Unigene的功能注释 | 第56-63页 |
| 2.2.3.1 牙鲆转录组的蛋白功能注释 | 第56-57页 |
| 2.2.3.2 牙鲆转录组的分类分析 | 第57-58页 |
| 2.2.3.3 牙鲆转录组GO注释 | 第58-60页 |
| 2.2.3.4 牙鲆转录组COG注释 | 第60-61页 |
| 2.2.3.5 牙鲆转录组KEGG注释 | 第61-63页 |
| 2.2.4 免疫基因及免疫信号通路注释 | 第63-75页 |
| 2.2.4.1 Toll样受体信号通路 | 第64-67页 |
| 2.2.4.2 补体和凝血通路 | 第67-70页 |
| 2.2.4.3 B细胞受体和T细胞受体信号通路 | 第70-74页 |
| 2.2.4.4 细胞因子 | 第74-75页 |
| 2.2.5 SSR和SNP分子标记的鉴定 | 第75-78页 |
| 2.2.6 鳗弧菌感染牙鲆差异表达基因分析 | 第78-80页 |
| 2.2.6.1 差异表达基因筛选 | 第78-79页 |
| 2.2.6.2 差异表达基因GO富集分析 | 第79-80页 |
| 2.2.6.3 差异基因免疫分析 | 第80页 |
| 2.2.7 基因验证 | 第80-83页 |
| 2.3 讨论 | 第83-86页 |
| 第三章 牙鲆热休克蛋白基因的表达分析 | 第86-114页 |
| 3.1 材料和方法 | 第87-93页 |
| 3.1.1 实验鱼与菌株 | 第87页 |
| 3.1.2 实验试剂和仪器 | 第87页 |
| 3.1.3 不同处理组和取样 | 第87-89页 |
| 3.1.3.1 不同温度组1小时处理和取样 | 第87-88页 |
| 3.1.3.2 同一温度刺激下连续时间点处理和取样 | 第88页 |
| 3.1.3.3 鳗弧菌感染、免疫和取样 | 第88-89页 |
| 3.1.4 牙鲆样品总RNA提取和cDNA的合成 | 第89-90页 |
| 3.1.4.1 总RNA提取 | 第89页 |
| 3.1.4.2 cDNA的合成 | 第89-90页 |
| 3.1.5 热休克蛋白基因的qRT-PCR引物的设计 | 第90-91页 |
| 3.1.6 热休克蛋白基因在正常脾脏中的转录水平的qRT-PCR检测 | 第91页 |
| 3.1.7 热休克蛋白基因在健康牙鲆不同组织中转录水平的qRT-PCR检测 | 第91-92页 |
| 3.1.8 热休克蛋白基因在不同温度处理 1h后转录水平的qRT-PCR检测 | 第92页 |
| 3.1.9 热休克蛋白基因在 10℃处理后不同时间转录水平的qRT-PCR检测 | 第92页 |
| 3.1.10 热休克蛋白基因在 28℃处理后不同时间转录水平的qRT-PCR检测 | 第92页 |
| 3.1.11 热休克蛋白基因在鳗弧菌侵染后转录水平的qRT-PCR检测 | 第92-93页 |
| 3.1.12 热休克蛋白基因在甲醛灭活的鳗弧菌免疫后转录水平的qRT-PCR检测 | 第93页 |
| 3.2 结果 | 第93-106页 |
| 3.2.1 热休克蛋白基因在正常牙鲆脾脏中的表达 | 第93-94页 |
| 3.2.2 热休克蛋白基因在牙鲆正常组织中的表达变化 | 第94-95页 |
| 3.2.3 热休克蛋白基因在不同温度组处理 1h后的表达变化 | 第95-97页 |
| 3.2.4 热休克蛋白基因在 10℃处理不同时间后的表达变化 | 第97-99页 |
| 3.2.5 热休克蛋白基因在 28℃处理不同时间后的表达变化 | 第99-102页 |
| 3.2.6 热休克蛋白基因在鳗弧菌M3侵染牙鲆后的表达变化 | 第102-104页 |
| 3.2.7 热休克蛋白基因在甲醛灭活的鳗弧菌免疫牙鲆后的表达变化 | 第104-106页 |
| 3.3 讨论 | 第106-114页 |
| 3.3.1 温度刺激对HSP的影响 | 第107-108页 |
| 3.3.2 Hsp60 | 第108-109页 |
| 3.3.3 Hsp70 | 第109-111页 |
| 3.3.4 小分子Hsp | 第111-112页 |
| 3.3.5 Hsp110 | 第112-114页 |
| 结论 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-140页 |
| 作者简历 | 第140-141页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第141页 |
