| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 1 绪论 | 第8-16页 |
| 1.1 引言 | 第8页 |
| 1.2 研究背景 | 第8-10页 |
| 1.2.1 生物信息学的发展与蛋白质组学的研究 | 第8-9页 |
| 1.2.2 蛋白质相互作用的研究 | 第9-10页 |
| 1.2.3 蛋白质相互作用网络比对方面的研究 | 第10页 |
| 1.3 研究意义 | 第10-11页 |
| 1.4 国内外研究现状 | 第11-13页 |
| 1.4.1 蛋白质序列之间的比对 | 第11页 |
| 1.4.2 蛋白质相互作用网络的比对 | 第11-12页 |
| 1.4.3 大图的相关研究 | 第12-13页 |
| 1.5 本文研究内容及篇章结构 | 第13-15页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第13-14页 |
| 1.5.2 篇章结构 | 第14-15页 |
| 1.6 本章小结 | 第15-16页 |
| 2 相关技术介绍 | 第16-28页 |
| 2.1 图的相关知识 | 第16-20页 |
| 2.1.1 k-hop子图与最短路径算法 | 第16-17页 |
| 2.1.2 大图分区及管理 | 第17-20页 |
| 2.2 相似蛋白质的挖掘 | 第20-23页 |
| 2.2.1 基于图的蛋白质相似性 | 第20-22页 |
| 2.2.2 物种内功能相似蛋白质的挖掘 | 第22-23页 |
| 2.3 网络比对方法 | 第23-27页 |
| 2.3.1 网络比对方法的分类 | 第23页 |
| 2.3.2 Match-and-Split比对方法 | 第23-25页 |
| 2.3.3 MaWISH比对方法 | 第25-27页 |
| 2.4 本章小结 | 第27-28页 |
| 3 基于大图分区理论的相似蛋白质挖掘方法 | 第28-39页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 蛋白质序列相似性 | 第28-31页 |
| 3.2.1 基本概念 | 第28页 |
| 3.2.2 蛋白质序列比对 | 第28-31页 |
| 3.3 基于序列与网络结构的蛋白质相似性 | 第31-38页 |
| 3.3.1 基本概念 | 第31页 |
| 3.3.2 相似性定义与计算 | 第31-32页 |
| 3.3.3 问题建模 | 第32-33页 |
| 3.3.4 网络分区的具体实现 | 第33-34页 |
| 3.3.5 算法实现与分析 | 第34-38页 |
| 3.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 4 保守模式挖掘方法 | 第39-49页 |
| 4.1 引言 | 第39页 |
| 4.2 基于相似蛋白质的保守模式挖掘方法 | 第39-43页 |
| 4.2.1 相关概念 | 第39-40页 |
| 4.2.2 问题描述 | 第40-41页 |
| 4.2.3 解决方案 | 第41页 |
| 4.2.4 算法实现与分析 | 第41-43页 |
| 4.3 基于打分机制的最大保守模式挖掘方法 | 第43-48页 |
| 4.3.1 相关概念 | 第43页 |
| 4.3.2 打分函数 | 第43-45页 |
| 4.3.3 最大保守模式挖掘算法 | 第45-48页 |
| 4.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 5 实验分析 | 第49-58页 |
| 5.1 实验设计 | 第49页 |
| 5.1.1 实验环境 | 第49页 |
| 5.1.2 实验数据 | 第49页 |
| 5.2 相似蛋白质挖掘实验 | 第49-53页 |
| 5.2.1 评估标准 | 第50页 |
| 5.2.2 网络分区实验 | 第50-51页 |
| 5.2.3 参数值取值实验 | 第51-52页 |
| 5.2.4 相似蛋白质挖掘实验 | 第52-53页 |
| 5.3 保守模式挖掘实验 | 第53-56页 |
| 5.3.1 评估标准 | 第53页 |
| 5.3.2 保守模式挖掘实验 | 第53-55页 |
| 5.3.3 最大保守模式挖掘实验 | 第55-56页 |
| 5.4 本章小结 | 第56-58页 |
| 6 总结与展望 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-63页 |
| 附录1 | 第63-64页 |
| 附录2 | 第64页 |