| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第10-15页 |
| 1.1.1 组蛋白修饰及其相关研究 | 第10-12页 |
| 1.1.2 DNA甲基化及其相关研究 | 第12-13页 |
| 1.1.3 转录因子CTCF及其相关研究 | 第13-14页 |
| 1.1.4 转录因子CTCF结合和DNA甲基化之间的关联研究 | 第14-15页 |
| 1.2 论文结构 | 第15-16页 |
| 第二章 数据和研究方法 | 第16-23页 |
| 2.1 数据介绍 | 第16-19页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第16-17页 |
| 2.1.2 数据材料的下载和内容介绍 | 第17-18页 |
| 2.1.3 人类全基因组注释数据的下载和处理 | 第18-19页 |
| 2.2 研究方法介绍 | 第19-22页 |
| 2.2.1 转录因子CTCF与基因的关联强度 | 第19页 |
| 2.2.2 DNA甲基化水平的计算 | 第19-20页 |
| 2.2.3 基因集合的构建 | 第20页 |
| 2.2.4 转录因子CTCF结合位点侧翼区域内的组蛋白修饰信号强度 | 第20-21页 |
| 2.2.5 TSS侧翼区域内的组蛋白修饰信号强度 | 第21页 |
| 2.2.6 基因的表达值与转录因子CTCF结合及DNA甲基化之间的相关性计算 | 第21-22页 |
| 2.3 小结 | 第22-23页 |
| 第三章 转录因子CTCF结合、DNA甲基化和组蛋白修饰信号分布的研究及分析 | 第23-33页 |
| 3.1 转录因子CTCF对基因调控作用信号的关联强度 | 第23-24页 |
| 3.2 DNA甲基化水平 | 第24-25页 |
| 3.3 转录因子CTCF与基因的关联强度和DNA甲基化水平之间的竞争关系 | 第25-26页 |
| 3.4 转录因子CTCF结合位点侧翼区域内的组蛋白修饰分布 | 第26-28页 |
| 3.5 四个基因集合中TSS侧翼区域内的组蛋白修饰分布 | 第28-32页 |
| 3.6 讨论和小结 | 第32-33页 |
| 第四章 基因的表达值与转录因子CTCF结合及DNA甲基化之间的相关研究 | 第33-36页 |
| 4.1 基因的表达值RPKM | 第33-34页 |
| 4.1.1 R语言中的DEGseq包简介 | 第33页 |
| 4.1.2 RPKM值对应的基因频数分布 | 第33-34页 |
| 4.2 基因的表达值RPKM与转录因子CTCF结合及DNA甲基化之间的相关性分析 | 第34-35页 |
| 4.3 讨论和小结 | 第35-36页 |
| 第五章 总结与展望 | 第36-38页 |
| 5.1 全文总结 | 第36-37页 |
| 5.2 工作展望 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-42页 |
| 致谢 | 第42-43页 |
