| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 1 前言 | 第11-18页 |
| 1.1 呼吸道感染和不明原因肺炎 | 第11-13页 |
| 1.2. 呼吸道病原常规检测技术 | 第13-14页 |
| 1.3 宏基因组学在呼吸道病原鉴定上的优势 | 第14-16页 |
| 1.4 本研究拟解决的主要问题 | 第16-18页 |
| 2 材料和方法 | 第18-34页 |
| 2.1 样本来源 | 第18页 |
| 2.2 咽拭子样本预处理和RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.3 DNA提取 | 第19页 |
| 2.4 RNA等温扩增 | 第19-20页 |
| 2.5 cDNA二代测序 | 第20-30页 |
| 2.5.1 Ion Torrent PGM测序 | 第20-27页 |
| 2.5.2 MiSeq二代测序 | 第27-30页 |
| 2.6 咽拭子DNA深度测序 | 第30页 |
| 2.7 数据分析 | 第30-31页 |
| 2.7.1 RNA-Seq数据分析 | 第30-31页 |
| 2.7.2 咽拭子微生物组分析(DNA-Seq) | 第31页 |
| 2.8 呼吸道病原RT-PCR验证 | 第31-33页 |
| 2.9 数字PCR定量分析 | 第33-34页 |
| 3. 结果 | 第34-59页 |
| 3.1 二代测序宏基因组学病原检测平台的建立 | 第34-37页 |
| 3.1.1 样品预处理有效降低了测序数据中宿主基因组成分 | 第34页 |
| 3.1.2 微量核酸等温扩增方法的选择 | 第34-37页 |
| 3.2 不明原因肺炎患者RNA-Seq病毒鉴定结果 | 第37-49页 |
| 3.2.1 测序总体情况 | 第37-39页 |
| 3.2.2 可引起呼吸道疾病的病毒检测结果 | 第39-40页 |
| 3.2.3 HAdV B55 Virus | 第40页 |
| 3.2.4 Measles virus | 第40-42页 |
| 3.2.5 混合感染样本宏基因组学分析 | 第42-43页 |
| 3.2.6 HRV结果分析 | 第43-44页 |
| 3.2.7 EIAV PCR验证 | 第44-45页 |
| 3.2.8 宏基因组学病原检测流程总结 | 第45-49页 |
| 3.3 不明原因肺炎患者咽拭子微生物组研究 | 第49-59页 |
| 3.3.1 DNA-Seq测序结果 | 第49-50页 |
| 3.3.2 不明原因肺炎患者咽拭子微生物菌群分布特征 | 第50-52页 |
| 3.3.3 不明原因肺炎患者咽拭子微生物耐药组学研究 | 第52-53页 |
| 3.3.4 耐药性基因的来源菌分布分析 | 第53-59页 |
| 4. 讨论 | 第59-68页 |
| 5 结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-82页 |
| 综述一 | 第82-95页 |
| 参考文献 | 第91-95页 |
| 综述二 | 第95-106页 |
| 参考文献 | 第100-106页 |
| 致谢 | 第106-110页 |
| 发表文章 | 第110-111页 |
| 个人简介 | 第111页 |
