| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-31页 |
| ·玉米籽粒胚乳发育研究进展 | 第14-18页 |
| ·玉米胚乳细胞的生长和发育 | 第14-15页 |
| ·胚乳发育过程中的物质积累 | 第15-18页 |
| ·玉米淀粉合成机制 | 第18-19页 |
| ·玉米胚乳发育的分子机理研究进展 | 第19-20页 |
| ·基于高通量测序技术的转录组研究 | 第20-25页 |
| ·RNA-seq的原理与技术方法 | 第20-22页 |
| ·RNA-seq的优势与应用 | 第22页 |
| ·差异表达基因分析 | 第22-23页 |
| ·m RNA的可变剪接分析 | 第23-24页 |
| ·新基因发现与物种基因文库的构建 | 第24-25页 |
| ·转录因子的研究进展 | 第25-28页 |
| ·转录因子的结构特征 | 第25-26页 |
| ·DNA结合域（DNA-binding domain） | 第26页 |
| ·寡聚化位点区（Oligomerization site） | 第26页 |
| ·核定位信号区（Nuclear location signal） | 第26-27页 |
| ·转录调控区（Transcription regulation domain） | 第27页 |
| ·转录因子的分类 | 第27-28页 |
| ·植物转录因子的功能 | 第28-31页 |
| ·转录因子在植物生长发育和形态建成过程中的作用 | 第28-30页 |
| ·植物NAC转录因子的研究进展 | 第30-31页 |
| 引言 | 第31-34页 |
| 一、研究内容 | 第31-33页 |
| 二、技术路线 | 第33-34页 |
| 第二章 不同类型玉米胚乳转录组文库的构建及分析 | 第34-56页 |
| ·材料与方法 | 第34-35页 |
| ·植物材料 | 第34-35页 |
| ·实验与分析方法 | 第35-39页 |
| ·RNA提取及质量检测与要求 | 第35-36页 |
| ·RNA-seqencing文库构建 | 第36-37页 |
| ·测序评估及原始数据的拼接 | 第37-38页 |
| ·基因表达注释 | 第38页 |
| ·可变剪接分析 | 第38页 |
| ·玉米SR基因的q RT-PCR分析 | 第38-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-55页 |
| ·RNA提取的质量与检测 | 第39-40页 |
| ·转录组测的产量及组装分析 | 第40-41页 |
| ·插入片段检验 | 第41-42页 |
| ·转录组数字表达谱测序质量评价 | 第42-43页 |
| ·比对信息统计 | 第43页 |
| ·c DNA片段随机性检验 | 第43-44页 |
| ·基因分布统计 | 第44-45页 |
| ·Reads在染色体上的密度分布情况 | 第45-46页 |
| ·转录组数据可变剪接事件比较 | 第46-48页 |
| ·SR蛋白基因在不同类型玉米胚乳中的表达模式 | 第48-55页 |
| 讨论 | 第55-56页 |
| 第三章 不同类型玉米胚乳转录组差异分析 | 第56-87页 |
| ·材料与方法 | 第56-59页 |
| ·植物材料 | 第56页 |
| ·实验与分析方法 | 第56页 |
| ·RNA反转录c DNA | 第56-57页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第57页 |
| ·差异基因的Gene Ontology（GO） | 第57-58页 |
| ·差异基因的COG分析 | 第58-59页 |
| ·差异表达基因的Pathway显著富集分析 | 第59页 |
| ·结果与分析 | 第59-85页 |
| ·不同类型玉米胚乳差异表达基因整体分析 | 第59-67页 |
| ·差异基因COG功能分类结果与分析 | 第67-71页 |
| ·差异表达基因Pathway显著富集分析 | 第71-73页 |
| ·玉米胚乳发育时期重要关键基因的筛选 | 第73-74页 |
| ·胚乳储藏蛋白Zein的表达模式分析 | 第74-75页 |
| ·碳代谢差异表达基因的Pathway构建 | 第75-80页 |
| ·高直链玉米胚乳与普通玉米胚乳转录组之间的比较 | 第80-85页 |
| 讨论 | 第85-87页 |
| 第四章 淀粉合成相关转录因子筛选及候选基因的克隆 | 第87-106页 |
| ·材料与方法 | 第87-97页 |
| ·淀粉合成相关转录因子的筛选 | 第87页 |
| ·转录因子在不同类型胚乳中的表达模式分析 | 第87-88页 |
| ·基因共表达网络的构建 | 第88页 |
| ·淀粉合成相关基因的克隆 | 第88-89页 |
| ·研究方法 | 第89-92页 |
| ·Zm NAC116的亚细胞定位载体的构建 | 第92-95页 |
| ·带有GST标签的Zm NAC116蛋白纯化 | 第95-96页 |
| ·Zm NAC116过量表达载体转化农杆菌 | 第96-97页 |
| ·结果与分析 | 第97-105页 |
| ·淀粉合成相关转录因子的筛选 | 第97-98页 |
| ·转录因子在不同类型胚乳中的表达模式分析及调控网络的构建 | 第98-100页 |
| ·Zm NAC116 的荧光定量分析 | 第100-101页 |
| ·Zm NAC116基因的克隆 | 第101-102页 |
| ·玉米Zm NAC116蛋白的表达 | 第102-103页 |
| ·玉米Zm NAC116的亚细胞定位分析 | 第103-104页 |
| ·玉米Zm NAC116基因转基因植株检测 | 第104-105页 |
| 讨论 | 第105-106页 |
| 结论 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-119页 |
| 附录 | 第119-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 作者简介 | 第124-125页 |
| 博士发表的主要论文 | 第125页 |
