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畜禽基因组选择信号检测策略与应用研究

摘要第1-6页
Abstract第6-13页
縮略语表(Abbreviation)第13-14页
第一章 文献综述第14-29页
   ·引言第14-15页
   ·选择信号第15页
   ·选择信号的检测方法第15-22页
     ·基于位点频率谱的方法第16-19页
     ·基于连锁不平衡的方法第19-21页
     ·基于群体分化的方法第21-22页
   ·畜禽基因组选择信号检测第22-26页
     ·畜禽驯化与选择信号第22-23页
     ·牛与群体选择信号检测第23-24页
     ·猪与群体选择信号检测第24-25页
     ·鸡与群体选择信号的检测第25-26页
   ·基因组选择信号检测存在的问题与展望第26-28页
     ·选择信号检测存在的问题第26-27页
     ·选择信号检测的展望第27-28页
   ·本研究的目的和意义第28-29页
第二章 常用选择信号检测方法的比较第29-43页
   ·引言第29-30页
   ·数据模拟第30-32页
   ·常用选择信号检测方法的计算第32-33页
     ·基于位点频率谱的雇佣方法第32页
     ·基于连锁不平衡的雇佣方法第32-33页
     ·基于群体分化的雇佣方法第33页
   ·统计方法经验分布的构建与检测效力的计算第33页
   ·结果与分析第33-42页
     ·标记间距对各统计量的影响第34-36页
     ·选择等位基因频率对各统计量的影响第36-37页
     ·样本大小对各统计量的影响第37-38页
     ·选择系数对各统计量的影响第38-39页
     ·各情景下XPCLR低效率的原因第39页
     ·平行选择情景下各统计量表现第39-42页
   ·小结第42-43页
第三章 选择信号检测复合策略DCMS的构建第43-56页
   ·引言第43页
   ·数据模拟第43-44页
   ·去相关复合统计量(DCMS)的构建第44-45页
   ·DCMS策略的实现第45页
     ·基于位点频率谱的雇佣方法第45页
     ·基于连锁不平衡的雇佣方法第45页
     ·基于群体分化的雇佣方法第45页
     ·复合策略DCMS权重因子与统计量的计算第45页
     ·DCMS经验分布的构建与检测效力的计算第45页
   ·其它选择信号复合方法的构建与实现第45-47页
     ·Meta-ss方法第46页
     ·CSS方法第46-47页
   ·结果与分析第47-53页
     ·DCMS策略与各雇佣方法检测效力的比较第47页
     ·DCMS策略与各雇佣方法的检测精确度第47-48页
     ·DCMS策略与其它复合方法的比较第48-51页
     ·DCMS策略与CMS方法第51页
     ·LCT基因验证DCMS策略的可靠性第51-53页
   ·小结第53-56页
第四章 猪和鸡基因组选择信号检测第56-86页
   ·引言第56-57页
   ·多方法策略检测猪全基因组选择信号第57-77页
     ·试验群体第57页
     ·基因分型与质量控制第57页
     ·选择信号检测第57-58页
     ·选择信号的鉴定第58-59页
     ·选择信号候选区域功能注释第59页
     ·结果与分析第59-77页
   ·DCMS策略检测鸡全基因组选择信号第77-84页
     ·试验群体与质量控制第77-78页
     ·选择信号检测第78-79页
     ·选择信号候选区域功能注释第79页
     ·结果与分析第79-84页
   ·小结第84-86页
第五章 讨论与结论第86-94页
   ·关于模拟数据考虑因素的讨论第86-87页
   ·关于选择信号检测方法与复合策略的讨论第87-88页
   ·关于复合策略DCMS与其它方法比较的讨论第88-89页
   ·关于选择信号检测与功能基因定位的讨论第89-91页
     ·选择信号检测与生物信息学分析第90页
     ·选择信号检测与表型性状第90-91页
     ·选择信号与全基因组关联分析第91页
   ·关于畜禽基因组选择信号检测的讨论第91-92页
     ·关于猪基因组选择信号检测的讨论第91-92页
     ·关于鸡基因组选择信号检测的讨论第92页
   ·结论第92-94页
参考文献第94-102页
致谢第102-104页
作者简介第104页

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