聚类算法在生物分子进化领域的应用及改进
| 致谢 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| ·课题研究的目的与意义 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-14页 |
| ·距离度量标准 | 第11页 |
| ·聚类算法 | 第11-13页 |
| ·进化树构建算法 | 第13-14页 |
| ·本文的主要研究工作 | 第14-15页 |
| ·文章结构 | 第15-16页 |
| 第2章 进化树构建方法 | 第16-31页 |
| ·引言 | 第16页 |
| ·基本概念介绍 | 第16-17页 |
| ·基于距离的进化树构建算法 | 第17-25页 |
| ·距离估计方法 | 第17-20页 |
| ·Jukes-Cantor 方法 | 第17-18页 |
| ·Kimura 方法 | 第18页 |
| ·Tajima 和 Nei 方法 | 第18-19页 |
| ·Tamura 方法 | 第19-20页 |
| ·距离建树法 | 第20-25页 |
| ·UPGMA | 第20-21页 |
| ·最小二乘法 | 第21-22页 |
| ·最小进化法 | 第22-23页 |
| ·邻接法 | 第23-25页 |
| ·基于特征的进化树构建方法 | 第25-29页 |
| ·最大简约法 | 第25-27页 |
| ·最小变异数的估计 | 第26-27页 |
| ·最大简约树的搜索策略 | 第27页 |
| ·最大似然法 | 第27-29页 |
| ·似然值的估计 | 第27-29页 |
| ·最大似然树的搜索策略 | 第29页 |
| ·进化树构建方法的比较 | 第29-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 距离建树方法的改进 | 第31-49页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·距离估计方法 | 第31-34页 |
| ·距离估计方法分析 | 第31页 |
| ·传统距离估计方法的改进 | 第31-34页 |
| ·进化树构建算法的改进 | 第34-41页 |
| ·进化树构建算法分析 | 第34-36页 |
| ·进化树构建距离估计方法的改进 | 第36-38页 |
| ·邻接法建树中贪心方法的改进 | 第38-41页 |
| ·贪心算法分析 | 第38-40页 |
| ·贪心算法的改进 | 第40-41页 |
| ·改进算法完整介绍 | 第41-43页 |
| ·序列实验及进化树评价 | 第43-48页 |
| ·序列构建进化树实验一 | 第43-44页 |
| ·序列构建进化树实验二 | 第44-48页 |
| ·本章总结 | 第48-49页 |
| 第4章 运用聚类和分类方法构建进化树 | 第49-67页 |
| ·引言 | 第49页 |
| ·结合 kmeans 聚类构建进化树 | 第49-55页 |
| ·研究思路 | 第49页 |
| ·序列比对计算 DNA 序列之间进化距离 | 第49-51页 |
| ·用聚类方法对 DNA 进化距离分类 | 第51-52页 |
| ·用 hoffman 算法生成进化树 | 第52-55页 |
| ·评价进化树 | 第55页 |
| ·基于层次聚类构建进化树 | 第55-60页 |
| ·研究思路 | 第55页 |
| ·序列比对计算生物进化距离 | 第55-57页 |
| ·层次聚类生成生物进化树 | 第57-59页 |
| ·对层次聚类生物进化树的评价 | 第59-60页 |
| ·两步聚类结合 bayes 方法构建进化树 | 第60-66页 |
| ·两步聚类方法对序列进行分类 | 第60-64页 |
| ·预聚类 | 第61-62页 |
| ·正式聚类 | 第62页 |
| ·聚类结果验证 | 第62-64页 |
| ·使用 Bayes 方法构建进化树 | 第64-66页 |
| ·对生成进化树的检验 | 第66页 |
| ·本章总结 | 第66-67页 |
| 第5章 总结与展望 | 第67-69页 |
| ·总结 | 第67页 |
| ·展望 | 第67-69页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文以及参加的科研项目 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-74页 |
