| 中文摘要 | 第1-15页 |
| 英文摘要 | 第15-19页 |
| 英文缩写对照表 | 第19-22页 |
| 第一章 绪论 | 第22-29页 |
| §1.1 研究的背景与意义 | 第22-23页 |
| §1.2 基因调控网络建模研究现状 | 第23-24页 |
| §1.3 基因调控网络的研究难点 | 第24-26页 |
| §1.4 论文研究工作 | 第26-28页 |
| §1.5 论文组织结构 | 第28-29页 |
| 第二章 基因调控网络 | 第29-48页 |
| §2.1 基本概念 | 第29-31页 |
| ·基因表达 | 第29-30页 |
| ·基因调控 | 第30-31页 |
| ·基因调控网络 | 第31页 |
| §2.2 基因调控网络模型 | 第31-41页 |
| ·布尔网络 | 第32-33页 |
| ·信息论 | 第33-34页 |
| ·概率图模型 | 第34-35页 |
| ·贝叶斯网络模型 | 第35-36页 |
| ·微分方程模型 | 第36-38页 |
| ·神经网络 | 第38-39页 |
| ·随机模型 | 第39-41页 |
| §2.3 基因调控网络建模过程 | 第41-42页 |
| §2.4 生物数据 | 第42-46页 |
| ·微阵列数据 | 第42-44页 |
| ·RNA-seq数据 | 第44页 |
| ·其他数据 | 第44-46页 |
| §2.5 基因调控网络建模评价方法 | 第46-47页 |
| §2.6 基因调控网络的可视化方法 | 第47页 |
| §2.7 本章小结 | 第47-48页 |
| 第三章 基于柔性神经树模型的基因调控网络反向工程研究 | 第48-68页 |
| §3.1 引言 | 第48-50页 |
| §3.2 柔性神经树模型 | 第50-56页 |
| ·FNT模型 | 第50-52页 |
| ·FNT模型的优化 | 第52-56页 |
| §3.3 FNT模型的基因调控网络反向工程 | 第56-59页 |
| §3.4 实验结果 | 第59-67页 |
| ·基因调控网络仿真实验 | 第60-61页 |
| ·芽殖酵母细胞周期实验 | 第61-64页 |
| ·大肠杆菌SOS DNA损伤修复网络 | 第64-66页 |
| ·酵母基因调控网络 | 第66-67页 |
| §3.5 本章小结 | 第67-68页 |
| 第四章 基于互信息混合模型的基因调控网络构建 | 第68-89页 |
| §4.1 引言 | 第68-69页 |
| §4.2 转录过程的数学模型 | 第69-71页 |
| §4.3 灵活树模型 | 第71-73页 |
| ·灵活树模型结构 | 第71-72页 |
| ·模型的结构优化 | 第72-73页 |
| §4.4 互信息 | 第73-74页 |
| §4.5 粒子群优化算法评价个体 | 第74-77页 |
| ·粒子群优化算法 | 第74-76页 |
| ·评价函数 | 第76-77页 |
| §4.6 基因调控网络推导过程 | 第77-78页 |
| §4.7 实验结果 | 第78-87页 |
| ·稀疏系数的确定 | 第79-81页 |
| ·算法性能比较 | 第81-87页 |
| §4.8 实验分析与小结 | 第87-89页 |
| 第五章 冠状动脉粥样硬化基因芯片处理及致病基因染色体分布规律分析 | 第89-111页 |
| §5.1 冠状动脉粥样硬化疾病 | 第89-100页 |
| ·道德声明和样本 | 第89-91页 |
| ·微阵列芯片数据预处理 | 第91-93页 |
| ·差异性基因的选取 | 第93-94页 |
| ·基因功能注释 | 第94-95页 |
| ·GO和pathway分析结果 | 第95-99页 |
| ·黏着斑信号通路构建 | 第99-100页 |
| §5.2 蛋白编码致病基因的染色体分布规律分析 | 第100-110页 |
| ·数据收集 | 第101-103页 |
| ·结果 | 第103-107页 |
| ·结果分析 | 第107-110页 |
| §5.3 本章小结 | 第110-111页 |
| 第六章 基于灵活反应模型的随机和延迟随机生化反应建模 | 第111-132页 |
| §6.1 化学反应建模研究现状 | 第111-112页 |
| §6.2 随机化学动力学 | 第112-117页 |
| ·化学主方程 | 第112-114页 |
| ·随机模拟算法 | 第114-116页 |
| ·延迟随机模拟算法 | 第116-117页 |
| §6.3 随机模拟算法建模研究 | 第117-124页 |
| ·灵活反应模型 | 第119-120页 |
| ·似然估计 | 第120-121页 |
| ·根均方误差 | 第121页 |
| ·模型优化 | 第121-124页 |
| §6.4 实验仿真 | 第124-130页 |
| ·生灭过程 | 第124-125页 |
| ·Lotka-Volterra模型 | 第125-126页 |
| ·简单基因表达模型 | 第126-127页 |
| ·简单延迟随机模型 | 第127-128页 |
| ·转录的延迟随机模型 | 第128-129页 |
| ·参数性能测试 | 第129-130页 |
| §6.5 本章小结 | 第130-132页 |
| 第七章 总结和展望 | 第132-134页 |
| 参考文献 | 第134-149页 |
| 致谢 | 第149-150页 |
| 攻读博士学位期间的成果和参与项目列表 | 第150-152页 |
| 附件 | 第152-175页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第175页 |
