抗原肽与MHC分子相互作用QM/MM分子动力学模拟研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 生物大分子模拟的原理与相关算法 | 第10-30页 |
| ·分子动力学方法基本原理论 | 第10-11页 |
| ·分子动力学模拟中基本算法与模型 | 第11-18页 |
| ·能量最小化 | 第11页 |
| ·周期性边界条件 | 第11-12页 |
| ·截断值方法与最小映像模型 | 第12-13页 |
| ·恒温恒压条件的实现 | 第13-15页 |
| ·Particle Mesh Ewald算法 | 第15-18页 |
| ·分子动力学方法的局限性 | 第18-19页 |
| ·量子力学算法概述 | 第19-25页 |
| ·从头算法 | 第19-24页 |
| ·半经验分子轨道方法 | 第24-25页 |
| ·QM/MM方法的实现 | 第25-28页 |
| ·ONIOM方法 | 第25-26页 |
| ·QM/MM体系的建立 | 第26-28页 |
| ·氨基酸残基电多极矩和静电势的计算 | 第28-29页 |
| ·箱线图分析方法 | 第29-30页 |
| 2 材料与参数设置 | 第30-34页 |
| ·蛋白结构来源 | 第30-31页 |
| ·QM/MM体系模拟过程与参数设置 | 第31-34页 |
| 3 结果 | 第34-40页 |
| ·每个口袋氨基酸值的箱线图 | 第34-35页 |
| ·IQR值的箱线图 | 第35页 |
| ·S_(aa)值的箱线图 | 第35-36页 |
| ·口袋氨基酸Tot_(Dif)值计算结果 | 第36-37页 |
| ·口袋氨基酸Ref_(Dif)值计算结果 | 第37-38页 |
| ·QM区域的量化能量 | 第38-40页 |
| 4 讨论 | 第40-42页 |
| 结论 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
