MetaRec：代谢网络重构系统
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 前言 | 第8-21页 |
| ·组学背景下的生物学代谢问题的研究 | 第8-9页 |
| ·系统生物学工作流程 | 第8-9页 |
| ·组学背景下的代谢研究概述 | 第9-10页 |
| ·代谢网络的主要特点及其生物学意义 | 第10-12页 |
| ·代谢网络的基本特点 | 第10-11页 |
| ·代谢网络模型的意义 | 第11-12页 |
| ·构建代谢网络基本元件和组成形式 | 第12-16页 |
| ·代谢网络基本元件 | 第12页 |
| ·代谢网络表现形式 | 第12-14页 |
| ·通用代谢物的处理 | 第14-16页 |
| ·基于数据整合的代谢网络重构研究 | 第16-18页 |
| ·基因层面的代谢网络重构 | 第17页 |
| ·数据整合与代谢网络重构 | 第17-18页 |
| ·本文的主要工作内容、特色 | 第18-21页 |
| ·本文的创新点 | 第18-19页 |
| ·本文的内容安排 | 第19-21页 |
| 2 代谢重构研究进展 | 第21-32页 |
| ·已有的代谢网络模型 | 第21-22页 |
| ·模式生物 | 第21-22页 |
| ·其它 | 第22页 |
| ·代谢重构数据资源 | 第22-24页 |
| ·代谢网络重构方法 | 第24-25页 |
| ·代谢重构相关工具 | 第25-30页 |
| ·总结 | 第30-32页 |
| 3 MetaRec代谢重构系统设计及其实现 | 第32-52页 |
| ·代谢网络重构分析 | 第32页 |
| ·底层数据库的整合 | 第32-47页 |
| ·数据库筛选原则及简介 | 第32-40页 |
| ·数据整合的方法 | 第40-41页 |
| ·代谢物数据系统的整合 | 第41-42页 |
| ·酶学反应信息的整合 | 第42-45页 |
| ·蛋白质数据库整合过程 | 第45页 |
| ·底层数据的整合结果 | 第45-47页 |
| ·酶的功能辨识和反应的筛选 | 第47-48页 |
| ·代谢网络构成 | 第48页 |
| ·代谢网络重构系统的设计 | 第48-51页 |
| ·本章小结 | 第51-52页 |
| 4 胸膜肺炎放线杆菌代谢网络重构 | 第52-60页 |
| ·胸膜肺炎放线杆菌 | 第52-53页 |
| ·胸膜肺炎放线杆菌代谢特点 | 第52-53页 |
| ·胸膜肺炎放线杆菌代谢网络的重构 | 第53-54页 |
| ·原始数据的前处理 | 第53-54页 |
| ·代谢网络重构结果 | 第54-56页 |
| ·代谢酶注释结果 | 第54-55页 |
| ·代谢反应和代谢物的筛选结果 | 第55页 |
| ·与KEGG构筑模型比较 | 第55-56页 |
| ·代谢网络重构的对比分析 | 第56-60页 |
| 5 总结与展望 | 第60-64页 |
| ·工作简述 | 第60页 |
| ·存在的主要问题 | 第60-62页 |
| ·信息来源方面 | 第60-61页 |
| ·信息层次方面 | 第61页 |
| ·生物学方面 | 第61-62页 |
| ·发展与展望 | 第62-64页 |
| 6 参考文献 | 第64-72页 |
| 7 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第72-73页 |
| 8 致谢 | 第73-74页 |
| 附录 | 第74页 |
