| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-23页 |
| §1.1 计算机模拟概述 | 第12-14页 |
| §1.2 软物质概述 | 第14-21页 |
| §1.2.1 软物质--液晶 | 第15-18页 |
| §1.2.2 软物质--离子液体 | 第18-20页 |
| §1.2.3 软物质--单链高分子动力学 | 第20-21页 |
| §1.3 本论文研究目的与内容 | 第21-23页 |
| 第二章 基础理论与计算方法 | 第23-46页 |
| §2.1 基本原理 | 第23-26页 |
| §2.1.1 Born-Oppenheimer 近似 | 第23-25页 |
| §2.1.2 MD 模拟原理 | 第25-26页 |
| §2.2 分子力场 | 第26-30页 |
| §2.3 粗粒化的 MD 模拟与 WCA 势简介 | 第30-32页 |
| §2.3.1 粗粒化的 MD | 第30-31页 |
| §2.3.2 WCA 势 | 第31-32页 |
| §2.4 积分算法 | 第32-36页 |
| §2.4.1 Verlet 型算法 | 第32-34页 |
| §2.4.2 算法优劣的判据与时间的可逆性 | 第34-36页 |
| §2.5 周期性边界条件与最近镜像 | 第36-38页 |
| §2.6 统计力学的一些基本概念 | 第38-42页 |
| §2.6.1 系综理论及基本假设 | 第38-39页 |
| §2.6.2 正则系综 | 第39-42页 |
| §2.7 各种系综在 MD 模拟中的实现 | 第42-46页 |
| §2.7.1 正则系综中的分子动力学 | 第42-43页 |
| §2.7.2 等温等压系综中的分子动力学 | 第43-46页 |
| 第三章 偶氮苯和（1-环己烯基）苯基二氮烯液晶异构化和分子取向的分子动力学模拟研究 | 第46-64页 |
| §3.1 引言 | 第46-49页 |
| §3.2 模型与模拟方法 | 第49-51页 |
| §3.3 模拟结果与讨论 | 第51-62页 |
| §3.4 小结 | 第62-64页 |
| 第四章 [emim][Tf2N] 和 [emim][TfO]离子液膜在石墨表面吸附的分子动力学模拟研究 | 第64-83页 |
| §4.1 引言 | 第64-66页 |
| §4.2 模型与模拟细节 | 第66-69页 |
| §4.3 模拟结果与讨论 | 第69-81页 |
| §4.3.1 径向分布函数 | 第69-71页 |
| §4.3.2 密度分布 | 第71-77页 |
| §4.3.2.1 A1，A2，B1 和 B2 的密度分布 | 第74-76页 |
| §4.3.2.2 A3 和 B3 的密度分布 | 第76-77页 |
| §4.3.3 离子液体在界面处的取向 | 第77-81页 |
| §4.3.3.1 A1，A2，B1 和 B2 的取向 | 第78-79页 |
| §4.3.3.2 A3 和 B3 在 350 K 时的取向 | 第79-81页 |
| §4.4 小结 | 第81-83页 |
| 第五章 高分子链在纳米孔中输运过程的理论研究 | 第83-100页 |
| §5.1 引言 | 第83-85页 |
| §5.2 计算方法与模拟细节 | 第85-95页 |
| §5.2.1 milestoning 方法简介 | 第85-88页 |
| §5.2.2 首次通过时间与自由能的计算 | 第88-91页 |
| §5.2.3 模型与模拟细节 | 第91-95页 |
| §5.3 模拟的结果与讨论 | 第95-99页 |
| §5.4 小结 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-121页 |
| 作者简介及科研成果 | 第121-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 基金资助 | 第124页 |
