| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-32页 |
| 1 种概念与种的界定 | 第13-21页 |
| ·种概念 | 第13-18页 |
| ·种概念和种的界定 | 第18页 |
| ·种界定方法 | 第18-21页 |
| 2 DNA 分类（DNA taxonomy） | 第21-28页 |
| ·DNA 分类 | 第21-23页 |
| ·DNA 条形码（DNA barcoding） | 第23-27页 |
| ·整合分类（integrative taxonomy） | 第27-28页 |
| 3 隐存种（cryptic species） | 第28-32页 |
| ·隐存种及其发现 | 第28-29页 |
| ·隐存种研究的意义 | 第29-30页 |
| ·隐存种的界定 | 第30-32页 |
| 第二章 基于线粒体 COI 序列的贻贝科 DNA 条形码研究 | 第32-44页 |
| 引言 | 第32页 |
| 1 材料与方法 | 第32-36页 |
| ·样品采集 | 第32-34页 |
| ·DNA 提取 | 第34-35页 |
| ·线粒体 COI 和 16S rDNA 扩增测序 | 第35-36页 |
| ·数据分析 | 第36页 |
| 2 结果 | 第36-41页 |
| ·序列特征分析 | 第36-37页 |
| ·异质性分析 | 第37页 |
| ·种间和种内遗传差异 | 第37-39页 |
| ·系统发生关系 | 第39-41页 |
| 3 讨论 | 第41-44页 |
| 第三章 基于系统发生和距离法的牡蛎科 DNA 条形码研究 | 第44-61页 |
| 引言 | 第44-45页 |
| 1. 材料与方法 | 第45-51页 |
| ·样品采集 | 第45页 |
| ·DNA 提取 | 第45页 |
| ·线粒体 COI 和 16S 基因测序 | 第45-50页 |
| ·GenBank 数据采集 | 第50页 |
| ·数据分析 | 第50-51页 |
| 2. 结果 | 第51-58页 |
| ·序列特征分析 | 第51页 |
| ·基于系统发生关系的种类鉴定 | 第51-52页 |
| ·种间与种内遗传距离 | 第52-58页 |
| 3. 讨论 | 第58-61页 |
| ·牡蛎科系统发生关系 | 第58-59页 |
| ·线粒体 COI 和 16S rDNA 的 DNA 条形码效率比较 | 第59-60页 |
| ·DNA 条形码与牡蛎鉴定 | 第60-61页 |
| 第四章 基于多重标记分析的栉江珧隐存多样性研究 | 第61-86页 |
| 引言 | 第61-63页 |
| 1 材料与方法 | 第63-72页 |
| ·样品采集 | 第63-65页 |
| ·DNA 提取 | 第65页 |
| ·线粒体 COI 基因测序及分析 | 第65-67页 |
| ·核 ITS 基因（nrITS）TA 克隆、测序及分析 | 第67-70页 |
| ·演化支系分化时间计算 | 第70-71页 |
| ·形态分析 | 第71-72页 |
| 2 结果 | 第72-81页 |
| ·线粒体 COI 系统地理分布格局 | 第72-76页 |
| ·核 nrITS 系统发生关系及与 mtCOI 数据的关系 | 第76-78页 |
| ·分化时间 | 第78页 |
| ·形态分析及与分子数据的关系 | 第78-81页 |
| 3 讨论 | 第81-86页 |
| ·隐存多样性 | 第81-82页 |
| ·基因渐渗杂交 | 第82-84页 |
| ·大尺度上的遗传连续性及小空间内的高度分化 | 第84-86页 |
| 第五章 总结 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-106页 |
| 附表 | 第106-123页 |
| 学术成果 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
