| 摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 目录 | 第4-5页 |
| 第一章 综述 | 第5-18页 |
| 第一节 网络生物学的兴起 | 第5-13页 |
| 第二节 生物网络的比较分析 | 第13-18页 |
| 第二章 蛋白质相互作用网络比较的NetAlign计算框架 | 第18-38页 |
| 第一节 基本策略和整体流程 | 第18-20页 |
| 第二节 精确匹配的求解 | 第20-29页 |
| 第三节 解的合并 | 第29-33页 |
| 第四节 拓扑打分 | 第33-34页 |
| 第五节 统计显著性评价 | 第34-35页 |
| 第六节 讨论 | 第35-38页 |
| 第三章 基因组规模的蛋白质相互作用网络比较生物学分析 | 第38-52页 |
| 第一节 数据来源和预处理 | 第38-42页 |
| 第二节 蛋白质相互作用网络上的物种间保守性 | 第42-45页 |
| 第三节 CoNS与保守复合物 | 第45-46页 |
| 第四节 蛋白质相互作用网络上的物种间分化 | 第46-48页 |
| 第五节 蛋白质相互作用预测 | 第48-49页 |
| 第六节 蛋白质功能预测 | 第49-50页 |
| 第七节 基于网络拓扑的直系同源蛋白预测 | 第50-52页 |
| 第四章 基于Web的NetAlign服务 | 第52-55页 |
| 第五章 支持多物种蛋白质相互作用网络比较的mNetAlign数据库 | 第55-60页 |
| 小结与展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 已撰写和发表的学术论文 | 第67-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
